为揭示波纹巴非蛤种质遗传特性、开发种质库,利用FIASCO(Fast Isolation by AFLP of Sequences Containing Repeats)技术开展了其基因组微卫星标记的分离与筛选研究。基因组DNA经限制性内切酶MseI酶切后与接头连接,用生物素标记的(CA)15或(AAG)7探针与其杂交,然后用磁珠富集、洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增后形成双链,最后进行克隆转化,构建微卫星富集文库。挑选克隆用探针引物(CA)15或(AAG)7和载体引物进行PCR筛选,测序得到含有微卫星DNA的序列,根据序列设计和合成微卫星引物,进行引物适用性分析,并分析了湛江群体的遗传结构。结果表明:8对微卫星引物在湛江群体共检测到108个等位基因,每个位点等位基因数为5～19,期望杂合度为0.666～0.926,观测杂合度为0.400～0.882,4个位点(Pun4,Pun5,Pun6,Pun7)显著偏离哈迪-温伯格平衡(P<0.00625);PIC介于0.62～0.92,所有位点均属于高度多态位点(PIC>0.5)。说明FIASCO技术适合于波纹巴非蛤微卫星标记的分离与筛选,筛选得到的8个微卫星位点能用于波纹巴非蛤遗传多样性分析及野生群体与养殖群体的群体结构分析。
通过ITS基因特异扩增测序,对大鹏半岛海域46种石珊瑚ITS基因片段序列进行了比较分析。结果表明,该片段序列长度在674~806碱基对(bp)之间,A、T含量在40%~55.5%之间,大部分物种的序列碱基A、T含量小于G、C含量。46种造礁珊瑚的平均遗传距离为0.261。采用邻位连接(NJ)和最小进化(ME)法分别构建15种复合型珊瑚的5.8S r DNA系统发育树和28种坚实型珊瑚的ITS2系统发育树,结果显示15种复合型珊瑚的5.8S r RNA序列系统进化聚类结果较符合传统形态学分类结果,而28种坚实型珊瑚的ITS2序列系统进化聚类结果与传统形态学存在较大的差异,提示石珊瑚表型的变异性可能对传统分类存在影响。
