孔凡娜 作品数:39 被引量:71 H指数:4 供职机构: 中国海洋大学海洋生命学院 更多>> 发文基金: 国家高技术研究发展计划 国家自然科学基金 教育部“新世纪优秀人才支持计划” 更多>> 相关领域: 生物学 农业科学 天文地球 医药卫生 更多>>
条斑紫菜叶状体DNA的高效制备 被引量:1 2014年 探索优化研磨条斑紫菜叶状体提取DNA的条件,建立一套简单、快速、高效的高通量研磨破碎方法。钢珠研磨80s时的破碎效果与液氮研磨破碎效果相近,因此选用80s作为研磨时间。利用2种样品材料(干燥和新鲜)、4种研磨介质(钢珠Φ2.3mm、陶瓷珠Φ1mm、石英砂0.270~0.707mm和玻璃珠Φ0.5mm)、3个研磨介质体积梯度(0.1、0.2和0.3mL)设计研磨实验。结果发现,钢珠的破碎效果最好,玻璃珠的破碎效果最差;石英砂和玻璃珠组研磨干燥材料所得DNA完整性最好,4种研磨介质研磨新鲜材料所得DNA出现了降解,钢珠和陶瓷珠研磨干燥材料所得DNA降解最严重;研磨介质的体积对样品的破碎程度、DNA得率和DNA质量没有显著性影响;4种研磨介质研磨干燥和新鲜材料所提DNA的纯度均较高。80s的研磨实验中显示,钢珠组能有效的破碎干燥和新鲜材料,获得DNA的纯度和得率都比较高,但是DNA出现了降解。在此基础上设置了0.2mL钢珠研磨干燥和新鲜材料5~40s的时间梯度。实验结果显示,钢珠在5~40s时均能有效的破碎干燥、新鲜2种样品材料。干燥材料研磨5~40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率随着研磨时间的延长有所增加,DNA质量较好,且能用于限制性内切酶酶切实验;新鲜材料研磨5~40s时,DNA有明显的主条带,DNA得率没有显著性差异,DNA质量较好,也能用于限制性内切酶酶切实验。所以本文认为破碎干燥和新鲜2种样品材料制备高质量条斑紫菜DNA的最佳条件为:研磨介质为0.2mL钢珠、研磨速度为6 800r/min、研磨时间为5s。 田知海 茅云翔 孔凡娜 李超 张晓楠 徐奎鹏关键词:条斑紫菜 DNA制备 一种坛紫菜分子标记辅助选择育种方法 本发明属于坛紫菜分子育种技术领域,具体提供一种建立坛紫菜分子标记辅助选择的杂交育种体系的方法,该方法能快速有效地选择具有优良性状的品系,缩短育种进程,为紫菜育种的发展提供一种新的育种体系。 茅云翔 孔凡娜 王莉 杨惠文献传递 一种条斑紫菜质体遗传转化载体的构建方法 本发明公开了一种条斑紫菜质体遗传转化载体的构建方法,由构建含rrsB‑trnI‑trnA‑rrsL同源重组片段的骨架载体、构建含抗生素筛选基因表达盒的条斑紫菜质体表达载体、构建条斑紫菜质体基因组定点整合表达的载体组成。本... 孔凡娜 刘伟勋 茅云翔 曹敏文献传递 大叶藻(zostera marina L.)生态学研究进展 被引量:2 2013年 海草床是海洋生态系统重要的组成部分,具有很高的初级生产力,近年来由于人类活动的影响,海草床退化严重,1993—2003期间,全球有约15%的海草生态区消失,面积达到了26000 km2,大叶藻是其中的典型代表。本文总结了大叶藻生态学的研究进展,包括大叶藻的恢复及生产力研究,并总结了国内大叶藻生态学研究存在的问题。 陈治军 孔凡娜关键词:大叶藻 生产力 坛紫菜配子体离体细胞发育研究 被引量:4 2010年 本文以坛紫菜(Porphyra haitanensis Chang et Zheng)雌雄配子体为材料,酶解得到单细胞并再生培养,研究雌雄配子体体细胞发育途径以及不同部位(根丝段、基部、中部、顶部、成熟区)单细胞发育途径。结果表明,坛紫菜雌雄配子体体细胞发育途径大致相同,但存在一定差异,表现为雌性配子体体细胞发育成果孢子囊,少数体细胞直接发育成类孢子囊枝;而雄性配子体体细胞发育成精子囊,并能释放精子,极少数体细胞发育成类果孢子囊。单细胞再生研究显示,配子体体细胞发育方向受细胞所处部位影响,不同部位体细胞由于其分化程度不同,发育成不同类型的再生体。随着细胞所在藻体部位的上移,正常叶状体和根丝细胞叶状体比例均下降,畸形叶状体的比例下降或无明显差异,丝状体的比例逐渐增加。 王莉 孔凡娜 茅云翔 杨惠关键词:坛紫菜 雌雄配子体 单细胞 发育分化 大叶藻全长cDNA文库的构建 被引量:1 2010年 以3种不同盐度处理的大叶藻为材料,采用RNA转录本5’末端转换机制(SMART)构建了大叶藻叶片全长cDNA文库,原始文库滴度为8.675×106pfu/mL,重组率为97.19%,插入片段平均长度大于800bp,扩增后的文库滴度达到1.03×109pfu/mL。将部分原始λ噬菌体cDNA文库转化成质粒cDNA文库,PCR检测结果显示文库插入片段集中在750~2000bp之间。随机选取20个单克隆进行测序,其中13条序列包含完整的开放阅读框。结果表明所构建文库容量大,全长比例高,为深入开展大叶藻功能基因研究奠定了基础。 刘利民 孔凡娜 茅云翔 杨惠关键词:大叶藻 全长CDNA文库 耐盐基因 坛紫菜EST-SSR筛选及其在遗传多样性分析中的实用性 被引量:5 2009年 微卫星标记作为1种重要的分子标记,在分子标记辅助育种及遗传图谱构建中都起到重要的作用。EST文库搜索法是获得微卫星标记的途径之一,本研究对坛紫菜EST数据库中6035条序列进行搜索,发现340条EST包含SSR序列,其中三碱基重复最多,占总数45.95%;其次是两碱基重复,占总数的45.38%;再次是六碱基和五碱基,分别占总数的5.78%和2.02%;四碱基最少,仅占总数的0.87%。在两碱基中AG,GA,TC,CT类型数量最多,占所有两碱基SSR的82.8%;在三碱基中CCG,CGC,GCC,GGC,GCG,CGG类型数量最多,占所有三碱基SSR的52.83%;其它重复次数中,各种类型所占比例相差不大。进一步比较坛紫菜与条斑紫菜EST-SSR序列,发现2种紫菜SSR类型及比例存在明显差异。根据EST-SSR序列设计合成了10对引物,其中4个位点在8个不同来源坛紫菜叶状体间存在多态性,说明从坛紫菜EST中筛选的SSR标记可以用于进行坛紫菜遗传多样性分析。 杨惠 茅云翔 孔凡娜 王莉 严兴洪关键词:坛紫菜 微卫星序列 EST-SSR 条斑紫菜锰超氧化物歧化酶原核表达及多克隆抗体制备 被引量:1 2010年 研究紫菜抗逆的分子机制,将本实验室克隆的条斑紫菜(Porphyra yezoensisUeda)锰超氧化物歧化酶(manganese superoxide dismutase,Mn SOD)基因全长cDNA克隆到质粒pET-30c(+)中,构建原核表达载体pET-S,转化大肠杆菌BL21(DE3)表达Mn SOD,表达产物的分子量约为30 KDa。利用不同浓度的Mn2+诱导重组Mn SOD的表达,可以检测到比活力随Mn2+浓度增高而上升的趋势。用重组Mn SOD免疫新西兰大白兔,制备了多克隆抗体,多克隆抗体的效价为1∶8 000。免疫印迹实验(Western Blot)表明该多克隆抗体具有很好的特异性。 邵林 茅云翔 阎斌伦 孔凡娜 王健关键词:条斑紫菜 原核表达 多克隆抗体 条斑紫菜Tubulin和Kinesin基因家族鉴定及失水胁迫表达模式分析 被引量:3 2021年 微管是细胞骨架的主要成分,其结构及动力学机制对提高生物体耐受性具有重要作用。微管网络如何通过结构的动态变化调控适应环境变化已成为胁迫生物学领域的研究热点之一。条斑紫菜(Pyropia yezoensis)能够适应潮间带复杂多变的环境,是研究潮间带大型海藻抗逆机制的良好材料。目前对紫菜微管相关基因家族构成及其生物学功能的研究较少。本研究利用生物信息学方法,在条斑紫菜基因组中共鉴定出4个Tubulin基因(Pyα-tubulin 1、Pyα-tubulin 2、Pyβ-tubulin和Pyγ-tubulin)和11个Kinesin基因(PyKinesin 1—PyKinesin 11),并对其理化性质、基因结构、蛋白特征、染色体定位、系统进化和失水胁迫下的表达模式进行了系统分析。结果显示:条斑紫菜中有3种微管蛋白(Tubulin)亚型;该家族成员散布于1号和2号染色体上,Pyα-tubulin 1和Pyα-tubulin 2为串联重复基因;PyTubulin家族成员在基因结构和蛋白特征方面均较为保守,且在转录水平对失水胁迫不敏感。条斑紫菜中有5种驱动蛋白(Kinesin)亚型,亚家族种类和基因数量均少于高等植物;该家族基因散布于1号、2号和3号染色体上,无串联重复基因;PyKinesin家族成员在基因结构和蛋白特征方面存在一定差异,PyKinesin 1在中高度失水胁迫下表达量显著上调。本研究为进一步理解Tubulin和Kinesin基因家族的进化和功能、解析微管在条斑紫菜响应失水胁迫中的作用奠定了基础。 崔正彩 孔凡娜 茅云翔 孙斌 王俊皓 董道英关键词:条斑紫菜 TUBULIN KINESIN 基因家族 失水胁迫 条斑紫菜基因组Fosmid文库构建 被引量:3 2009年 高分子量基因组文库是开展条斑紫菜基因组学研究的必备工具。构建了由23 040个Fosmid克隆组成的条斑紫菜孢子体无偏倚基因组文库。检测分析表明:文库克隆重组率为100%;插入DNA片段长度为28-40 kb,平均长度为35 kb,文库覆盖率约为条斑紫菜基因组的2.78倍;从超级池中筛查条斑紫菜18S rRNA、atpA、h2A、rbcL基因,至少能得到一个阳性克隆,印证了计算所推测的文库覆盖率;随机选取6个Fosmid克隆经100代传代后插入DNA片段未发生丢失或长度变化,表明克隆传代的稳定性。该文库的构建为开展条斑紫菜基因组特性分析和基因克隆奠定了基础。 茅云翔 崔菁菁 孔凡娜关键词:条斑紫菜 FOSMID文库 基因克隆 基因组学