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郑浩然: 作品数：73 被引量：287H指数：7; 供职机构：中国科学技术大学更多>>; 发文基金：国家重点基础研究发展计划国家自然科学基金安徽省自然科学基金更多>>; 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术理学生物学更多>>

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基于颜色的自组织聚类分析图象检索算法被引量：19: 2003年; 本文提出了一种改进的迭代自组织聚类分析方法（ISODATA）来实现基于颜色的图象检索。算法选择符合的人的视觉的HSV模型，充分发挥了色度的描述作用。同时，选择HSV空间上的颜色直方图作为颜色特征，该特征描述了图像颜色的统计分布特征，且具有平移，尺度和旋转不变性，算法改进了ISODATA的初始聚类中心的选取方法，其初始聚类中心的选择是面向数据分布的，具有较好的通用性，因此适合各种分布特性的数据对象，实验结果表明，算法的检索精度明显好于传统的基于RGB直方图的检索结果。; 汪祖媛郑浩然等; 关键词：图像检索 HSV模型颜色直方图计算机

基于代谢分析的SARS-CoV-2药物靶点预测方法: 2023年; 提出一种基于代谢分析的抑制SARS-CoV-2复制的药物靶点预测方法。使用5组基因表达综合数据库(GEO)的人类肺部组织细胞的转录组学数据,提取出SARS-CoV-2入侵宿主细胞后显著高表达的基因,进而重构出病毒入侵肺部组织细胞后的代谢网络模型;之后采用基因敲除、毒性测试等系统生物学分析方法来预测药物靶点。对GEO中5个数据集的样本进行分析,结果显示各数据集预测的靶点基因具有一定的一致性。其中,PLPBP是5个数据集中预测的共有靶点基因,说明它对于SARS-CoV-2代谢活动具有重要作用,可作为治疗该疾病的潜在药物靶点;另外,BCAT1、BCAT2、ADI1也具有一定的研究价值。提出的方法为预测SARS-CoV-2的药物靶点提供一种新的思路,预测的药物靶点也具有进一步临床研究的潜力。; 赵言龙郑浩然; 关键词：药物靶点

一种基于完全匹配和分词匹配的混合分词匹配算法: 2008年; 如何高效准确地进行酶的鉴别是代谢网络重构的难点和关键。由于基因标注文件中与ORF对应的蛋白质和酶信息都是采用自然语言描述的,重构中必须利用基因产物在酶数据库中寻找证据,从而进行与代谢相关的酶鉴别。针对目前通用的酶鉴别算法识别率低、效率低的问题,论文在对生物数据特性分析的基础上,提出了一种完全匹配和分词匹配相结合的混合分词匹配算法对酶信息进行鉴别,实验结果和分析表明,该算法具有更好的鉴别能力和更高的效率。; 李恒郑浩然钮俊清李毅; 关键词：酵母菌大肠杆菌

一种基于仿真的预测癌细胞致死基因的方法被引量：1: 2017年; 目的癌细胞致死基因的研究是治疗癌症的重要尝试,其发现依赖于生物学上的基因敲除实验。鉴于此类实验的高代价、长周期等不足,本文给出一种基于计算机仿真的预测癌细胞致死基因的方法,旨在运用计算机仿真技术预测对癌细胞研究有价值的信息,为基因敲除的生物实验提供线索,帮助降低实验成本。方法计算机仿真实验基于人类全基因组代谢网络,融合癌细胞的基因表达数据,用一种基于约束建模的方法,以预测癌细胞代谢网络中有活性的反应,并将这些反应命名为"core reactions",将"core reactions"作为输入,重构出一致的癌症工作网络。在该网络上,使用基于约束的流量平衡基因敲除算法,获取使得工作网络biomass产量为0的基因,即致死基因。结果以肾透明细胞癌为例,根据上述算法,计算结果给出了肾透明细胞癌潜在的7个致死基因。结论本文给出一种高通量数据结合代谢网络,构造癌症特异网络,并通过计算机仿真基因敲除以获取癌细胞致死基因的方法。此方法通用、高效,有助于更好地开展生物学实验。; 许扬郑浩然; 关键词：基因敲除致死基因肾透明细胞癌

基于多agent技术的生化网络仿真平台设计与实现: 本文介绍了基于多agent技术、针对于生化网络的仿真框架,在分析Java相关技术特性的基础上,给出了框架的Java实现,并针对细菌趋药性网络进行了仿真实验,结果表明基于多agent的仿真平台具有良好的特性,在生化网络仿真...; 郑浩然刘俊纽俊清; 关键词：多AGENT系统生物信息学系统生物学系统仿真; 文献传递

基于掩码技术的进化加速算法: 2005年; 在进化算法中引入基于特征掩码的进化引导因素,使整个进化过程在掩码引导下进行。并将之应用于针对用户特定语义的图像检索的问题。检索实验结果表明引导因素的引入确实加快了进化速度。; 张荣郑浩然黄国锐王煦法; 关键词：进化算法图像检索

基于免疫算法的TSP问题求解被引量：119: 2000年; 描述了免疫算法的一种框架结构，并给出了用此免疫算法求解ＴＳＰ问题的具体实现方法，求解结果体现了免疫算法的良好性能。; 刘克胜曹先彬郑浩然王煦法; 关键词：免疫算法 TSP问题 NP问题

一种面向癌症个性化的代谢分析方法: 2022年; 目的不同类型的癌症之间,甚至是同一癌症类型的不同患者个体之间,在代谢重编程的精确表现上都具有异质性,因此导致相同的药物在不同的癌症患者体内会产生不同的结果,以致于很难找到一种通用的治疗方案。为了探究癌症的这种异质性,本文提出了一种分析癌症个性化代谢的新方法。方法本文使用来自癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)的转录组数据,采用基于差异表达基因的代谢网络重构方法,通过对比每名患者的癌细胞和邻近正常细胞的基因表达数据之间的差异,还原重构出癌细胞相对原发组织细胞特有的那部分代谢网络。通过模拟基因敲除等手段,寻找潜在的癌症个性化治疗靶点基因。结果本文对来自TCGA的17种癌症类型的679对样本进行分析,发现了它们在癌症特异性代谢网络上的巨大差异,并得到大量的个性化治疗靶点。特别是其中63个靶点基因,它们只对特定的某位患者有效。结论不同的患者细胞癌变后发生的代谢变化具有很大的差异,需要进行个性化治疗方案的研究。本文提出的分析方法为癌症的个性化分析提供了新的思路,找到的个性化靶点也可以进行进一步的临床研究。; 冯昌奇郑浩然; 关键词：个性化差异表达基因

一种提高变体库多样性的寡核苷酸设计方法: 2022年; 目的基于定向进化的新特性蛋白质合成研究的关键在于基因变体库的生成以及目标蛋白质的筛选,而目标蛋白质筛选的成功率取决于基因变体库的多样性,针对采用从头寡核苷酸合成策略的基于基因芯片技术的基因变体库合成生物技术,本文研究并设计一种旨在提高基因变体库多样性的寡核苷酸设计方法。方法采用了逆翻译算法提高基因序列的一致性,并利用在高同源区域的片段切割来提高基因合成过程中的重组率,从而提高基因变体库的多样性。结果与DNAWorks和TmPrime设计后的基因序列相比,本文方法能够达到更高的一致性,同时基因片段切割结果显示该方法能够使切割后的前后片段末端具有非常高的相似度。最后设计的寡核苷酸经过基因芯片合成筛选得到了目标蛋白质。结论本文提出的寡核苷酸设计方法充分利用了DNA序列间的基因重组,设计出的寡核苷酸序列经过基因芯片的合成证实了可行性,说明本文提出的寡核苷酸设计算法能够有效提高基因变体库的多样性。; 唐瑞郑浩然; 关键词：定向进化寡核苷酸基因重组同源性

融合基因表达数据的组织间代谢差异研究: 2015年; 目的不同组织细胞代谢系统中包含的代谢反应是全基因组尺度代谢网络中所有代谢反应的子集。对不同组织细胞代谢系统差异的研究,可以帮助理解不同组织的代谢特异性。方法基于已有的全基因组尺度代谢网络,融合两种组织细胞基因表达的变化信息,提出一种基于约束建模的方法,以预测多细胞生物不同组织细胞之间的代谢系统差异。根据"不同条件下基因表达量的变化信息,为预测相关反应在代谢流量上变化提供了‘线索’"这一假设,本方法试图最大化拟合在表达层面和代谢层面上显著性变化的一致性,并进一步确定出代谢活性必定为上调或下调的反应集合,从而对生物体的不同组织细胞之间代谢系统差异有一个定性的描述。结果融合了肝脏组织和心脏组织的基因表达数据进行实验,将代谢差异研究方法与之前的研究方法比较,发现该方法能更加有效检测肝脏和心脏组织间的代谢差异。结论为进一步研究多细胞生物和高等生物的不同组织细胞之间的代谢系统差异提供了一种有效的方法。; 马浩郑浩然陈孝旭; 关键词：差异基因表达一致性

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