马文喆
- 作品数：3 被引量：1H指数：1
- 供职机构：北京大学更多>>
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- SARS冠状病毒主要蛋白酶构象运动性分析
- 2003年
- ＳＡＲＳ冠状病毒 3ＣＬ蛋白酶的单体结构由 3个结构域构成 ,其中第 1、2个结构域紧密堆积成糜胰蛋白酶折叠类型 ,第 3个结构域由 5个α螺旋构成 ,较为独立。有实验证明 3ＣＬ蛋白酶的α螺旋结构域的缺失会影响酶的催化活性。另外 3ＣＬ蛋白酶还有可能具有ＲＮＡ结合功能。因此研究α螺旋结构域的作用有助于认识ＳＡＲＳ冠状病毒 3ＣＬ蛋白酶的生物功能。我们对于ＳＡＲＳ冠状病毒 3ＣＬ蛋白酶的单体分子进行了分子动力学模拟 ,采取全原子模型 ,加入溶剂水分子 ,进行了 3次 1ｎｓ的模拟。同时我们还利用弹性网络模型对于ＳＡＲＳ冠状病毒 3ＣＬ蛋白酶进行了正则振动分析。分子动力学模拟及正则振动分析表明α螺旋结构域相对于糜胰蛋白酶结构部份有整体的大运动 ,在两个垂直的方向上有方向相反的振动模式 (图 1)。原子热运动分析表明酶催化活性附近的两个表面环区有较大的构象运动性。
- 陈浩马文喆来鲁华
- 关键词：SARS冠状病毒分子动力学模拟
- 微观生物系统的功能结构关系研究——基因调控网络及蛋白质动力学模型研究
- 在生物世界中结构与功能通常是紧密相关的，在很大程度上功能决定了形式和结构。在宏观尺度上，比如飞行的生物都演化出了翅膀，需要快速运动的海洋生物都有着流线型的身体，五颜六色的花朵为的是吸引蝴蝶和蜜蜂来帮助它们繁衍。在微观尺度...
- 马文喆
- 关键词：生物网络基因调控网络
- SARS冠状病毒主要蛋白酶结构模建及活性部位运动性分析被引量：1
- 2003年
- SARS冠状病毒 3CL蛋白酶是病毒复制过程中的关键酶 ,有可能成为针对抗SARS药物研制的重要靶标。利用同源模建的方法建立了SARS冠状病毒 3CL蛋白酶的结构模型 ,对于二聚体中蛋白质分子间相互作用分析表明该蛋白在溶液中有可能形成二聚体。利用分子动力学与多正则系综采样相结合的方法对于SARS冠状病毒 3CL蛋白酶活性部位的两个环区进行了构象模拟 ,找到了两种代表性构象 ,预示着SARS冠状病毒
- 刘士勇裴剑锋陈浩祝小雷刘振明马文喆贺风雷来鲁华
- 关键词：SARS冠状病毒蛋白酶结构模建活性部位
