张颖凯
- 作品数：2 被引量：0H指数：0
- 供职机构：纽约大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学理学更多>>
- 锌酶的计算模拟：挑战与最新进展
- 2012年
- 锌酶在人体中分布非常广泛,种类繁多,是当前最受关注的金属酶之一。由于在锌配位结构上的多样性以及Zn2+饱和的d轨道带来的"光谱寂静"性,导致许多实验研究手段受限。计算模拟在锌酶的研究中发挥着越来越重要的作用,已经成为不可或缺的研究工具。现代量子化学计算模拟方法,特别是被视为研究生物大分子体系非常有效的QM/MM组合方法,目前已经被广泛应用于探讨复杂多变的锌配位结构以及锌酶催化反应机理。通过在QM/MM水平下开展的分子动力学模拟,可以揭示锌酶体系中结构与功能间的相互关系。此外,分子力场方法在锌酶研究中同样发挥了不可替代的作用,由于传统力场普遍无法正确描述锌配位结构,因此,锌酶分子力场的开发具有迫切的现实意义。本文总结了近年来锌酶计算模拟领域的最新进展,提出了锌酶计算研究中还有待解决的一些问题。
- 巫瑞波曹泽星张颖凯
- 关键词：分子动力学模拟反应机理配位结构
- 周期性边界条件下的从头算QM/MM动力学模拟
- ＜正＞近年来QM/MM（量子力学/分子力学）方法被广泛用于研究生物大分子中的化学反应,但多采用球边界条件。本文主要改进了赝键从头算QM/MM方法,实现了周期性边界条件。其中长程静电相互作用力用PME方法处理,实现QM/M...
- 周燕子张颖凯周燕子
- 关键词：周期性边界条件动力学模拟
- 文献传递
