刘洪伟
- 作品数：12 被引量：36H指数：3
- 供职机构：中国林业科学研究院林业研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金中央级公益性科研院所基本科研业务费专项更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生更多>>
- 多种材料中紫杉醇合成能力的基因证据探索
- 紫杉醇(Taxol)是一种广泛应用于治疗肺癌、卵巢癌和乳腺癌的复杂二萜化合物，它首先从短叶红豆杉（Taxus brevifolia）树皮中分离得到。现在紫杉醇主要来源为生长缓慢的红豆杉树木，紫杉醇的供应尚严重不足。因此，...
- 刘洪伟
- 关键词：紫杉醇内生真菌基因鉴定
- 榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因的克隆与表达被引量：1
- 2016年
- 牻牛儿基牻牛儿基焦磷酸合酶是产紫杉醇内生真菌紫杉醇合成下游途径中的关键步骤之一,在榛子产紫杉醇内生真菌中进行紫杉醇生物合成研究时首先要确认GGPP合酶的存在。该研究通过RT-PCR方法克隆得到了榛子产紫杉醇内生真菌Penicillium aurantiogriseum中GGPP合酶基因Pa GGPPS(Gen Bank登录号为KM881430)的c DNA开放阅读框(Open reading frame,ORF)。利用生物信息学方法,我们分析了该基因的序列,并对其编码的氨基酸序列进行了预测。结果发现该基因ORF长度为1 113 bp,预计蛋白分子量为40.98k D,等电点为6.168,表明该蛋白呈酸性。对其进行亲疏水性分析发现肽链整体呈现为亲水性。Pa GGPPS的主要二级结构元件为α-螺旋,并且包含一个异戊二烯类化合物合酶功能域。对榛子产紫杉醇内生真菌与其他物种的GGPPS进行氨基酸同源性分析,发现其与娄地青霉、曲霉菌和费氏新萨托菌的一致性较高,分别为94%、76%和76%。进化树分析表明来自动物、真菌和酵母的GGPPS聚为一类,来自植物的GGPPS聚为一类,其中榛子产紫杉醇内生真菌的GGPPS和青霉菌的进化关系最近,与植物的GGPPS的进化关系最远。对其进行基础生物信息学分析后,我们构建了原核表达载体,成功诱导其表达并得到可溶性蛋白。该研究结果为下一步深入研究GGPPS基因在内生真菌Penicillium aurantiogriseum紫杉醇合成途径中的作用及和构建高产紫杉醇基因工程菌株奠定了一定的基础。
- 刘洪伟杨艳芳李艳艳王帅邱德有
- 关键词：内生真菌紫杉醇
- 从狼毒大戟中克隆蓖麻烯合成酶基因
- 2012年
- 本研究采用RACE-PCR技术从狼毒大戟(Euphorbia fischeriana Steud.)根中克隆到一个蓖麻烯合成酶(casbene synthase)基因,命名为EfCS(GenBank登录号为:JN862821)。该基因长1969bp,编码602个氨基酸,具有典型的萜类合成酶的基因结构。对CS基因编码氨基酸序列进行生化特性分析发现其理论等电点为5.36,分子量为69.3648kD。通过疏水性分析,发现CS整体表现为亲水性。进行导肽分析结果发现其具有叶绿体导肽。二级结构预测表明,CS蛋白由α-螺旋、延伸链、β-转角和随意卷曲构成,它们分别占到64.95%、6.64%、3.16%和25.25%。另外,对CS蛋白质进行三级结构预测,发现蓖麻烯合成酶属Ⅰ类萜类合成酶。
- 刘洪伟唐其杨艳芳张楠邱德有
- 狼毒大戟蓖麻烯合酶基因的克隆与表达分析
- 大戟科植物含单萜、倍半萜、二萜及三萜，这些化合物很多都具有毒性或者潜在的治疗活性。佛波酯类化合物Prostratin是一种巴豆烷(tigliane)型二萜。上世纪90年代美国国立癌症研究所从大戟科植物Mamala树(Ho...
- 刘洪伟
- 关键词：狼毒大戟功能分析生物信息学
- 南方红豆杉bHLH基因克隆与序列分析被引量：10
- 2015年
- 以南方红豆杉为试材,利用RT-PCR方法从南方红豆杉c DNA中克隆了一个b HLH转录因子——Tc MYC,Gen Bank注册号为KC878013。通过生物信息学分析,发现该基因全长1 959 bp,编码一个650个氨基酸残基的亲水蛋白;Tc MYC相对分子量为71.4 k D,等电点p I为4.87。推测所克隆Tc MYC基因编码的蛋白定位于细胞核中,含有一个螺旋—环—螺旋结构,与东北红豆杉、葡萄和烟草的MYC基因编码的蛋白序列一致性分别为98%、45%和44%,进化树分析表明同科属植物的MYC转录因子归为一类,红豆杉的MYC与其他草本被子植物的MYC转录因子亲缘关系都较远。在茉莉酸甲酯诱导的红豆杉细胞中,Tc MYC基因表达呈现略微下降趋势,推测Tc MYC可能负向调控紫杉醇生物合成,为利用分子手段调控紫杉醇的生物合成提供了理论基础。
- 周华朱祺杨艳芳刘洪伟余发新邱德有
- 关键词：红豆杉属BHLH基因克隆紫杉醇
- 欧洲红豆杉AP2/ERF转录因子基因序列分析被引量：6
- 2014年
- 以东北红豆杉AP2转录因子氨基酸序列为查询序列,搜索比对欧洲红豆杉基因组草图数据得到一个AP2转录因子全长序列,并命名为TbAP2。同时,利用生物信息学方法对TbAP2基因序列及其编码蛋白进行了特征分析和功能预测,发现该基因全长1 817bp,编码一个217个氨基酸的ORF;TbAP2相对分子量为23.68×103,等电点为4.92,亚细胞定位分析推测该转录因子定位在细胞核中,保守结构域分析发现其含有一个典型的AP2结构域,除与东北红豆杉具有99%的高一致性外,还分别与杨树、苜蓿和大豆的AP2蛋白具有81%、80%和78%的高一致性,进化树分析表明,相近科属植物的AP2转录因子归为一类,红豆杉AP2转录因子与玉米的AP2转录因子亲缘关系最近。本研究获得了TbAP2基因电子序列,为更好地利用分子生物学技术调控紫杉醇的生物合成提供理论基础。
- 杨艳芳刘洪伟邱德有
- 关键词：红豆杉转录因子生物信息学紫杉醇
- 不同植物中推定蓖麻烯合酶基因的生物信息学分析
- 2016年
- 利用GenBank中已登录的完整的麻风树、乳浆大戟、蓖麻和乌桕中的13个蓖麻烯合酶（Casbenesyn．thase，CS；EC4．6．1．7）基因序列，通过生物信息学方法对其核酸及氨基酸序列、组成成分、导肽、信号肽、跨膜结构域、疏水性／亲水性、蛋白质的二级结构、三级结构及功能域等进行了分析预测。结果表明，13个CS基因的ORF长度均在1647—1845bp，蛋白分子量均在63．0～70．8kD，终止密码子为TGA或TAA，理论等电点均小于7．0，表明CS蛋白呈酸性。氨基酸含量最高的均为亮氨酸。核苷酸同源性比较分析表明，CS基因主要分为两类。导肽预测发现其中6个CS具有导肽，均为叶绿体导肽。信号肽和扩模结构域预测发现这些CS不存在信号肽和跨膜结构域，肽链整体呈现为亲水性。这些CS的主要二级结构元件为α-螺旋，并且都包含两个萜类合酶功能域。以上研究为进一步探索嬲基因的功能提供一定理论依据。
- 刘洪伟杨艳芳熊王丹吴平治吴国江邱德有
- 狼毒不定根的诱导及组织培养的方法
- 本发明涉及一种狼毒(Euphorbia fischeriana)不定根的诱导及组织培养的方法，属于细胞工程技术领域。包括(1)种子的萌发：狼毒种子经HgCl<Sub>2</Sub>消毒后置于MS固体培养基上，于光照下萌发...
- 邱德有刘洪伟杨艳芳张楠
- 文献传递
- 红豆杉TcLBDs基因的克隆与表达分析被引量：1
- 2015年
- 【目的】LBD(LATERAL ORGAN BOUNDARIES DOMAIN)转录因子在植物次生生长中具有潜在的作用。克隆红豆杉LBD基因,研究LBD在红豆杉剥皮后树皮再生过程中的表达状况,以揭示其调控作用。【方法】在红豆杉剥皮再生组织转录组数据库中搜索LBD基因,根据获得的基因序列设计引物,利用RT-PCR方法克隆得到2个红豆杉TcLBDs基因的cDNA片段,分别命名为TcLBD1和TcLBD6。进一步利用生物信息学工具对其进行分析,最后利用半定量RT-PCR对红豆杉不同组织、利用qRT-PCR技术对其剥皮再生不同时期的TcLBDs的表达进行分析。【结果】TcLBD1的cDNA包含549 bp开放阅读框(ORF),编码182个氨基酸;TcLBD6的cDNA包含687 bp开放阅读框,编码228个氨基酸。TcLBD1和TcLBD6编码的蛋白质分子量分别为19.97,25.13 kDa,序列分析表明二者在N端存在着LBD类转录因子特有的LOB结构域,都属于第1类(ClassⅠ)LBD;二者在核酸序列和氨基酸序列水平上分别有55.2%和57.9%的相似性,且蛋白质二级结构也具有较高的相似性。系统进化树结果显示TcLBD1与北美云杉的蛋白(ABK21479)聚为一簇,亲缘关系最近;TcLBD6与拟南芥的AS2/LBD6聚在一起。组织表达谱分析表明Tc LBD1在茎和木质部(含形成层)中表达量明显高于根、叶片和韧皮部(含形成层)中的表达量;TcLBD6主要在根和茎中表达。2个TcLBDs基因在红豆杉剥皮再生不同时期再生组织间的表达模式结果显示,在其剥皮再生过程中Tc LBD1基因表达量在6天时达到最高,整体呈上调表达;Tc LBD6表达水平在18天后显著上调。【结论】克隆2个红豆杉TcLBDs基因,TcLBD1和TcLBD6,这2个基因在红豆杉剥皮再生过程中均有响应,推测二者在红豆杉剥皮后树皮再生过程中起调控作用。
- 李艳艳杨艳芳王俊青王帅刘洪伟邱德有
- 关键词：红豆杉LBD转录因子生物信息学分析基因表达
- 银杏细胞转录组高通量测序及分析被引量：15
- 2013年
- 利用Illumina的Genome Analyzer IIx对银杏(Ginkgo Biloba)细胞转录组进行高通量测序,挖掘银杏内酯和紫杉醇生物合成基因,特别是新的羟基化酶基因,为今后最终完善红豆杉细胞紫杉醇生物合成途径中未知的羟基化步骤作准备。通过测序,获得了银杏细胞69 286个contig,56 387个scaffold,32 032个unigene。Unigene平均长度636bp。另外从gap分布、GC含量、基因组coverage等方面对unigene进行评估,数据显示测序质量好,可信度高。通过分析unigene的表达和功能注释等信息,发现66个属于CYP450基因家族,726个参与次生代谢物合成,其中59个与萜类合成有关,17个与二萜类合成相关。利用生物信息学方法从Michigan State University银杏成熟叶、侧根、成熟果实、无菌苗以及次生茎的转录组数据中找到了与银杏细胞CYP450高度同源的紫杉烷羟基化酶候选基因15个,为后续研究奠定了基础。
- 张楠孙桂玲戴均贵杨艳芳刘洪伟邱德有
- 关键词：GENOMEANALYZER转录组
