毕胜男
- 作品数：4 被引量：2H指数：1
- 供职机构：山东师范大学生命科学学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点实验室开放基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 不同类型原核生物基因组编码蛋白基因组成及进化特征分析
- 原核生物是一类由没有真正细胞核的细胞组成的单细胞或多细胞的低等生物，基因组大多较小，一般由一个单一的DN A分子组成，编码区在基因中所占比例很高，因此原核生物蛋白质编码基因成为原核生物基因组相关研究的重要载体。随着测序技...
- 毕胜男
- 文献传递
- 基于多种描述参数的嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组密码子偏好性分析
- 2014年
- 进化是生物最本质的特征,一直以来,密码子偏好分析是基因组进化研究领域的热点命题之一.文中以极端嗜盐古菌Haloarcula hispanica基因组为研究对象,基于不同密码子偏好描述参数对该基因组大、小染色体及质粒的蛋白质编码基因中密码子使用特点进行了系统研究.结果表明Haloarcula hispanica基因组各组分蛋白质编码基因倾向使用以G/C结尾的密码子,在偏好的26个密码子中只有两个密码子的使用在大、小染色体和质粒之间存在差异.进一步基于多种描述参数的对应分析发现大、小染色体中各参数的相关系数存在相似性,而与质粒则出现了较大的差异,这可能与三者之间的进化关系有关,因而该工作为今后原核生物大小染色体与质粒之间进化关系的研究提供了可靠依据.
- 毕胜男于家峰
- 关键词：嗜盐古菌基因组
- 基于同义密码子使用的原核生物基因组大、小染色体及质粒进化特征分析被引量：2
- 2015年
- 基于同义密码子偏好分析,对54个原核基因组大、小染色体及质粒中蛋白质编码基因的序列特征进行了对比分析。结果表明,大、小染色体中蛋白质编码基因的GC含量分布相近,质粒中蛋白质编码基因的GC含量分布与所在物种全基因组的GC含量差别较大。进一步的分析表明,大、小染色体共同偏好的密码子最多,且具有相近的起始密码子和终止密码子使用特征。基于对应分析的同义密码子使用模式分析表明,大、小染色体具有相近的序列特征,且大、小染色体及质粒之间具有不尽相同的影响因素。这些结果可为今后原核生物基因组进化研究提供可靠的方法和理论依据。
- 毕胜男于家峰任景王吉华
- 关键词：质粒
- 基于密码子偏好特征的原核基因组多拷贝基因序列分析
- 2014年
- 基因重复是普遍存在的现象，与基因组进化密切相关，是基因组和遗传系统分化的重要推动力.目前针对原核基因组中蛋白质编码基因序列中的重复基因的系统研究还很少.本文以四种具有不同GC%含量的原核生物基因组为研究对象，用CodonW软件对各基因组中完全相同的功能基因的密码子使用偏好进行分析，用CD-hit软件对各基因组中以80%为阈值的重复蛋白编码基因进行分析.结果表明四个基因组的蛋白编码基因中普遍存在基因重复序列，其比例占到2.77%~7.03%.对序列完全相同的功能已知基因的分析表明其序列长度分布在50bp到1000bp左右的范围，多数长度在500bp以下；功能分析表明所研究基因组中大部分重复基因与转座酶有关，还有少量的编码转移酶、水解酶、跨膜蛋白、阻遏蛋白等.对各基因组中重复基因中序列完全相同的基因的密码子偏好性分析表明这些多拷贝基因坐落在基因组中某一特定区域并集中分布，展现出明显的共性特征.本文的尝试性工作将为今后原核基因组研究提供新思路.
- 陈清利毕胜男于家峰
- 关键词：重复基因
