赵辉
- 作品数：3 被引量：44H指数：2
- 供职机构：中国科学院北京基因组研究所更多>>
- 发文基金：国家科技重大专项国家自然科学基金国家高技术研究发展计划更多>>
- 相关领域：生物学农业科学文化科学更多>>
- “北京区域”单体型图的构建及嘧啶二联码在DNA双链分布不均衡的研究
- 赵辉
- 关键词：人类基因基因组脱氧核糖核酸单核苷酸
- 相邻碱基组分与产生SNP的转换或颠换在植物基因组中的研究被引量：23
- 2006年
- 碱基替换突变是形成物种多态性和造成生物进化的根本原因之一.近年的研究表明:基因组的碱基组分在不同程度上与碱基替换突变的发生相关.以水稻全基因组3611007个SNPs(包括45462个编码区SNPs和242811个内含子区SNPs)和拟南芥全基因组32019个SNPs为研究对象,研究突变位点周围的碱基A&T(A和T)的使用频率和点突变类型的相关性,结果表明:水稻和拟南芥全基因组上转换和颠换的比值(Ts/Tv)以及紧邻突变位点(上下游各1个碱基)上A&T碱基的个数负相关.统计了6种SNP的AT2(直接相邻的碱基是A或T的个数)和AT0(直接相邻碱基是C或G的个数),发现水稻和拟南芥都是C/G型SNP的AT2/AT0值最大,说明C/G型SNP可能受直接临近区域上A&T碱基的影响最大.在水稻全基因组SNPs中,A&T碱基影响突变的范围局限在突变位点上下游2个碱基内.拟南芥A&T碱基影响其全基因组SNPs的范围不超过上下游4个碱基.
- 赵辉李启寨李俊曾长青胡松年于军
- 关键词：点突变颠换
- 高通量飞行时间质谱基因分型方法的研究被引量：21
- 2005年
- 为了考察飞行时间质谱基因分型方法(MALDI-TOF)的位点分型成功率和分型结果质量的关系,分析了96个SNPs位点的近10000个基因分型数据(用MALDI-TOF“4重”实验方法检测).结果显示,位点分型成功率和分型结果的质量显著正相关.分型成功率低于82%的SNP位点,其高质量结果占的比例开始逐渐降低.提示82%的分型成功率可以作为衡量分型结果质量的数据点.为了进一步提高通量并降低成本,在MALDI-TOF“4重”实验方法的基础上,发展了两种“准8重”实验方法.用新的实验方法检测了95个样本的32个SNPs位点.结果显示“混合准8重”实验方法与“4重”实验方法相比无显著差异,而“复点准8重”的结果差于“4重”分型方法.
- 赵辉王威张清润高扬赵洪斌周珺林伟曾长青
- 关键词：飞行时间质谱基因分型
