温州医学院生命科学学院生物医学信息研究所
- 作品数：4 被引量：9H指数：1
- 相关作者：齐艳唐琳庄龙更多>>
- 相关机构：暨南大学网络中心浙江大学沃森基因组科学研究院浙江大学生命科学学院微生物研究所更多>>
- 发文基金：温州市科技局科研基金更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 基于Web的职业健康管理信息系统的设计与实现被引量：7
- 2005年
- 主要介绍了基于Web的职业健康管理信息系统的功能、设计开发以及具体实现,并给出了系统、具体的应用实例和意义。
- 宋超荣唐琳庄龙罗伟其
- 关键词：WEB
- 2株SARS相关冠状病毒主要结构蛋白基因的多态性分析
- 2006年
- 目的:分析2株SARS相关冠状病毒(Severeacuterespiratorysyndrome-associatedcoronavirus,SARS-CoV)HK21378和BJ104的主要结构蛋白基因序列的多态性以及蛋白质结构变化与功能的关系。方法:提取组织培养物中的SARS-CoV基因组RNA,对RT-PCR产物进行测序;以GZ02为参照序列,对蛋白质编码序列进行基因多态性分析和蛋白质结构与功能关系分析。结果:①与SARS-CoVGZ02株相比较,HK21378和BJ104主要结构蛋白编码序列共有14个变异位点,其中9个变异位点为两者共有3,个变异位点见于HK21378,2个变异位点见于BJ104;与GenBank数据库已发表的103株SARS-CoV基因组数据比较,变异位点22901(T→G)为BJ104特有,未见于已发表的其他SARS-CoV基因组中;在14个多态位点中,有5个多态位点为同义突变,其余9个为非同义突变。②14个变异位点中有11个变异发生在S蛋白编码区,其碱基变异频率为3.7/kb;2个见于M蛋白编码区,其碱基变异频率为3.0/kb;1个见于N蛋白编码区,碱基变异频率为0.8/kb;而E蛋白编码区未见变异位点。结论:SARS-CoV的主要结构蛋白编码区容易发生变异,尤其是膜表面S蛋白和M蛋白编码区。
- 齐艳包其郁田薇徐建成
- 关键词：SARS相关冠状病毒结构蛋白基因多态性
- 基于霍乱毒素B亚单位结构功能分析的霍乱弧菌基因分型被引量：1
- 2010年
- 目的:描述和分类自然发生的霍乱毒素B亚单位DNA和蛋白序列的多态性,及时提供潜在有用的霍乱诊断、疫苗研制和流行病学信息。方法:采用生物信息频谱分析平台,同时包括Clustal W,MEGA和PyMOL分析法,对245个霍乱毒素B亚单位DNA和蛋白序列进行结构和功能及基因分型特性的研究。结果:所分析的霍乱毒素B亚单位的103个氨基酸区域有共同的信息频谱特征,其主峰特征为F(0.3333,19),显示了霍乱菌株的霍乱毒素B亚单位的共同作用模式。霍乱毒素B亚单位蛋白的T68I氨基酸残基关键变异明显增加了F(0.3333)的特征峰高,可能对"人类"作用的模式有较大影响。经过系统聚类分析,发现了19个霍乱毒素B亚单位DNA序列多态。基于以上结果和流行病学资料,提出了19个霍乱弧菌的霍乱毒素B亚单位基因型。霍乱弧菌古典生物型参考株(569B)的霍乱毒素B亚单位基因型为1a(CTBgenotype 1a)。霍乱弧菌埃尔托生物型参考株(N16961)和霍乱弧菌O139血清群的参考株(4260B)的霍乱毒素B亚单位基因型都为2a(CTB genotype 2a)。结论:以上内容可对霍乱毒素B亚单位DNA和蛋白序列的多态性提供更好的理解;提供了对霍乱毒素B亚单位分子变异监测的一个技术和方案;可为今后预防和处置霍乱弧菌的感染和流行,进一步扩展了鉴别潜在的免疫、治疗和诊断的分子靶标的可能性。
- 王志刚朱水荣张俊彦阮卫程洁贾红宇包其郁张政
- 关键词：霍乱弧菌霍乱毒素基因型
- SARS病毒基因组的多态性(英文)被引量：1
- 2006年
- 对SARS病人粪便样本直接测序,得到SRAS-CoV BJ202 全基因组序列(AY864806)。应用比较基因组研究方法对GenBank 中公布的 115 株 SARS-CoV 基因组序列以及 BJ202 进行分析。以 GZ02 序列为参照,发现 2 个以上基因组中同时存在单核苷酸多态(SNP)位点共278个。多态位点在SARS-CoV基因组中呈偏态分布,大约一半突变位点(50.4%, 140/278)发生在基因组3′末端1/3区域。编码Orf10-11、Orf3/4、E蛋白、M蛋白和S蛋白区域突变率较高。克隆并测序含有BJ202基因组12个多态位点的11个cDNA以及4个不含已知多态位点的cDNA片段(15个片段总长度为6.0 kb),结果显示:BJ202 特有的 3 个多态位点(13 804、15 031 和 20 792)以及另外 3 个多态位点(26 428、26 477 和 27 243)均检出两种不同核苷酸;位点18 379虽在已公布的115株SARS-CoV基因组中未发现突变,实际上也是多态位点。14个克隆中有8个克隆该位点为A,6个克隆为G。全部116个SARS-CoV基因组中共有18种缺失类型和2种插入类型。大部分缺失发生在编码ORF9和ORF10-11区域(基因组序列27 700-28 000 bp处)。以邻位连接法(Neighbor-Joining)构建了116株SARS-CoV系统发育树,BJ202 与BJ01和LLJ-2004等SARS-CoV的亲缘关系较接近。
- 商磊齐艳包其郁田薇徐建成冯明光杨焕明
- 关键词：SARS相关冠状病毒基因组多态性
