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权丽君: 作品数：17 被引量：16H指数：2; 供职机构：苏州大学计算机科学与技术学院更多>>; 发文基金：国家自然科学基金江苏高校优势学科建设工程资助项目江苏省自然科学基金更多>>; 相关领域：自动化与计算机技术生物学文化科学机械工程更多>>

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GPCR跨膜螺旋的结构拓扑建模及其预测方法被引量：2: 2013年; 7个α跨膜螺旋组成的螺旋束是G蛋白偶联受体的最主要拓扑特征,其三维结构的预测精度直接影响完整受体的三维结构预测、配体对接及功能分析的准确性.近期许多研究小组提出了各种方法,同时也遇到了一个共同的问题:采样时难以在7个跨膜螺旋结构的保守性与局部多样性之间获得平衡,其实质是未将两者统一到一个系统模型中.文中针对跨膜螺旋的空间结构特点,建立了兼顾保守性与多样性的结构拓扑模型,并利用该模型形成了4阶段的结构优化方法,试图获得采样广度与深度的平衡.同时,引入基于结构拓扑的能量项与约束,起到了优化评判标准和剪裁采样空间的作用,有效地预测了跨膜螺旋的三维结构.使用文中方法展开了3组验证实验,用8个已解构的目标分别与GPCRDOCK2010的参赛结果、知名结构预测工具Swiss和MODELLER进行了比较.与Swiss的比较中,文中方法有5个目标获得了更优的三维螺旋结构;与单模板、多模板的MODELLER的比较中,文中方法分别在6个目标与7个目标上取得了优势.; 吴宏杰吕强权丽君陈荣陈沙沙李海鸥钱培德; 关键词：G蛋白偶联受体结构拓扑

氨基酸一维属性预测模型训练方法、装置及属性预测方法: 本发明提供了氨基酸一维属性预测模型训练方法、装置及属性预测方法，所述方法包括：构建预测模型，所述预测模型包括：特征提取层、若干个串联的感知块组成的感知层以及前向网络层，且特征提取层以及感知层均基于卷积层搭建的；获取蛋白质...; 张步忠权丽君黄忠郑美丽

一种蛋白质侧链预测方法及预测装置: 本发明公开了一种蛋白质侧链预测方法及预测装置，方法包括a、选择目标蚁群数，初始化蚁群算法参数；b、初始化蛋白质侧链构象，建立蛋白质侧链构象与侧链旋转异构体库的映射关系；c、目标群随机选取所述蛋白质残基的优化顺序，在所述目...; 吕强权丽君吴宏杰; 文献传递

基于注意力机制的蛋白质残基相互作用预测方法: 2024年; 蛋白质残基相互作用预测对于构建蛋白质三级结构具有重要作用,许多基于深度学习的预测方法陆续提出。残基对的相互作用不仅由残基对本身属性决定,还受到所有其他残基对的影响,但多数深度模型采用的卷积神经网络更关注对局部特征的提取,而忽略了残基对相互作用的全局因素。针对该问题,提出一种基于注意力机制的预测模型,能够兼顾残基对的局部属性以及全局属性。实验结果表明,该模型与其他方法相比具有一定优势。; 何如吉权丽君吕强; 关键词：蛋白质

蛋白质loop区域闭合数值方法分析与比较: 2013年; 针对蛋白质loop区域的闭合问题,比较分析了两种来源于机器人学的数值方法——循环坐标下降法(CCD)和雅可比矩阵方法,进行了实现并设计实验。在计算时间和闭合效率方面循环坐标下降法要明显优于雅可比矩阵方法,而雅可比矩阵方法则可以较平均地改变每一个二面角值。; 孙路吕强徐维维权丽君; 关键词：蛋白质雅可比矩阵

基于五星教学原理的算法导论混合式教学设计被引量：3: 2020年; 《算法导论》作为计算机专业一门重要的专业必修课,具有多学科性、强理论性和高概括性。在高校教学中,线上教学可以辅助传统的线下教学。这样的混合式教学不仅发挥了教学者的主导性,也提高了学习者的主观能动性。目前,现有的研究大多只局限于线上本身的特点,缺乏重要的教学原理指导,从而影响了混合式教学的实际教学效能。因此,尝试使用五星教学原理指导算法导论的混合式教学模式构建,用以提高教学效果,丰富学科教学理论。; 权丽君吴剑; 关键词：混合式教学高校教学

引入显式水分子对接提高蛋白质配体复合物结构的预测精度: 2012年; 在蛋白质复合物界面一般都会存在着一定量的水分子,这些水分子通过空间占据和氢键方式影响蛋白质与配体的位置关系。应用现有的计算机方法研究蛋白质-配体对接时,一般不会显式地考虑水分子的作用。本文显式地将水分子引入蛋白质-配体对接过程,考虑水分子空间占据和氢键能量对复合物对接结构的影响,提出了一种包含水分子的蛋白质-配体对接算法。实验结果表明引入水分子使蛋白质-配体对接质量有明显提高。; 徐维维吕强吴宏杰权丽君; 关键词：水分子氢键

一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法: 本发明提供一种基于结构拓扑的G蛋白偶联受体跨膜螺旋三维结构的预测方法，包括：（1）构建跨膜螺旋的结构拓扑模型：先构建G蛋白偶联受体的7个跨膜螺旋的几何结构拓扑模型；（2）预测所述跨膜螺旋的结构拓扑模型，分为四个阶段：（2...; 吕强吴宏杰权丽君李海鸥; 文献传递

单级双吸离心泵转子系统的可靠性分析被引量：8: 2021年; 针对单级双吸泵转子系统可靠性问题,采用有限元的方法对转子进行了静力学分析和模态分析,对转子系统的可靠性进行了研究。首先,对单级双吸离心泵转子系统结构进行了分析,建立了转子系统的有限元模型;然后,针对转子系统的应力、强度、临界转速等方面,对单级双吸离心泵转子系统进行了可靠性分析;最后,对单级双吸离心泵的轴的临界转速理论进行了分析。研究结果表明:单级双吸离心泵转子系统的材料满足应力要求,轴危险截面处安全系数大于许用安全系数;模态分析和理论计算中,转子系统的一阶临界转速远离本身固定频率及倍频处,同时转子系统一阶临界转速计算值大于设计转速1.2倍,满足设计标准,不会产生共振现象。; 张飞权丽君; 关键词：离心泵转子系统模态分析可靠性分析

BMBQA:融合MCNN和BiGRU的蛋白质模型质量评估算法被引量：2: 2022年; 蛋白质模型质量评估是指对计算手段预测出的蛋白质结构进行评分,以选择尽可能接近天然结构的蛋白质模型,这对在蛋白质结构预测中挑选最优的蛋白质模型和在生物医学研究中恰当使用它们起到至关重要的作用.随着3D蛋白质数据的不断增长,基于深度学习的蛋白质模型质量评估方法得到了快速发展,但该领域只探索了深度学习方向较浅层的应用.本文为了探索更精确的质量评估方法,提出了一个基于多尺度卷积(MCNN)和双向门控循环神经网络(BiGRU)的深度模型,预测蛋白质模型的GDT_TS(Global Distance Test_Total Score)分数,并将这一方法命名为BMBQA(Quality Assessment Base on MCNN-BiGRU).其中,多尺度卷积神经网络用来提取蛋白质模型中浅层的细节信息以及深层的抽象信息,双向门控循环神经网络用来提取每个残基的长程相互作用信息,通过数据增强来提高深度模型在目标蛋白质中挑选最优蛋白质模型的性能.本文利用CASP13中的数据集与现有的先进方法进行比较,实验结果表明本文方法在4个经典的评价指标中均具有很强的竞争力.; 聂良鹏权丽君吴庭芳孙晓雨何如吉吕强

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