戴晓港
- 作品数：62 被引量：159H指数：8
- 供职机构：南京林业大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家林业公益性行业科研专项江苏省高校自然科学研究项目更多>>
- 相关领域：农业科学生物学医药卫生语言文字更多>>
- 基于物种特异性InDel标记鉴别美洲黑杨与小叶杨的杂交子代被引量：2
- 2021年
- 【目的】针对杨树种间杂交子代苗期形态不易区分的问题,利用美洲黑杨和小叶杨物种特异性InDel位点开发标记对种间杂交子代进行快速鉴别,为黑杨派和青杨派种间杂交子代鉴定、分子标记辅助育种等研究提供重要的参考技术。【方法】以美洲黑杨、小叶杨及其杂交子代为试验材料,根据美洲黑杨和小叶杨重测序结果分析物种特异性InDel位点并设计引物,采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳对引物进行通用性和物种特异性检测,用筛选出的物种特异的引物,对种间杂交子代的真实性进行鉴别。【结果】分别将10个个体的美洲黑杨和小叶杨重测序序列比对到美洲黑杨基因组,共获得长度差异大于5 bp的InDel位点359733个,其中种内特异、种间存在差异的InDel位点18418个。采用Primer3在美洲黑杨基因组中的17956个位点成功设计引物。在不同染色体共选取10对引物,采用SeqHunter2将引物序列比对到小叶杨基因组,共有6对引物在小叶杨中是通用的。采用非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测,发现引物Psi2-1和Psi13-14在美洲黑杨和小叶杨中存在差异。利用美洲黑杨和小叶杨自然群体各50个个体对上述2个引物进行检测,发现引物Psi2-1在美洲黑杨中扩增出128 bp的特异性产物,在小叶杨中扩增出139 bp的特异性产物,在真实的种间杂交子代中扩增出128 bp和139 bp 2条产物;引物Psi13-14在美洲黑杨中扩增出132 bp的特异性产物,在小叶杨中扩增出144 bp的特异性产物,在真实的种间杂交子代中扩增出132 bp和144 bp 2条产物。2对引物对美洲黑杨与小叶杨种间杂交子代鉴别准确率达100%。【结论】获得了美洲黑杨和小叶杨物种特异性InDel标记2对,上述标记可以有效地用于美洲黑杨与小叶杨种间杂交子代的真实性鉴别。
- 戴晓港陈晨薛良交吴怀通尹佟明
- 关键词：美洲黑杨小叶杨分子鉴别
- 杨树全同胞子代苗的制备方法及其得到的杨树全同胞子代苗
- 本发明提供了一种杨树全同胞子代苗的制备方法及其得到的杨树全同胞子代苗，涉及林木培育技术领域，上述制备方法首先分别从成年杨树上采集雌、雄花枝并将花枝基部浸泡于生根剂中，随后将浸泡生根剂后的雌、雄花枝扦插在育苗基质中，待雄花...
- 戴晓港尹佟明李小平吴怀通陈赢男
- 基于454测序的碧桃花瓣组织转录组核苷酸变异被引量：2
- 2014年
- 通过对碧桃花瓣组织进行转录组测序,获得1 556 684条序列,平均读长446 bp,共计695.34 Mb数据,其中1 492 289条高质量序列经拼接后得到22 762个重叠群。以拼接后的重叠群作为参考序列,利用SNP/In Del分析软件检测碧桃花瓣组织转录组中的核苷酸变异位点,共得到9 836个SNP和1 550个In Del位点。在SNP位点中,转换占62.55%、颠换占37.45%,A/G的变异最为丰富,C/G的变异最少。在In Del位点中,有34.71%的位点为单核苷酸插入、缺失突变。
- 陈赢男戴晓港马秋月刘海琳李淑娴
- 关键词：碧桃转录组测序单核苷酸多态性
- 用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物和鉴定方法
- 本发明涉及生物技术领域，具体而言，提供了一种用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物和鉴定方法。本发明提供的用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物，包括含有SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2的(a)引物...
- 戴晓港尹佟明薛良交陈晨吴怀通房芝馨
- 松树、杨树及桉树表达基因序列微卫星比对分析被引量：30
- 2011年
- 微卫星是生物基因组中变异频率最快的序列,结构基因中微卫星重复数的变化会引起基因的框移突变,导致基因表达完全不同或截短的蛋白。因此在进化过程中,基因区微卫星会受到强烈选择的影响。为研究基因区微卫星在不同树种中的变化情况,在本研究中,利用SPUTNIK程序分析了NCBI数据库中松树(Pinus spp.)、杨树(Populus spp.)及桉树(Eucalyptus spp.)的表达序列标签(express sequence tag,EST)序列各3万条。结果显示,桉树和杨树EST序列含有微卫星的比例比较接近,分别为18.7%和15.3%,而在松树中则发生了较大分化,只有8.2%。研究发现,三碱基重复单元是这3个树种编码序列中微卫星的主要重复类型。除三碱基重复微卫星外,桉树和杨树EST序列中其它类型微卫星的丰度随着重复单元长度的增加而减少,而在松树中则呈相反现象。同时值得注意的是松树EST序列中变异频率快的微卫星(>20bp)数量明显比桉树及杨树少。研究还发现,3个树种中微卫星获得或丢失重复单元的速率都随着重复单元的增加而降低。本研究首次报道了不同树种基因区微卫星比较研究,发现了一些松树与杨树、桉树相比较EST序列中所含微卫星在丰度及变异频率方面存在的异同。基因所含微卫星序列对基因的功能有重要影响,本研究的结果将为了解不同树种中基因区微卫星的特征提供重要参数,同时也将为利用所研究树种的EST序列开发多态性高的微卫星标记提供有益的生物信息学参考。
- 阎毛毛戴晓港李淑娴尹佟明
- 关键词：微卫星表达序列标签基因组进化
- 一种多倍体杨树的筛选方法及其专用引物
- 本发明公开了一种多倍体杨树的筛选方法及其专用引物，该方法以待筛选样品的DNA为模板，在特异性微卫星引物的引导下进行PCR扩增获得产物，对产物进行电泳，并进行基因型分析，若扩增出的等位基因数目大于或等于3个，则对应样品为多...
- 李淑娴尹佟明戴晓港渠纪腾冯凯
- 用于簸箕柳和三蕊柳种间杂交子代的鉴别引物及鉴定方法
- 本发明属于分子生物学领域，公开了一种鉴别簸箕柳和三蕊柳种间杂交子代的KASP引物组以及鉴别方法。本发明筛选出了能够鉴别簸箕柳和三蕊柳种间杂交子代的特异性引物组，采用本发明的引物组不仅可以实现两种柳树种间杂交子代的鉴定，还...
- 蔡晓凡梁青青魏铭辰戴晓港尹佟明
- 松树、杨树及桉树表达基因序列微卫星比对分析
- 微卫星是生物基因组中变异频率最快的序列,结构基因中微卫星重复数的变化会引起基因的框移突变,因此在进化过程中,基因区微卫星会受到强烈选择的影响。在本研究中,分析了松树、杨树及桉树基因组的EST(Express sequen...
- 阎毛毛戴晓港李淑娴尹佟明
- 关键词：微卫星表达序列标签基因组进化
- 一种拟南芥种子采收过滤装置
- 本实用新型公开一种拟南芥种子采收过滤装置，包括采收过滤箱，该采收过滤箱从下而上依次设置有若干个向外侧扩展的台阶体，且每一台阶体上均相应设置有若干个间隔均匀的滚珠槽，每一滚珠槽中均相应放置有一可转动的滚珠，所述滚珠的上端露...
- 周芳伟陆静戴晓港
- 用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物和鉴定方法
- 本发明涉及生物技术领域，具体而言，提供了一种用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物和鉴定方法。本发明提供的用于美洲黑杨和小叶杨种间杂交子代的鉴别引物，包括含有SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2的(a)引物...
- 戴晓港尹佟明薛良交陈晨吴怀通房芝馨
