张小驰
- 作品数：3 被引量：4H指数：1
- 供职机构：天津大学计算机科学与技术学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：自动化与计算机技术生物学更多>>
- 一种基于随机游走的迭代加权子图查询算法被引量：3
- 2015年
- 作为经典的NP完全问题之一,子图查询算法近年来在社交网络、生物分子网络等复杂系统分析中引起研究人员的极大关注.结点相似性计算和目标图约简是子图查询算法中提高查询准确率和降低计算复杂性的2种常用手段.针对复杂生物分子网络之间的子图查询问题,提出了一种基于半Markov随机游走的迭代加权子图查询算法.在结点相似性计算中,设计了基于半Markov游走模型的集成结点本身相似性、结构相似性及邻居结点相似性的综合度量方法;同时,在目标图约简过程中,通过迭代递减目标图中低相似性结点,以降低目标图的规模.对多个真实蛋白质网络查询的实验结果表明,算法在精度和时间复杂性方面都有明显提高.
- 张小驰于华宫秀军
- 关键词：蛋白质相互作用
- 组织特异性PPI网络生物功能模块识别研究
- 辨识组织特异性蛋白质相互作用（PPI）网络中关键蛋白质及功能模块对理解生物体的内在活动机制、具有针对性的疾病诊断和药物设计具有重要作用。识别蛋白质及功能模块需要高可靠性的PPI网络、高准确率的识别算法以及系统的功能分析方...
- 张小驰
- 关键词：蛋白质相互作用
- 人类肾脏组织特异性蛋白网络构建及分析被引量：1
- 2013年
- 生命体内组织特异性基因往往在对应的组织中表现出高的共表达性,在组织特异性基因的调控中,非组织特异性的转录因子往往起很大作用,并且这些转录因子往往与特定的转录因子一起影响组织的特异性,因此研究组织特异性基因编码蛋白相互作用网络必须考虑非组织特异性蛋白的影响。本文提出了一种利用最短路径算法来计算组织特异性基因编码蛋白的关联蛋白,从而构建最大连接强度的组织特异性蛋白相互作用网络,并对其拓扑结构进行基因本体(GO)、KEGG Pathway和疾病本体(DO)的富集度分析。通过对肾脏组织中的1 486个蛋白质及其相应的4 011条蛋白质相互作用分析,发现绝大部分结构的功能与肾脏组织的功相吻合,同时也发现了几种比较有趣的表面上与肾脏组织无关的功能及疾病。
- 张小驰宫秀军
- 关键词：组织特异性蛋白质相互作用网络肾脏
