窦同海
- 作品数：22 被引量：90H指数：5
- 供职机构：复旦大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金上海市自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学医药卫生轻工技术与工程自动化与计算机技术更多>>
- 肺癌术后复发转移相关微小RNA的研究进展被引量：1
- 2013年
- 近年来,与肺癌复发转移相关微小RNA （miRNA）的临床研究取得了重要进展.在PubMed上检索与非小细胞肺癌（NSCLC）术后复发转移相关的miRNA临床研究文献,结果发现miRNA 在肺癌中具有差异性表达,部分已揭示与术后复发转移预后相关,可以作为今后的治疗靶点.但目前临床研究中发现的与NSCLC术后复发转移相关的miRNA,绝大部分尚处在筛选阶段,缺少大样本的临床验证,尤其是随机、对照研究.
- 张书君窦同海许玲
- 关键词：肺肿瘤复发微小RNA
- 人类基因组miRNA转录调控区保守性DNA序列生物信息学分析被引量：1
- 2009年
- MicroRNA(miRNA)的表达调控方式一直是一个有争议的问题,为了研究miRNA潜在的转录调控特点,本文通过Sanger网站miRNA数据库获得人类miRNA的信息,并建立miRNA相关信息数据库,用MEME和Wordspy两个软件对其上游2000bp序列进行保守性分析,得到保守性的DNA序列(motif),用TESS软件分析保守性DNA序列,预测其转录因子结合情况。通过比较位于基因间、反义链和内含子中的三类不同miRNA转录调控区的保守性和自主转录能力的差异,结果发现位于基因间、反义链上的miRNA上游调控区的保守性比位于内含子的miRNA高,在miRNA的转录调控区存在RNA聚合酶Ⅱ类型的转录因子结合位点,miRNA还表现出自身独特的转录调控方式。通过分析,我们还得到了miRNA表达调控中一些重要的转录因子以及独特的调控序列。本研究结果为miRNA转录调控机制的进一步研究提供了理论依据。
- 郑红霞窦同海蔡燕燕詹晓莹沈逢焘吴奇涵
- 关键词：MIRNA转录调控保守序列
- 用于乳粉中双歧杆菌菌株鉴定的SNP位点组合
- 本发明公开了一种用于乳粉中双歧杆菌菌株鉴定的SNP位点组合。本发明还公开了用于鉴定乳粉中双歧杆菌菌株的HRM方法以及所述的SNP位点组合在鉴定乳粉中双歧杆菌菌株中的应用。通过本发明的SNP位点组合物和HRM方法，可以实现...
- 刘洋窦同海段文锋周雁陈雯雯俞漪张清平曲勤凤
- 高通量测序分析不同地区红腐乳细菌多样性被引量：19
- 2020年
- 为了解我国传统发酵食品红腐乳中细菌的多样性及其微生物安全性,采用高通量测序技术,分析华东、华北和东北地区红腐乳中细菌16S rDNA V1-V3区基因序列,比较不同地区红腐乳中微生物群落结构组成及多样性差异。结果显示,本次测序深度有效地覆盖了样品中微生物种类,不同地区红腐乳样品中细菌群落结构具有丰富多样性。在门水平上,厚壁菌门(Firmicutes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria)为不同地区红腐乳种主要优势菌的门;而在属水平上,9个红腐乳样品共检测出296个细菌属,其中共有菌属分别为:棒状杆菌属(Corynebacterium)、四联球菌属(Tetragenococcus)、明串珠菌属(Leuconostoc)、Rummeliibacillus属、乳球菌属(Lactococcus)、魏斯氏菌属(Weissella)、链球菌属(Streptococcus)、丛毛单胞菌属(Comamonas)、芽孢杆菌属(Bacillus)以及Trabulsiella属。不同样品中菌群的结构与地区存在一定的聚类关系:明串珠菌属、乳球菌属以及四联球菌属是华北地区样品中主要的优势菌属,而东北地区腐乳样品中的芽孢杆菌属和盐厌氧菌属为主要优势菌属。研究结果加深了对红腐乳中细菌群落组成和多样性的认识,为保证传统发酵食品的质量安全、生产工艺提供一定的理论支持。
- 徐琼刘洋曲勤凤窦同海陈羽菲张娜娜赵磊钟江翁史昱杨捷琳赵国屏
- 关键词：高通量测序细菌多样性
- 健脾温肾方对皮下移植瘤术后模型裸鼠肺转移瘤体中miRNAs及相关靶基因mRNA表达的影响被引量：2
- 2018年
- 目的探讨健脾温肾方对肺癌术后复发转移的预防作用及可能机制。方法建立NCI-H460-Luci细胞皮下移植瘤术后裸鼠模型,随机分为健脾温肾组、化疗组、对照组,每组16只。健脾温肾组术后第1天开始给予健脾温肾方溶液(1.1 g/ml)0.3 ml/d灌胃,每日1次,干预13周;化疗组给予紫杉醇注射液15 mg/kg,每隔5天腹腔注射1次,共用3次;对照组给予生理盐水0.3 ml/d灌胃,每日1次,干预13周。每周1次至术后13周,采用活体成像观察裸鼠肿瘤转移情况,分析各组术后无瘤转移生存时间;术后第6周,采用实时荧光定量PCR法检测瘤体中miR-18a-5p、miR182-5p、miR21、miR106b-5p及相关靶基因乳腺癌易感基因1(BRCA1)、重组人磷酸酶及张力蛋白同源体(PTEN)、P53肿瘤蛋白(TP53)、表皮生长因子受体(EGFR)mRNA表达量。结果与对照组比较,健脾温肾组、化疗组裸鼠瘤体中miR-18a-5p、miR182-5p表达降低,BRCA1 mRNA表达升高(P<0.05或P<0.01);化疗组裸鼠瘤体中miR21、miR106b-5p表达亦较对照组降低(P<0.05或P<0.01)。各组裸鼠瘤体中EGFR、PTEN、TP53 mRNA表达差异均无统计学意义(P>0.05)。健脾温肾组和对照组无瘤转移生存时间比较差异具有统计学意义(P<0.05),化疗组与健脾温肾组比较差异无统计学意义(P>0.05)。结论健脾温肾方在预防肺癌术后转移方面有一定作用,其机制可能与调节miRNAs及相关靶基因mRNA有关。
- 王芹焦丽静李嘉旗窦同海许玲
- 关键词：靶基因
- 微生物法测定发酵食品中维生素B12含量的研究被引量：11
- 2019年
- 为明确发酵食品中维生素B12的含量及分布,利用微生物法对大豆发酵食品(3种类型腐乳、韩国大酱、纳豆、豆汁)及奶酪中维生素B12的含量进行了测定。结果表明,在3种腐乳中,臭腐乳维生素B12含量最高,达到(3.57±1.08)μg/100 g,红腐乳和白腐乳分别为(0.48±0.21)μg/100 g和(0.41±0.16)μg/100 g;除腐乳外,纳豆(0.50 μg/100 g、0.20 μg/100 g)、韩国大酱(0.97 μg/100 g、0.10 μg/100 g)、豆汁(熟)(0.52 μg/100 g)的维生素B12含量均低于臭腐乳。虽然个别奶酪样品中维生素B12含量最高可达1.54 μg/100 g,但其总体维生素B12的分布及含量也均低于臭腐乳。
- 曲勤凤徐琼张娜娜刘洋窦同海钟江
- 关键词：发酵食品维生素B12微生物法
- 深度测序技术检测益生菌产品菌株组成及16SrDNA序列被引量：3
- 2013年
- 目的:探查益生菌制品的标签标示与产品中实际检测到的菌株比较及不同产品中菌株的异同性。方法:以市场上购买的进口、出口酸乳制品作为研究对象,设计可区别24种产品的样品标签序列(Barcode),通过PCR及Illumina平台深度测序分析,获得了酸乳制品中所含益生菌种类及序列等详细信息,根据Barcode序列信息对其中所含的24个混合样本进行区分,然后利用16S RDP的16S数据库,对测序的Reads进行比对。结果:24种产品中标签标示与样品中实际检测到的菌株完全一致的仅有两种,在24种酸乳制品中,以嗜热链球菌、嗜酸乳杆菌、保加利亚乳杆菌/德式乳杆菌为主要发酵菌株,双歧杆菌作为添加的益生菌基本在所有样品中存在,但含量较低,另一方面,不同产品中同一菌株的16S rDNA序列相似度较高,仅有两种菌株的1～2个碱基存在差异。结论:深度测序是一种可快速有效对食品中微生物群体精确筛查的技术,能够精确深入了解食品中微生物群落。使用溶方法检测目前市场上的酸乳制品,可发现使用的发酵菌种多来自商业化购买的菌剂,同质化程度较高,而作为后添加的双歧杆菌由于其生长条件的苛刻,实际活菌数量较低。
- 杨捷琳袁辰刚窦同海丁小磊潘良文
- 关键词：乳酸菌酸乳制品RDNA
- Insulin//IGF途径基因共进化分析及人类基因酵母双杂结果的共进化分析
- 生物学上的所谓进化或者演化/(Evolution/)，是指生物在变异、遗传与自然选择作用下的演变发展、物种淘汰和物种产生过程，它是生物重要的基本特征。而关系密切的生物，如花和采粉的动物、寄生虫和寄主、捕食者和被捕者等，一...
- 窦同海
- 关键词：进化树蛋白磷酸酶
- 文献传递
- 16S rDNA特异性引物设计优化及其在淞江鲈体表微生物鉴定中的应用被引量：3
- 2018年
- 引物与模板的结合特异性是PCR反应成功与否的主要决定因素之一.在进行以16srDNA为目标序列的菌种鉴定或者各种检测应用中,对引物的特异性具有较普遍的要求.需扩增出完整的目标属,实现属内保守,同时避免有效扩增其他属的相应序列即实现属间特异.对此,我们对引物设计进行优化,通过分析所有已知细菌16srDNA序列,针对特定目标属筛选特异和最高效的引物对,并在淞江鲈的体表菌群样品中进行验证实验.结果表明,所设计的引物具有较好的属内保守性和特异性,而且引物在扩增中的效率也有一定的保证,能够很好地应用于菌群的定量PCR分析.
- 徐鹏昊罗武松何恩明王焱磊蔡枫张亮窦同海王金秋周雁
- 关键词：引物设计菌群分析
- 16S rRNA和MLST在配方乳粉双歧杆菌分类中的应用被引量：1
- 2017年
- 婴幼儿配方奶粉是婴幼儿主要的食物来源,其安全性成为人们关注的焦点。试验分别利用基于16S rRNA和基于多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST)技术的系统进化分析方法对12株双歧杆菌标准菌株和17株分离自10例益生菌奶粉样品的菌株进行分型鉴定。系统发育分析结果表明,相对于16S rRNA分型技术,基于MLST分型技术的分析方法具有更高的分辨率。
- 刘洋窦同海陈雯雯
- 关键词：多位点序列分型乳粉双歧杆菌分型鉴定系统进化分析
