孙琦
- 作品数：64 被引量：247H指数：8
- 供职机构：首都医科大学附属北京胸科医院更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项北京市自然科学基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 表达East-6和CFP-10蛋白的免疫原性分析
- 目的 研究表达CE融合蛋白、East-6蛋白和CFP-10蛋白在人外周血单个核细胞诱导的细胞、体液免疫应答.方法 利用表达的CE融合蛋白、East-6蛋白和CFP-10刺激从60例结核病患者和30例健康对照者提取的外周血...
- 刘洋孙琦杜凤娇张宗德
- 关键词：分枝杆菌CFP-10融合蛋白人PBMC免疫原性
- 文献传递
- 初治肺结核患者中T-SPOT.TB检测阴性结果的影响因素分析
- 目的 结核分枝杆菌感染T细胞斑点试验(T-SPOT.TB)在活动性结核病诊断中具有一定的辅助诊断价值,但仍存在一定比例的假阴性结果.本文旨在探讨造成假阴性结果的影响因素.方法 对2012年11月至2013年11月北京胸科...
- 潘丽萍贾红彦孙会姗刘菲邢爱英古淑香杜博平孙琦魏荣荣张宗德
- 环介导等温扩增技术在结核性胸膜炎快速诊断中的应用
- 2015年
- 目的探讨针对hspX基因设计引物的环介导等温扩增技术（LAMP）对结核性胸膜炎患者结核分枝杆菌的诊断价值。方法采用LAMP技术对结核分枝杆菌标准株H37Rv的DNA样品进行检测，评价LAMP技术的检测限；同时对8种非结核分枝杆菌菌株及阴沟肠杆菌和大肠埃希菌标准菌株进行鉴定，评价该方法的特异性。对58例结核性胸膜炎患者和32例肺癌患者胸腔积液样本结核分枝杆菌进行检测，评价LAMP技术的临床应用价值。结果LAMP对倍比稀释的H37Rv的DNA样品检测结果为阳性，检测限为320aM。八种非结核分枝杆菌和2种普通菌菌株检测结果为阴性。LAMP对胸腔积液标本检测的灵敏度是75．8％（44／58），定量PCR为79.3％（46／58），无显著差别（Х^2=0．25，P〉0．05）；均显著高于涂片法39．6％（23／58），差异具有统计学意义（Х^2=17．39，P〈0．01）。结论LAMP技术是一种简单快速有效的等温扩增技术，由于其较高的灵敏度和特异度，可以对结核性胸膜炎患者胸腔积液标本快速鉴定。
- 刘洋郭艳玲姜广路孙琦邢爱英张宗德
- 关键词：环介导等温扩增结核分枝杆菌胸腔积液
- 甘露糖结合凝集素基因多态性与肺结核易感性关系的研究被引量：2
- 2015年
- 目的研究甘露糖结合凝集素基因(MBL2)多态性与肺结核易感性的关系。方法采用PCR限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)对112例肺结核患者和120例健康对照DNA样本中MBL2-221位点和外显子区54号位点进行基因分型。结果肺结核病人和健康对照-221各基因位点之间有显著性差异(P<0.05)。在MBL2 6个单倍体型中,YA/YA基因型在肺结核病人和健康对照的比例分别为35.7%和49.2%,两者差异有统计学意义(P=0.038,OR值:0.57),XA/XA基因型则分别9.8%和1.7%(P=0.007,OR值:6.42),两者有显著性差异。肺结核病人-221位点和外显子区54号位点基因多态性除在不同年龄之间,初治与复治之间有显著性差异(P<0.05)外,其余临床特征与各位点基因多态性无关(P>0.05)。结论 YA/YA单倍体型可能是一种保护基因型,MBL基因多态性可能与肺结核易感性有关,并与肺结核病人复发等相关。
- 刘洋郭艳玲孙琦邢爱英傅瑜
- 关键词：甘露糖结合凝集素多态性结核易感性
- 新一代微测序基因芯片的设计及其耐药性检测效果的初步研究
- 2019年
- 目的设计和评价微测序基因芯片检测结核分枝杆菌(MTB)耐药性的价值。方法于北京结核病临床数据和样本资源库选取MTB实验室标准菌株(H37Rv)和109株MTB临床分离株,采用绝对浓度法进行表型药物敏感性试验(简称“表型药敏试验”)和基因测序法检测MTB耐药相关基因突变(包括inhA、katG、rpsL、gyrA、rrs、eis、rpoB和embB基因)。以荧光标记探针为基本检测原理设计制备微测序基因芯片,检测109株MTB临床分离株耐药基因突变,分析微测序基因芯片的检测效能。结果通过表型药敏试验及基因测序检测,明确了109株MTB临床分离株耐药相关基因(inhA、katG、rpsL、gyrA.rrs、eis、rpoB和embB基因)突变位点及突变形式。微测序耐药检测基因芯片初期设计包含了katG、inhA、rpoB、gyrA、embB、rpsL、rrs和eis基因的目前已报道的所有突变位点的全部已知突变形式,共计220条探针,并确认出67条优秀探针。采用包含67条探针的微测序耐药检测基因芯片对109株MTB临床分离株进行检测。结果发现,与测序结果相比,除检测embB基因突变的2条探针外,其余65条探针检测碱基突变形式的符合率均超过95%,其中42条探针检测的符合率达到100.00%。以测序结果为参照标准,基因芯片检测对embB基因、gyrA基因、inhA基因、katG基因、rpoB基因、rpsL基因、eis基因和rrs基因突变检测的敏感度分别为64.21%(61/95)、80.00%(8/10)、95.83%(23/24)、98.55%(68/69)、92.63%(88/95)、93.85%(61/65)、75.00%(3/4)和94.44%(17/18);特异度分别为92.86%(13/14)、100.00%(99/99)、97.65%(83/85)、87.50%(35/40)、85.71%(12/14)、63.64%(28/44).100.00%(105/105)和98.90%(90/91);Kappa值分别为0.29、0.88、0.92、0.88、0.68、0.60、0.85、0.93。结论本研究研发设计了一套包含67条探针微测序耐药基因检测芯片,经过初步验证后证明其检测MTB耐药相关基因突变的效能较好,对embB基因的耐药检测探针还需进一步优化,
- 孙照刚张洪静李自慧孙琦吕琳娜潘丽萍Sandy Gilbert张宗德许绍发James Xia
- 关键词：微生物敏感性试验基因芯片分析技术
- 环介导等温扩增技术在结核性胸膜炎快速诊断中的应用被引量：5
- 2015年
- 目的探讨针对hsp X基因设计引物的环介导等温扩增技术(LAMP)对结核性胸膜炎患者结核分枝杆菌的诊断价值。方法采用LAMP技术对结核分枝杆菌标准株H37Rv的DNA样品进行检测,评价LAMP技术的检测限;同时对8种非结核分枝杆菌菌株及阴沟肠杆菌和大肠埃希菌标准菌株进行鉴定,评价该方法的特异性。对58例结核性胸膜炎患者和32例肺癌患者胸腔积液样本结核分枝杆菌进行检测,评价LAMP技术的临床应用价值。结果 LAMP对倍比稀释的H37Rv的DNA样品检测结果为阳性,检测限为320a M。八种非结核分枝杆菌和2种普通菌菌株检测结果为阴性。LAMP对胸腔积液标本检测的灵敏度是75.8%(44/58),定量PCR为79.3%(46/58),无显著差别(χ2=0.25,P>0.05);均显著高于涂片法39.6%(23/58),差异具有统计学意义(χ2=17.39,P<0.01)。结论 LAMP技术是一种简单快速有效的等温扩增技术,由于其较高的灵敏度和特异度,可以对结核性胸膜炎患者胸腔积液标本快速鉴定。
- 刘洋郭艳玲姜广路孙琦邢爱英张宗德
- 关键词：环介导等温扩增结核分枝杆菌胸腔积液
- 结核性与恶性胸腔积液中微小核糖核酸内参基因筛选的初步研究被引量：2
- 2021年
- 目的探讨应用实时荧光定量PCR检测胸腔积液中微小核糖核酸(miRNA)表达量的适宜内参基因。方法搜集2016年9月至2018年12月在首都医科大学附属北京胸科医院确诊治疗的47例结核性胸膜炎患者和31例并发胸腔积液的癌症患者作为研究对象。采用实时荧光定量PCR(SYBR Green引物法)和熔解曲线法分析所有患者胸腔积液标本中纳入研究的U6、Cel-miR-39、miR-16、miR-20a、miR-192、miR-1268、miR-4281共7个miRNA内参基因的表达量[循环阈值(Ct值)]和引物扩增效率,其中Ct值越低,表示基因表达量越高,越适合用于相对定量检测;引物扩增效率介于90%~110%之间,则可以用于后续胸腔积液中miRNA的检测,而平滑且单峰的熔解曲线则表示扩增产物的特异度良好。通过geNorm软件(M值)、NormFinder软件(稳定值)和BestKeeper软件(标准差和变异系数)来分析各内参基因的稳定性,其中M<1.5、稳定值及标准差和变异系数数值越小,内参基因越稳定。同时,分析标本检测的重复性,以及标本不同处理方法对miRNA检测结果的影响。结果78份标本中,检测miR-1268、Cel-miR-39、miR-16的Ct值较低,分别为19.16±4.40、24.17±0.73、24.52±1.65;扩增效率分别为90%、101%、110%,可以用于后续胸腔积液miRNA检测;且7种内参基因的熔解曲线均平滑且单峰,特异度均较好。geNorm、NormFinder和BestKeeper软件分析Cel-miR-39的M值、稳定值、标准差和变异系数均为最低(分别为0.994、0.674、0.73和3.02%)。7个内参基因在标本重复检测中的稳定性均较好,且在标本采集后1h、2h、4h及反复冻融2次后的miRNA表达量与采样后立即处理的表达量未见差异。结论Cel-miR-39稳定性好,表达丰度适中,适宜作为实时荧光定量PCR技术定量检测胸腔积液中miRNA表达量的内参基因。
- 董静贾红彦孙琦李自慧魏荣荣杜博平邢爱英潘丽萍张宗德
- 关键词：结核胸膜微RNAS生物学标记
- 新型结核分枝杆菌特异性细胞免疫反应检测技术对结核病辅助诊断的价值评估被引量：15
- 2021年
- 目的评价以干扰素诱导蛋白-10(IP-10)为靶标的新型结核分枝杆菌特异性细胞免疫反应检测技术,即结核感染T细胞检测(PCR荧光探针法,简称IP-10.TB)在结核病辅助诊断中的性能,及该检测技术与结核感染T细胞斑点检测(T-SPOT.TB)技术的一致性。方法2018年3月至2019年11月,在首都医科大学附属北京胸科医院前瞻性纳入疑似结核病患者,并募集结核分枝杆菌低感染风险人群。所有入组者同时行外周血IP-10.TB检测和T-SPOT.TB检测,受试者操作特征曲线计算两种检测技术的诊断价值,两种检测技术的一致性分析采用kappa检验,IP-10相对表达量和释放γ-干扰素的斑点形成细胞数量的相关性分析采用Pearson检验。结果纳入结核病患者235例、非结核病患者110例、结核分枝杆菌低感染风险人群153例进行最终分析。IP-10.TB检测(3/498,0.60%)和T-SPOT.TB检测(6/498,1.21%)获得的不确定结果比例差异无统计学意义(P=0.32)。在489例有效检测标本中,IP-10.TB检测的敏感度和特异度分别为91.3%(95%CI 86.8%~94.6%)和81.1%(95%CI 75.8%~85.7%),其中结核分枝杆菌低感染风险人群中的诊断特异度为98.0%(95%CI 94.4%~99.6%);T-SPOT.TB检测的敏感度和特异度分别为93.0%(95%CI 88.9%~96.0%)和83.8%(95%CI 78.7%~88.1%),其中结核分枝杆菌低感染风险人群中的诊断特异度为100%(95%CI 97.6%~100.0%)。两种检测技术的诊断敏感度和特异度差异均无统计学意义(P>0.05)。两种检测技术的阳性符合率为91.0%(95%CI 87.5%~94.5%),阴性符合率为88.9%(95%CI 84.9%~92.9%),总符合率为90.0%(95%CI 87.3%~92.6%),一致性检验kappa值为0.80(95%CI 0.75~0.85,P<0.001)。结论IP-10.TB检测具有与T-SPOT.TB检测一致的诊断性能,可用于结核病辅助诊断。
- 潘丽萍高孟秋贾红彦黄麦玲魏荣荣孙琦邢爱英杜博平张宗德
- 关键词：结核干扰素诱导蛋白-10Γ-干扰素释放试验
- 结核分枝杆菌乙酰转移酶fadA3对宿主蛋白乙酰化修饰及其体内存活影响的研究被引量：1
- 2023年
- 目的:探讨结核分枝杆菌(Mycobacterium tuberculosis,MTB)乙酰转移酶fadA3对宿主蛋白乙酰化修饰、基因表达和MTB在体内存活的影响。方法:从首都医科大学附属北京胸科医院/北京市结核病胸部肿瘤研究所分子生物学实验室选取MTB标准株(H37Rv),利用CRISPR-cas系统辅助的非同源性末端接合技术(CRISPR-NHEJ)构建H37Rv-fadA3基因敲除株(ΔfadA3),利用微孔板法分别检测H37Rv和ΔfadA3在7H9液体培养基中的吸光度值(A值)和细菌活性,绘制生长曲线图和最低抑菌浓度表。运用免疫印迹和转录组学测序分析H37Rv和ΔfadA3感染巨噬细胞(巨噬细胞系THP-1分化得到)后蛋白质乙酰化修饰变化及基因表达的差异情况;采用菌落计数和苏木精-伊红染色法分析H37Rv和ΔfadA3在C57BL/6J小鼠肺组织和巨噬细胞中的存活及病理变化。结果:fadA3经敲除1116 bp片段后成功获得ΔfadA3敲除株。H37Rv和ΔfadA3在培养第3、6、9和12天的A 600值(分别为0.245±0.005和0.232±0.013、0.403±0.122和0.385±0.009、0.444±0.010和0.442±0.005、0.675±0.027和0.662±0.026)差异均无统计学意义(t值分别为1.623、2.351、0.178、0.848,P值均>0.05);二者对异烟肼、乙胺丁醇、链霉素、左氧氟沙星、PA-824、利奈唑胺、氯法齐明、利福平、贝达喹啉、德拉马尼等一线/二线抗结核药物的90%最低抑菌浓度相同(分别为0.006、2.000、0.313、0.156、0.250、0.625、1.250、0.003、0.125、0.320μg/ml)。H37Rv感染巨噬细胞中全蛋白乙酰化修饰灰度值(243.100±7.125)与未感染组(204.800±9.348)和ΔfadA3感染组(154.500±14.890)的差异均有统计学意义(t=5.294,P=0.013;t=9.350,P=0.003)。与H37Rv相比,ΔfadA3感染上调的差异基因有94个,下调有7个。同时,在巨噬细胞模型(72 h)和小鼠肺组织中(28 d),H37Rv感染后的菌落形成单位计数[分别为(41.000±4.583)×10^(4)和log 10(5.531±0.203)]与ΔfadA3感染[(18.670±1.155)×10^(4)和log 10(4.541±0.276)]的差异均有�
- 段玉衡张蓝月董静史雨婷贾红彦李自慧邢爱英杜博平孙琦潘丽萍朱传智张宗德
- 关键词：乙酰转移酶单核巨噬细胞系统细胞存活
- 血清结核分枝杆菌复苏因子抗体检测方法的建立及其在肺结核诊断中应用价值的评价被引量：2
- 2014年
- 目的建立结核分枝杆菌复苏因子抗体（RpfE—Ab）免疫印迹检测方法，并评价其在肺结核诊断中的应用价值。方法以原核表达结核分枝杆菌复苏因子蛋白作为抗原，应用免疫印迹法检测88例确诊肺结核患者血清和100例健康人血清中RpfE—Ab，并将结果与TSPOT-TB、抗结核抗体（LAM-Ab）结果进行比对。结果1：血清结核分枝杆菌复苏因子抗体检测方法在诊断肺结核中的敏感性为82．9％，特异性为92．0％。2：血清结核分枝杆菌复苏因子抗体检测方法在诊断肺结核中与TSPOT-TB、LAM—Ab检测方法之间无差异（χ2=0.92，P〉0．05，χ2=0．02，P〉0．05）。结论血清结核分枝杆菌复苏因子抗体检测可与TSPOT-TB、LAM—Ab同时作为肺结核辅助诊断方法。
- 邢爱英刘忠泉杜博平孙琦贾红彦魏荣荣刘洋曹延明杜凤娇古淑香马玙张宗德
- 关键词：结核免疫印迹技术
