胡学芳
- 作品数：9 被引量：25H指数：2
- 供职机构：湖南农业大学农学院油料作物研究所更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划湖南省科技厅项目国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 芥菜型油菜A9染色体BAC物理图谱构建及比较基因组分析被引量：1
- 2016年
- 为获得高精确度的芥菜型油菜A 9染色体物理图,本研究利用定位在A 9染色体上的标记对芥菜型油菜BAC文库进行三维混合PCR筛选,共得到阳性BAC 3200个;构建了由1 6 个重叠群、5 个单拷贝组成的芥菜型油菜A 9染色体物理图谱.根据最小路径原则挑选代表整个物理图的种子BAC 4 3 5 个,并进行双末端测序,得到质量良好的序列862条;按照BAC平均插人片段为126 k b ,可知所有重叠群累积达52. 08 M,覆盖A 9染色体的1. 37倍.利用BLAST软件（ 按参数值E 〈 1e - 10）将种子BAC末端序列比对到白菜和甘蓝型油菜A 9 染色体假分子上,结果显示该物理图谱分别覆盖了 36. 4 、31. 0 M b的物理距离,相当于全基因组组装长度的93. 9 % 、91. 8% ;在862条BESs中,分别有702条（81. 40% ） 定位在白菜A 9染色体上,6 4 6 条（74. 9% ） 定位在甘蓝型油菜A 9染色体上,表明芥菜型油菜A 9染色体同白菜A 9染色体同源性高于甘蓝型油菜A 9染色体;芥菜型油菜A 9染色体同甘蓝型油菜A 9染色体,相对白菜A 9染色体6413031-7827177、14856710 - 18458808的位置发生了两处相同的分别长为1 .4 、3. 6 M b的倒位,白菜和芥菜型油菜A 9 染色体相对于甘蓝型油菜15676847 - 16064302的区域存在长为0.98 M b的插人片段,该区域位于前述的倒位区域,而且与预测但未组装出的甘蓝型油菜着丝粒位置一致.
- 刘芳瑛陆赢王卓刘显军胡学芳刘旭东徐海鹏刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜物理图谱比较基因组
- 植物GPATs基因研究进展被引量：15
- 2013年
- 甘油-3-磷酸酰基转移酶(Glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)是三酰甘油(Triacylglycerol,TAG)生物合成的限速酶,催化TAG生物合成的起始步骤。GPATs主要负责将脂肪酰基从酰基-酰基载体蛋白(acyl-ACP)或酰基辅酶A(acyl-CoA)上转移到甘油-3-磷酸的(Glycerol-3-phosphate,G3P)sn-1位置上。有些成员还具有sn-2酰基转移活性。目前已经在多种植物中克隆得到了GPAT基因。这些GPAT基因编码的酶主要分为三类,它们在细胞中分别定位于质体、线粒体和内质网上。这些酶参与三酰甘油、几丁质和软木脂等多种脂质的生物合成,在植物的生长发育中发挥着非常重要的作用。文章介绍了植物GPAT基因的染色体定位和基因结构以及GPAT酶的亚细胞定位、sn-2酰基转移特异性、GPAT酶的底物选择性及其生理功能的最新研究进展。
- 刘聪肖旦望施春霖胡学芳邬克彬官春云熊兴华
- 甘蓝型油菜LPAT4基因克隆及其生物信息学分析被引量：2
- 2014年
- 为进一步研究油菜LPAT4基因,通过检索与拟南芥LPAT4序列相似度较高的油菜EST序列,拼接后与白菜和甘蓝的LPAT4序列进行同源比对,设计一对引物,从甘蓝型油菜湘油15中扩增全长LPAT4 CDs序列。共获得2条CDs序列,它们的长度分别为1 143,1 140 bp,分别命名为BnLPAT4-1和BnLPAT4-2。BnLPAT4-1编码380个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.29 kDa和8.74;BnLPAT4-2编码379个氨基酸,所得蛋白质的相对分子质量和等电点分别为43.16 kDa和8.93。他们均具有LPLAT_LCLAT1样结构域,同属于LPLAT超基因家族。比较所用油菜序列SNP分析显示,LPAT4共存在41个多态性位点,其中单变异位点7个,简约信息位点34个。这41个多态性位点中,引起同义变异的位点为23个,引起取代变异的位点18个,共导致16个氨基酸发生改变。分析表明,BnLPAT4-1和BnLPAT4-2为甘蓝型油菜湘油15号LPAT4基因的2个拷贝,从序列组成、理化性质、保守结构域以及同源建模4个方面来看,它们均具备LPLAT超基因家族的特征,为该基因家族的2个成员。
- 肖旦望刘聪胡学芳邬克彬官春云熊兴华
- 关键词：甘蓝型油菜保守结构域SNP
- 甘蓝型油菜GPAT6基因启动子的克隆与表达载体构建被引量：1
- 2014年
- 通过同源PCR克隆的方法,首次从甘蓝型油菜中克隆了甘油-3-磷酸酰基转移酶6(sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase 6,GPAT6)基因长1 110 bp的启动子,并将其成功构建到植物表达载体pBI121上。重组载体可用于转化拟南芥,探究甘蓝型油菜GPAT6基因的组织表达特征。
- 胡学芳刘聪肖旦望熊兴华
- 关键词：甘蓝型油菜启动子基因克隆表达载体构建
- 芥菜型油菜A09染色体BAC重叠群的构建及分析
- 2014年
- 利用定位在芥菜型油菜A09染色体上的分子标记对芥菜型油菜(Brassica juncea)ZBjuH BAC文库进行PCR步移筛选。共筛选出725个BAC,测定了315个BAC的末端序列,获得564条BAC末端序列,BLAST分析表明这些末端序列对应白菜(Brassica rapa)基因组序列支架45、支架81、支架40,支架134、支架145和支架59的同源区域,构建了芥菜型油菜A09染色体大约6.3 Mb的BAC重叠群,为芥菜型油菜A09染色体物理图谱构建奠定了基础。
- 刘旭东陆赢刘显军胡学芳徐海鹏刘芳瑛刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜染色体
- 芥菜型油菜A09染色体长臂BAC重叠群的构建
- 芥菜型油菜是白菜与黑芥杂交而形成的异源四倍体植物,与白菜和甘蓝型油菜具有共同的A基因组。目前,白菜和甘蓝型油菜基因组已测序完成,因此,通过构建芥菜型油菜的A09染色体物理图谱和测序,比较芥菜型油菜与白菜和甘蓝型油菜A09...
- 胡学芳
- 关键词：芥菜型油菜
- 文献传递
- 甘蓝型油菜LPAT4基因的克隆与表达被引量：2
- 2014年
- 植物溶血磷脂酸酰基转移酶(lysophospholipid acid actyltransferase,LPAT)是三酰甘油生物合成过程中的一个关键酶,在脂质的合成、种子的发育以及生物膜的流动性等方面有重要作用。本研究采用同源克隆的方法,获得LPAT4基因的2条全长CDS,长度分别为1143 bp和1140 bp。生物信息学分析表明,它们均具有LPLAT_LCLAT1样结构域,同属于LPLAT超基因家族,并分别被命名为BnLPAT4-1和BnLPAT4-2。时空表达分析表明,它们均为组成型表达基因,其中BnPAT4-1在叶中的表达量最高,而BnLPAT4-2在胚中的表达量最高。逆境分析表明,BnLPAT4-1和BnLPAT4-2在NaCl、PEG-4000、水渍、6BA和ABA的胁迫下呈现出不同的表达模式。极差分析显示,ABA对BnLPAT4-1的表达影响较大,而BnLPAT4-2的表达对PEG-4000更敏感。本试验为进一步研究油菜BnLPAT4基因功能奠定了基础。
- 肖旦望刘聪胡学芳陈社员官春云熊兴华
- 关键词：甘蓝型油菜非生物逆境
- 甘蓝型油菜2个GPAT6同源基因的克隆与表达分析被引量：7
- 2014年
- 甘油-3-磷酸酰基转移酶(sn-glycerol-3-phosphate acyltransferase,GPAT)是三酰甘油生物合成的关键酶,催化三酰甘油合成的起始步骤,在植物中参与调节生长发育、脂质的合成和逆境应答等过程。本试验通过RT-PCR从甘蓝型油菜品种湘油15中克隆得到GPAT6基因的2个拷贝,分别命名为BnGPAT6-1(GenBank登录号为KJ000117)和BnGPAT6-2(KC106728)。它们的编码区序列(coding DNA sequence,CDS)均为1506 bp,编码501个氨基酸。预测其蛋白结构N端含有一个类卤酸脱卤酶(haloacid dehalogenase-like hydrolase,HAD-like)活性结构域,C端含有一个溶血磷脂酰基转移酶(lysophospholipid acyltransferase,LPLAT)功能域。蛋白序列比对和进化树分析表明,甘蓝型油菜与白菜(B.rapa)、甘蓝(B.oleracea)、拟南芥(Arabidopsis thaliana)和琴叶拟南芥(A.lyrata)中的GPAT6序列相似性最高。组织表达结果表明BnGPAT6基因在花中的表达量最高,在未成熟的胚中表达量呈先升高后降低的趋势。BnGPAT6的表达受ABA的抑制;在干旱和6-BA胁迫下几乎同时升高;在盐胁迫下,短时间内升高,达到峰值后降低;在水渍条件下没有明显变化。
- 刘聪肖旦望胡学芳邬克彬官春云熊兴华
- 关键词：甘蓝型油菜甘油-3-磷酸酰基转移酶基因克隆逆境胁迫
- 芥菜型油菜A9染色体黄籽基因区域BAC重叠群的构建被引量：2
- 2012年
- A9染色体是芸薹属植物A基因组最长的染色体(序列约37 Mb),具有控制种子大小、种皮颜色、硫苷合成、油脂合成等重要性状的基因。利用芥菜型油菜A9染色体黄籽性状共分离标记A9-88和A9-32对已经构建的ZBjH BAC文库进行PCR步移筛选,共筛选出BAC 752个,测序395个,得到BAC末端序列674条,利用BAC末端序列设计引物533对,此外利用白菜已经公布的序列设计SSR引物38对、STS引物15对,构建了芥菜型油菜黄籽基因区域估算长约2.2 Mb的BAC重叠群。
- 王卓袁玉辉胡学芳刘显军刘旭东刘忠松
- 关键词：芥菜型油菜
