李菁 作品数:57 被引量:218 H指数:8 供职机构: 湖南中医药大学第一附属医院 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 湖南省自然科学基金 湖南省教育厅优秀青年基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 历史地理 文化科学 生物学 更多>>
加权基因共表达网络分析和差异基因表达分析鉴定氯离子通道附件1基因对结肠癌预后保护作用 被引量:2 2021年 目的:结合应用加权基因共表达网络分析(WGCNA)和差异基因表达分析2种方法筛选结肠癌mRNA表达谱中的差异共表达基因,并分析差异共表达基因与预后的关系。方法:基于生物信息学方法从癌症基因组图谱(TCGA)和基因表达综合(GEO)数据库分别下载TCGA结肠腺癌数据集的转录组学数据和GSE68468数据集的芯片表达谱数据,筛选出两者在正常组织与结肠癌组织之间的差异表达基因(DEG)和最显著相关的加权基因模块,通过差异基因和加权基因取交集筛选出结肠癌相关差异共表达基因。构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,利用最大派系中心度(MCC)计算方法筛选出MCC评分排名前10位的核心差异共表达基因,使用TCGA结肠腺癌数据集验证核心基因在正常组织和结肠癌组织中的表达,采用Kaplan-Meier生存分析探索核心基因与患者总生存期和无病生存期之间的关系。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库,对生存相关的差异共表达基因进行免疫组织化学染色验证。结果:TCGA结肠腺癌数据集中DEG共3481个,GSE68468数据集中DEG共7275个,共获得237个差异共表达基因。使用PPI网络的MCC计算方法得到10个核心的差异共表达基因,分别为氯离子通道附件1(CLCA1)、MAPK3、胰高血糖素(GCG)、溶质载体家族26成员3(SLC26 A3)、核受体亚家族1组H成员4(NR1 H4)、脂肪酸结合蛋白1(FABP1)、鸟苷酸环化酶激活因子2A(GUCA2 A)、二磷酸尿苷葡糖醛酸糖基转移酶家族2成员A3(UGT2 A3)、肉碱棕榈酰转移酶2(CPT2)和跨膜4域A12(MS4 A12)。与正常组织相比,TCGA结肠腺癌数据集结肠癌组织的CLCA1、GCG、SLC26 A3、NR1 H4、FABP1、GUCA2 A、UGT2 A3、CPT2和MS4 A129个核心基因均下调(P均<0.05),其中CLCA1高表达结肠癌患者的总生存期和无病生存期均长于低表达组(P均<0.05),免疫组织化学染色结果在蛋白质水平也验证了结果的准确性。结论:CLCA1可能在结肠癌的发展中� 张泽鑫 吴汶丰 李菁 简小兰 于奕关键词:生物标记 林丽珠中医维持治疗鼻咽癌用药规律的数据挖掘分析 被引量:9 2019年 收集林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌门诊患者的处方,采用“中医传承辅助平台”分析林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌的用药规律。结果共筛选出林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌的处方360首,涉及中药168味;使用频次在52次以上的药物有39味,前3味分别是甘草、红豆杉、僵蚕;用药频次居前58位的中药主要可归为宣肺清热药、化痰散结药、养阴补肾药、祛瘀通络药和健脾益气药共5类药;聚类分析后演化得到11首新方组合。分析结果提示林丽珠教授中医维持治疗鼻咽癌用药以宣肺清热、疏肝理气、滋补肝肾为主,常辅以化痰祛瘀、利窍通络之品,体现其诊治鼻咽癌多从肺、肝、肾三脏入手,在整体观念指导下将辨病与辨证、扶正与祛邪相结合,着重提高患者的生活质量及延长生存期,倡导“带瘤生存”的理念。 李菁 张弛 鲁可 胡磊颢 李佳殷 林丽珠关键词:鼻咽癌 宣肺清热 疏肝理气 带瘤生存 林丽珠从血分论治恶性肿瘤并发黄疸的辨证思路 被引量:1 2020年 林丽珠认为恶性肿瘤并发黄疸与一般内科疾病所致黄疸不同,结合黄疸与肝胆癌瘤两类疾病的病因病机特点,恶性肿瘤并发黄疸的病因病机为肝胆瘀热,可从血分论治,化湿祛瘀以退黄为辨治之本。辨阴阳为辨治关键,阳黄者应以清热化湿、凉血祛瘀为法,阴黄者应以温阳健脾、养血活血为法;辨病与辨证相结合为辨治精髓,遣方用药时需辨清癌种、疾病分期、脏腑气血、正邪进退等变化。治疗之本应归结于原发性癌瘤,林丽珠提倡分期论治原发性肝癌。 罗嘉敏 李菁 林丽珠关键词:黄疸 血分 分期论治 湖湘脾胃学说诊治消化道肿瘤的源流探究 被引量:5 2019年 湖湘脾胃学说是湖湘中医学术流派的重要分支,主要继承和发扬马王堆医书理论、张仲景《伤寒杂病论》和李杲《脾胃论》关于脾胃病治疗的经验与学术思想体系。其治法治则与现代中医辨治消化道恶性肿瘤思想基本契合。强调健脾益胃,化生气血;肝胃同治,兼顾他脏;理气燥湿,温阳补肾;重视康复,倡治未病。总结湖湘名老中医的临证经验,挖掘其辨证及用药规律,将为中医治疗消化道恶性肿瘤提供新的参考价值,值得临床进一步探索和应用。 李菁 李菁 张弛 彭丽丽 彭丽丽 晋溶辰关键词:消化道恶性肿瘤 临证经验 从《临证指南医案·疸》论治肝癌晚期并发黄疸 被引量:2 2019年 《临证指南医案》所载均为清朝著名临床医家叶天士生前医案,为其临床经验与学术思想的总结。肝癌的发病率逐年上升,中医药在治疗晚期并发黄疸的过程中发挥着重要的作用,也符合我国实施健康中国战略的需求。通过对《临证指南医案·疸》的研读,发现叶氏治疗黄疸分寒热虚实论治,肝癌晚期并发黄疸可使用叶天士治疗黄疸的学术思想进行指导,如重视脾胃、分消三焦、慎用下法、补益肝肾,均对临床的治疗有着重要的指导意义。 袁晶 李菁 赖桂花 田莎 钟崇关键词:肝癌 黄疸 叶天士 临证指南医案 常见呼吸道病毒受体结合位点的研究进展 2023年 呼吸道病毒感染是全球范围内的重要公共卫生问题,其感染机制复杂,感染的关键在于呼吸道病毒与受体之间的特异性结合。本文对冠状病毒(coronavirus)、流行性感冒病毒(IV)等呼吸道病毒的受体研究进展进行阐述,重点介绍血管紧张素转化酶2(ACE2)、唾液酸(SA)等受体与呼吸道病毒的结合位点,以及受体多样性在呼吸道病毒感染中的作用。对病毒与受体结合位点的深入研究有助于理解呼吸道病毒感染的分子机制,为疾病防控及开发新的治疗靶点提供理论基础。 彭欢子 李菁 李云豪 许莹芊 彭嘉琪 谢小兵关键词:呼吸道病毒 受体 冠状病毒 血管紧张素转化酶2 基于网络药理学探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制 被引量:5 2021年 目的通过网络药理学方法探讨薏苡附子败酱散治疗肝细胞癌的作用机制。方法运用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)获取薏苡仁、附子、败酱草的活性成分和作用靶点,从GeneCards数据库中获取肝细胞癌候选靶点,并筛选出中药与疾病的交集靶点;采用STRING数据库构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络,g:Profiler数据分析平台进行GO富集和KEGG通路富集分析。通过Cytoscape 3.7.2软件构建疾病-活性成分-关键靶点-通路网络并进行拓扑结构分析。结果最终筛选获得薏苡附子败酱散活性成分43个,205个潜在靶点,肝细胞癌候选靶点6330个,两者交集关键靶点172个。通过评估口服药物生物利用度和类药性的大小筛选核心活性成分有豆甾醇、谷甾醇等,通过PPI网络分析筛选出TP53、热休克蛋白90α家族A级成员1(HSP90AA1)等主要作用靶点,GO富集分析条目1515条,涉及酶结合、蛋白质二聚活性等生物过程;KEGG富集分析119条,主要调控糖基化终产物及其受体(AGE-RAGE)信号通路、白细胞介素(IL)-17通路、乙型肝炎病毒(HBV)通路等。结论薏苡附子败酱散通过谷甾醇、豆甾醇等活性成分作用于TP53、HSP90AA1等靶点治疗肝细胞癌,其机制可能与调控AGE-RAGE、IL-17、HBV等信号通路有关。 莫嘉浩 朱俊霞 欧海莹 冯雨露 李菁 钟崇关键词:薏苡附子败酱散 网络药理学 基于p53/SLC7A11/GPX4通路研究疏肝祛瘀解毒方诱导肝癌细胞铁死亡的作用机制 被引量:1 2024年 目的:基于肿瘤蛋白53(p53)/溶质载体家族7成员11(SLC7A11)/谷胱甘肽过氧化物酶4(GPX4)通路探讨疏肝祛瘀解毒方诱导肝癌细胞铁死亡。方法:将MHCC97H细胞分为空白血清组(含10%空白血清培养基)、疏肝祛瘀解毒方(SGQYJDF)低浓度组(含5%含药血清、5%空白血清培养基)、SGQYJDF中浓度组(含7.5%含药血清、2.5%空白血清培养基)、SGQYJDF高浓度组(含10%含药血清的培养基)和索拉非尼组(索拉非尼浓度为10μmol·L-1的10%空白血清培养基)。按分组干预24 h后,采用细胞增殖与活性检测(CCK-8)法检测细胞存活率;5-乙炔基-2′-脱氧尿苷(EdU)染色法检测细胞增殖能力;亚铁离子荧光探针(FerroOrange)染色法检测细胞内亚铁离子(Fe2+)水平;比色法检测细胞内丙二醇(MDA)及谷胱甘肽(GSH)水平;透射电镜观察细胞线粒体超微形态;蛋白免疫印迹法(Western blot)检测铁死亡相关蛋白p53、SLC7A11和GPX4表达水平。结果:细胞活性方面,与空白血清组比较,SGQYJDF各浓度组能够呈浓度相关性地降低MHCC97H细胞存活率,SGQYJDF中、高浓度组的MHCC97H细胞存活率显著降低(P<0.01);同时EdU结果显示SGQYJDF中、高浓度组均能够明显抑制MHCC97H细胞的增殖能力(P<0.05,P<0.01)。铁死亡生化指标方面,与空白血清组比较,SGQYJDF中、高浓度组能够呈浓度相关性地提高细胞内Fe2+水平(P<0.01);SGQYJDF低、中、高浓度组能够呈浓度相关性地降低MHCC97H细胞内GSH的水平(P<0.01),同时提高细胞内MDA水平(P<0.05,P<0.01)。在通路相关蛋白表达方面,与空白血清组比较,SGQYJDF中、高浓度组可显著增加p53表达(P<0.01);SGQYJDF低、中、高浓度组能够显著降低GPX4表达(P<0.01);SGQYJDF高浓度组能够显著降低SLC7A11的表达(P<0.01)。铁死亡细胞形态方面,与空白血清组比较,透射电镜发现SGQYJDF低浓度组存在变性线粒体,而SGQYJDF中、高浓度组可观察到线粒体体积缩小、双层膜密度增加和线粒体嵴� 蔡晓钧 杨仁义 王智槟 龚怡琳 王科 林丽珠 钟崇 李菁关键词:肝细胞癌 基于网络药理学和分子对接的柴胡疏肝散及成分治疗肝癌的分子靶点和疗效预测 被引量:4 2022年 目的通过网络药理学和分子对接,预测柴胡疏肝散(Chai Hu Shu Gan San,CHSGS)治疗肝细胞癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)的分子靶点,构建预后模型和列线图。方法从TCGA和GEO数据库筛选出差异表达基因、加权共表达基因和聚类模块与正常组的差异基因;将四者取交集,得到HCC发生发展密切相关的基因;从TCMSP和SymMap数据库下载CHSGS的化合物和靶点,进一步将CHSGS的靶点与HCC相关基因进行取交集得到治疗HCC相关靶点,将其治疗HCC相关靶点进行GO和KEGG功能富集分析;使用SymMap数据库,构建CHSGS治疗HCC“病-证-方/药”网络。将PPI和构建的药物靶点网络取交集,得到核心的靶点,进一步使用cox LASSO回归分析构建相关的预后模型;结合临床性状使用单因素和多因素cox分析构建列线图;使用分子对接评估分子靶点的结合情况。使用人类蛋白质图谱(HPA)数据库进行核心靶点的免疫组织化学染色验证。结果得到了HCC发生发展密切相关基因890个。CHSGS治疗HCC靶点38个。GO和KEGG分析显示,CHSGS治疗HCC可能与对无机物的反应、类固醇代谢过程和对细胞外刺激的反应有关;CHSGS治疗HCC可能与FOXM1信号通路有关。cox LASSO回归构建了预后模型,其模型公式为:(0.1165)*CCNB1+(-0.0396)*PON1+(0.0888)*CHEK1+(0.0521)*SPP1+(0.0093)*NQO1+(0.0102)*SERPINE1+(0.0012)*IGFBP3。单因素cox联合多因素cox分析显示,ESR1、T分期是独立的预后危险因素。列线图结果显示,其c-index为0.622,P<0.001。分子对接结果显示,异鼠李素与ESR1的结合良好。免疫组织化学染色结果在蛋白质水平验证了结果的准确性。结论异鼠李素可能是CHSGS治疗HCC的主要成分之一,CHSGS治疗HCC的靶点用以构建的预后模型可以用于患者预后的评估,根据ESR1的表达水平、T分期构建的列线图可用于患者总体生存率的估算。 张泽鑫 陈祎琦 吴汶丰 黄子怡 林思其 方舒涵 林丽珠 钟崇 李菁关键词:网络药理学 柴胡疏肝散 分子靶点 基于影像组学预测肝细胞癌诊疗及预后评估的研究进展 2024年 作为全球最普遍的癌症之一的肝细胞癌(HCC),存在着复发率高、预后较差等问题。影像组学是一种拥有巨大潜力的新兴交叉学科,因其能无创获取肿瘤异质性信息而在HCC等癌症的诊疗及预后评估上具有广阔的应用前景。本文将从影像组学的工作流程,以及其在HCC的鉴别诊断、病理分级、免疫组化标记物的术前预测、预后预测和疗效评估等方面展开综述,并总结影像组学技术尚存在的局限及未来的发展方向,通过梳理影像组学在HCC诊疗及预后评估上的最新研究进展,旨在为未来HCC的诊治提供新的参考和思路。 朱莉杉 唐大伟 蔡晓钧 李菁关键词:肝细胞癌 预后评估