高素青 作品数:124 被引量:367 H指数:11 供职机构: 深圳市血液中心 更多>> 发文基金: 深圳市科技计划项目 广东省科技计划工业攻关项目 广东省自然科学基金 更多>> 相关领域: 医药卫生 生物学 自动化与计算机技术 政治法律 更多>>
HLA测序分型中模棱两可结果的分析及其解决策略 被引量:7 2015年 目的探讨无关供-受者器官移植人类白细胞抗原(human leukocyte antigen,HLA)高分辨分型确认实验中,HLA测序分型模棱两可结果的种类、比例及高效解决方法。方法采用美国Atria公司的HLA测序分型试剂盒,对650人份无关供一受者样本的HLA-A、B、C基因第2、3和4外显子,HLA-DRB1第2外显子及HLA—DQB1第2、3外显子进行常规检测,统计常见模棱两可等位基因种类及比例,再应用PCR-序列特异性引物(squeneespecificprimer,PCRSSP)高分辨试剂盒或增加常规检测区外的外显子进行再测序分型(sequencing—basedtyping,SBT),以获得精确的HLA高分辨分型结果。结果650人份供-受者的HLA-A、B、C、DRB1及DQ引基因的直接测序分型出现模棱两可比例分别为76.31%(496/650),91.08%(592/650),97.69%(635/650),88.62%(576/650)和43.38%(141/650)。共发现常规检测区内模棱两可等位基因型组合36种,常规检测区外模棱两可等位基因组合22种。依据中国常见及确认的(common and well-documented,CWD)HLA等位基因表(1.01版),排除罕见等位基因后,共有9种模棱两可CWD组合,除了HLA—B、C位点包括等3种外,其余的3个位点各出现1种;检测区外模棱两可等位基因组合减少为10种,其中HLAA、B位点各1种,HLA-C、-DRB1位点各4种。所有模棱两可结果采用高分辨PCR—SSP或PCR—SBT方法进行必要的复核确认。结论分析了HLA5个位点测序分型中模棱两可结果的常见种类,采用相应的解决策略,可以达到高效、低耗、精确分型的目的。 王大明 何柳媚 邹红岩 高素青 邓志辉关键词:人类白细胞抗原 测序分型 HLA全长序列测定及测序分型试剂的研制和应用 邓志辉 徐筠娉 杨宝成 喻琼 王大明 邹红岩 高素青 曾健强 何柳媚 金士正 程良红 李桢 魏天莉 人类白细胞抗原(HLA)为人类主要组织相容性系统,具有高度的分子遗传多态性、种族特性、单倍体连锁遗传和连锁不平衡等特点。PCR-SBT技术为全球公认的HLA基因分型“金标准”,然而,国内使用的HLA测序分型试剂尚依赖于国...关键词:关键词:试剂盒 人类白细胞抗原 测序分型 深圳地区汉族献血人群MICA等位基因多态性及其与HLA-B基因的连锁不平衡分析 目的研究主要组织相容性复合体Ⅰ类链相关基因A位点(Major Histocompatibility Complex ClassⅠChain-related Gene A,MICA)在深圳地区汉族献血人群中的分布特点及其与... 王宋兴 徐筠娉 何柳媚 洪文旭 高素青文献传递 6965名汉族骨髓供者HLA多态性分析 被引量:102 2004年 目的 分析中国汉族骨髓供者的人类白细胞抗原 (HLA)多态性 ,并寻找和鉴定新的HLA等位基因。方法 采用序列特异性引物聚合酶链反应、DNA测序技术以及分子克隆等以DNA为基础的HLA基因分型技术。结果 共鉴定 6 96 5人份无关汉族骨髓供者的HLA A、B、DRB1座位上的等位基因 ,其中 4 70 7人份为南方汉族个体 ,2 2 5 8人份为北方汉族个体。在受检群体中共检出 72种HLA特异性 ,包括过去很少在汉族人群中被检测到的HLA A2 5、A34、A74、B4 1、B4 2、B5 3、B73、B81等。HLA A、B、DRB1座位上尚未被检测出的空白基因频率分别小于 0 .2 0 % ,0 .2 5 %和 0 .70 %。发现 3个新等位基因 ,已被WHO命名为HLA A 0 2 5 3N ,HLA A 1114和HLA B 5 6 10。结论 在骨髓供者HLA分型中使用以DNA为基础的基因分型技术 ,可以得到精确可靠的基因频率以及发现新的等位基因。一些HLA基因在南北汉族人群中的分布有明显的差异 ,为了能最大限度地募集到带有不同HLA分型的骨髓供者 。 吴国光 邓志辉 高素青 程良红 金士正 周丹 李桢 邹红岩 张旋 魏天莉 程曦 王大明关键词:骨髓 组织相容性试验 等位基因 基因频率 常染色体短串联重复序列基因座复合扩增等位基因丢失现象的研究 2018年 目的探讨常染色体短串联重复序列(STR)基因座复合扩增等位基因丢失现象的特征和原因,以及亲子鉴定中STR基因座等位基因疑似突变的确认策略。方法选择2017年1月至6月,于深圳市血液中心接受三联体亲子鉴定的3个家庭的9例家庭成员为研究对象。研究对象纳入标准:STR基因座等位基因初检结果不符合孟德尔遗传规律,疑为STR基因座等位基因丢失者。采用美国ABI公司生产的GlobalFiler Express试剂盒对受试者血斑片样本的21个常染色体STR基因座等位基因进行分型。采用美国Promega公司生产的PowerPlex 21复合扩增系统对受试者血斑片样本的STR等位基因分型结果进行验证。采用PCR-直接测序(SBT)法,检测受试者DNA样本人类白细胞抗原(HLA) -A/-B/-C/-DR/-DQB1基因座等位基因,并且对受试者HLA基因座单倍型进行分型,作为个体识别的补充验证。本研究所遵循的程序符合2013年修订的《世界医学协会赫尔辛基宣言》,并且与受试者或其监护人签订知情同意书。结果①本研究3个家庭的三联体亲子鉴定中,6例受试者丢失的等位基因分别发生在STR的3个基因座CSF1PO、D1S165和TH01,并且突变步数均不相同。上述丢失的等位基因,既可能为父源性,亦可能为母源性。②家庭1中,对母亲和孩子的CSF1PO基因座等位基因分型的初检结果显示,等位基因均为纯合子;验证结果显示,等位基因均为杂合子;二者的CSF1PO基因座等位基因初检结果均丢失等位基因10。③家庭2中,对父亲和孩子的D1S1656基因座等位基因分型的初检结果显示,等位基因均为纯合子;验证结果显示,等位基因均为杂合子;二者的D1S1656基因座等位基因初检结果均丢失等位基因16。④家庭3中,对母亲和孩子的TH01基因座等位基因分型的初检结果显示,等位基因均为纯合子;验证结果显示,等位基因均为杂 高素青 金士正 何柳媚 李桢 邓志辉 洪文旭关键词:杂合子丢失 等位基因 串联重复序列 HLA抗原 PCR扩增产物磁珠纯化法应用于HLA测序分型的研究 被引量:4 2011年 目的探讨PCR扩增产物磁珠纯化法应用于HLA测序分型的可能性。方法采用本实验室建立的HLA—c基因测序分型方法中的PCR扩增、测序反应和测序纯化等步骤,对96份标本特异性扩增HLA—C基因外显子1~4目的序列片段约为2000bp,扩增产物分别采用OMEGA公司(瑞士)磁珠纯化法及USB公司(美国)的外切酶Ⅰ和虾碱性磷酸酶的混合物和Atria HLA-C SBT plus试剂盒配套使用的外切酶Ⅰ和虾碱性磷酸酶的混合物进行纯化和平行对照,经HLA—C基因第2、3和4外显子双向测序反应,纯化后的测序反应产物采用ABI3730测序仪电泳检测,Assign3.5.1.45分析软件判定结果,统计可判定受检者HLA基因型的样本的总数,并计算BCS(base calling score)平均值。结果经磁珠纯化法纯化PCR扩增产物测序反应后得到的序列质量BCS平均值为81.191±3.539;AtriaExoSAP—IT纯化后测序反应所获得序列BCS平均值为79.946±3.778,USB外切酶Ⅰ和虾碱性磷酸酶的混合物测序反应所获得序列BCS平均值为70.384±5.778。上述纯化方法的碱基A,G,C和T的峰高均在1000以上;平均每人份10μl扩增产物的纯化成本,磁珠法明显比外切酶Ⅰ和虾碱性磷酸酶的混合物法便宜很多。结论磁珠纯化试剂成本低、无需冷冻保存,HLA测序分型中序列质量效果较好,具有良好的实用价值。 王大明 何柳媚 徐筠娉 高素青 邓志辉关键词:HLA 测序分型 深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体I类链相关基因B基因多态性及其分布特征分析 被引量:1 2016年 目的探讨深圳地区汉族人群人类主要组织相容性复合体I类链相关基因(MIC)B等位基因多态性及分布特征。方法选择2012年8月至2014年12月,于广东省深圳市血液中心献血的202例无血缘关系的深圳地区汉族健康献血者为研究对象。根据自行设计的MICB基因聚合酶链反应(PCR)扩增引物及测序引物,采用PCR一直接测序(SBT)法对献血者MICB基因第2~4外显子进行序列测定,并采用统计学方法对本组深圳地区汉族人群等位基因频率及基因多态性结果与不同地区人群进行比较。本研究遵循的程序符合深圳市血液中心人体试验委员会制定的伦理学标准,得到该委员批准,征得受试对象知情同意,并于采血前与之签订相关伦理学文件。结果本组202例深圳地区汉族人群中,共检出的MICB等位基因10种,基因型24种。本组人群的MICB基因多态性以MICB*00502基因型等位基因频率最高,占51.2%,其次为MICB*00201(19.8%),MICB*00401(8.7%),MICB*014(5.7%)及MICB*008(5.2%)。MICB基因型以MICB*00502一MICB*00502频率最高,占35.6%。MICB*013为威尔士人群特有基因,在深圳地区汉族、韩国、西班牙人群中均未检出。MICB*018等位基因在德国健康人群、奥地利、摩洛哥、澳大利亚及其他亚洲人群中均未检出,在深圳地区汉族人群却有较高的等位基因频率,等位基因频率达1.5%。结论深圳地区汉族人群的MICB等位基因分布与其他不同地区人群相比,具有高度的遗传多态性且有其自身分布特点。 金士正 高素青 钟艳平 何柳媚 崔秀娟 徐筠娉关键词:基因 聚合酶链反应 多态性 广东籍鼻咽癌患者与HLA等位基因相关性研究 被引量:2 2010年 目的 探讨广东籍鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)患者的人类白细胞抗原(Human leukocyte antigen,HLA)-A、B和DRB1等位基因多态性与鼻咽癌之间关系.方法 采用聚合酶链反应测序分型法(polymerase chain reaction sequence-based typing,PCR-SBT),对35例广东籍NPC患者和119例健康对照的HLA-A、B、DRB1位点的等位基因进行序列分型及基因多态性分析.结果 HLA-A*26:01(0.0857 vs 0.0210,P<0.05,OR=4.72)、HLA-B*40∶01(0.2571 vs 0.1639,P<0.05,OR=2.17)和B*46∶01(0.2857 vs 0.1639,P<0.05,OR=2.74)基因频率在NPC组显著高于正常对照组.HLA-A*11∶01(0.2143 vs 0.3193,P<0.05,OR=0.42)和HLA-DRB1*03∶01(0 vs 0.0588,P<0.05,OR=0)基因频率在NPC组低于正常对照组.结论 HLA-A*26∶01,B*40∶01和B*46∶01等位基因可能与广东籍人群患NPC的机会呈正相关性,HLA-A*11∶01等位基因与NPC有负相关性. 卢亮 邓志辉 高素青 邹红岩关键词:人类白细胞抗原 鼻咽癌 基因频率 深圳无偿献血人群中李姓、王姓和张姓无关男性个体Y-STR单倍型遗传多态性 被引量:3 2007年 为研究姓氏群体Y染色体特异STR单倍型的遗传多态性,采用PCR复合扩增和ABI PrismTM3100基因测序仪荧光检测方法对DYS426等9个Y-STR基因座进行基因分型,检测深圳地区李姓无关男性个体血样139份、王姓无关男性个体118份、张姓无关男性个体119份。结果在139份李姓群体中,共检出126种单倍型,其中118种单倍型仅出现1次,检出频率最高的1种单倍型出现6次,单倍型多样性为0.9974;118份王姓无关男性样本中,共检出105种单倍型,其中94种单倍型仅出现1次,检出频率最高的1种单倍型出现4次,单倍型多样性为0.9953;张姓无关男性样本中,共检出101种单倍型,其中88种单倍型仅出现1次,检出频率最高的1种单倍型出现4次,单倍型多样性为0.9964。结果表明:深圳地区李、王、张姓氏无关男性个体Y-STR单倍型的遗传多态性丰富,与以往的汉族无关男性群体遗传资料相比较,差异不显著。 邓志辉 李茜 王大明 高素青 曾健强关键词:单倍型 遗传多态性 抗原肽对人多发性骨髓瘤细胞HLA-E的表达调控及对NK细胞抗肿瘤活性的影响 目的 研究HLA-Ⅰ类基因抗原肽(B7)、巨细胞病毒(CMV)抗原肽对人多发性骨髓瘤细胞系U266表面HLA-E分子表达水平的调控及其表达水平的改变对NK细胞抗肿瘤活性的影响。方法 将体外合成的B7及CMV抗原肽与U26... 徐筠娉 王宋兴 何柳媚 高素青关键词:多发性骨髓瘤 抗原肽