王勇献 作品数:131 被引量:132 H指数:5 供职机构: 国防科学技术大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 湖南省自然科学基金 国防科技大学科研计划项目 更多>> 相关领域: 自动化与计算机技术 生物学 理学 文化科学 更多>>
一种串行与并行模拟相结合的并行计算机系统性能模拟方法 本发明公开了一种串行与并行模拟相结合的并行计算机系统性能模拟方法,要解决的技术问题是提高性能模拟准确性和模拟效率。技术方案是先从并行源程序中分离计算代码段,将各计算机代码段封装为可独立执行的串行源程序;接着对串行源程序进... 车永刚 徐传福 王勇献 王正华 彭宇行 陆平静 方建滨 翁玉芬文献传递 基于流处理的生物序列数据库搜索多层次加速方法 本发明公开了一种基于流处理的生物序列数据库搜索多层次加速方法,目的是在保证搜索准确性、较低成本的前提下,加快生物序列数据库搜索速度。技术方案是先构建由多台个人计算机组成的集群系统,指定一个主控节点机器;主控节点机器将数据... 王勇献 王正华 董蕴源 车永刚 徐传福 彭宇行 王意洁 邢座程文献传递 一种预测细胞凋亡蛋白的亚细胞定位的新方法 被引量:3 2007年 细胞凋亡蛋白对生物体的发育、维持内环境稳定及人们理解细胞凋亡机制非常重要。文中提出了一种新的蛋白质序列特征提取方法—三肽离散源方法。计算了蛋白质序列中紧邻三联体的出现个数,利用离散增量极小化对凋亡蛋白进行定位预测;同时推广了张春霆等提出的内容平衡精度指数,使其能评估任意类的分类问题。实验结果表明:在凋亡蛋白定位预测研究中,三肽离散源方法在提高总体预测精度的同时,能够较好的解决样本不均衡问题;而内容平衡精度指数能比传统的总体预测精度更准确的评估预测算法的预测能力,有效的反映预测算法对样本不均衡问题的相容能力。 张振慧 王勇献 王正华关键词:亚细胞定位 Intel多核与集成众核上CFD程序的OpenMP性能分析 被引量:2 2015年 多核与众核已成为当前主流的高性能计算体系结构,Open MP编程是开发其并行计算能力的主要手段之一。针对一个实际高阶精度结构网格CFD(computational fluids dynamics)应用程序,采用基于硬件计数器的性能测试和模型分析的方法,系统地研究了其在Intel Xeon E5 Sandy Bridge多核处理器和Intel Knights Corner集成众核协处理器上的Open MP性能。重点分析了Open MP库开销、线程负载均衡性、主存访问带宽对性能的影响,发现因Open MP并行引入的冗余计算对并行效率影响很小,但串行计算部分和负载不均衡性对并行效率影响大,主存访问带宽对浮点性能的影响大。还比较了该程序两种体系结构上的性能差异,讨论了性能进一步优化的方向。 车永刚 张理论 王勇献 徐传福 程兴华关键词:多核 OPEN MP 性能分析 基于KNL平台的三维楔形海底水声传播并行优化 基于最新的高性能计算平台、发展高效率的大规模并行优化算法是解决复杂水声场高效数值计算的技术手段之一。本文针对三维楔形海底水声传播计算问题,提出了基于共享内存编程模型OpenMP的并行优化方案,并结合Intel新一代KNL... 肖汶斌 王勇献 刘巍 蓝强 程兴华 王得志 邹丹关键词:水声传播 OPENMP 文献传递 海洋中尺度涡水声场特性分析 <正>0引言作为海洋热量和动量输运的主要形式之一,中尺度涡是具有顺时钟或逆时钟方向旋转运动的封闭式海洋水团[1]。通过大量海洋调查发现,典型中尺度涡的空间尺度约为50~500km,时间尺度最多可达上百天[2],是普遍存在... 肖汶斌 刘巍 程兴华 王得志 王勇献关键词:海洋环境 中尺度涡 文献传递 为何在蛋白质相互作用网络中伪hub没有致命性?(英文) 2014年 在系统生物学中,中心性-致命性法则的机制至今仍是一个有争议的问题。但是,在蛋白质-蛋白质相互作用网络中,存在很多伪hub,它们并不具有致命性。为了解释这一现象,作者提出了三个新的度量标准:n-neighbor、n-ip和n-ibep,并从拓扑和功能两方面将伪hub与致命性hub进行比较,发现两者所有的区别都具有统计学意义。实验结果显示伪hub具有更高的进化速率,参与了较少的子图且倾向于与非致命性蛋白质发生相互作用。 董蕴源 王勇献关键词:致命性 一种面向大规模网络环境的分布式K近邻节点搜索方法 本发明公开了一种面向大规模网络环境的分布式K近邻节点搜索方法,要解决的技术问题是:提出一种面向大规模网络环境的分布式K近邻节点搜索方法,低成本高精度实现节点邻近性的测量。技术方案是采用直接测量方式为每个节点构建邻居集,并... 王意洁 符永铨 孙伟东 李小勇 马行空 李东升 褚瑞 张一鸣 陈振邦 彭宇行 车永刚 徐传福 王勇献基于分组重量编码的蛋白质功能预测 被引量:1 2007年 从蛋白质序列出发,采用分组重量编码(Encoding Based on Grouped Weight,简记EBGW),并结合最近邻居算法对蛋白质功能进行预测。对酵母(Saccharomyces cerevisiae)蛋白质的1826条序列进行预测,整体预测准确率与其他基于序列信息的蛋白质功能预测方法相当。实验结果表明基于EBGW编码方案的新方法可有效地应用于蛋白质功能预测。 王秀鹤 王正华 王勇献 张振慧关键词:分组重量编码 蛋白质功能预测 一个结构网格并行CFD程序的单机性能优化 从单机性能优化角度对一个高阶精度结构网格CFD 并行程序进行了优化.通过识别关键变量并对其进行常量参数化优化,使编译器能够实现更高级别的针对性优化;根据程序数据结构特点及访问模式,设计了分级数据缓存技术,使程序主要计... 车永刚 张理论 王勇献 徐传福 刘巍 王正华 刘化勇文献传递 网络资源链接