上海交通大学生命科学技术学院微生物分子生态学与基因组学实验室
- 作品数：47 被引量：465H指数：14
- 相关作者：李武周志华张学礼李旻赵琴丽更多>>
- 相关机构：南京农业大学生命科学学院微生物学系南京农业大学生命科学学院上海水产大学食品学院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家高技术研究发展计划国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学农业科学环境科学与工程更多>>
- 大熊猫(Ailuropoda melanoleuca)肠道菌群结构分子生态学研究
- 大熊猫是中国本土的国家一级保护动物,现今世界上总共存活的数量不到1,500只。大熊猫主要以竹子为食,然而其肠道结构却与食肉类动物的结构类似,简单的胃、盲肠已经退化,结肠短而简单。那么,大熊猫是如何以食肉类动物的简单的胃肠...
- 魏桂芳鲁海峰林志新赵立平
- 关键词：大熊猫肠道微生物菌群结构OTU
- 文献传递
- 二甲肼诱发大鼠大肠癌癌前病变模型的肠道双歧杆菌数量研究被引量：3
- 2007年
- 目的:探讨二甲肼(DMH)诱发的大肠癌癌前病变模型大鼠的肠道内双歧杆菌数量与大肠癌癌前病变的关系。方法:应用双歧杆菌属特异性引物实时定量PCR,对实验第3与第9周8只模型组大鼠以及同年龄的7只正常对照组大鼠肠道中的双歧杆菌数量进行检测。结果:第9周的正常对照组大鼠未见明显异常隐窝灶(aberrant crypts foci,ACF),同年龄的模型组平均每只大鼠大肠可形成(37.7±2.6)个ACF。第3周正常对照组与同年龄的模型组大鼠肠道双歧杆菌数量差异无统计学意义,P=0.652;第9周模型组大鼠肠道双歧杆菌数量低于同年龄的正常对照组,但差异无统计学意义,P=0.090。结论:肠道内双歧杆菌的数量与大鼠大肠癌癌前病变没有明显相关性。
- 魏华张昕张晨虹王婷婷董立吴大正张梦晖庞小燕赵立平
- T-RFLP技术在人肠道柔嫩梭菌类群的组成分析中的应用被引量：3
- 2009年
- 目的建立能快速筛查和比较大规模人群肠道中柔嫩梭菌类群组成结构的T-RFLP(末端限制性片段长度多态性)。方法采用T-RFLP技术特异性地分析柔嫩梭菌类群的组成,考察该方法的重复性和灵敏度。用该方法对15个志愿者肠道中的柔嫩梭菌类群进行分析,并与DGGE方法分析的结果进行对比。结果T-RFLP方法重复性高,最低能检测到群落中1%的细菌,其结果与DGGE的分析结果具有较好的一致性。结论本研究建立的柔嫩梭菌类群特异性的T-RFLP方法能够对大量肠道样品中柔嫩梭菌类群的结构进行快速、有效的筛查和比较。
- 柳欣源申剑王婷婷李旻赵立平庞小燕
- 关键词：T-RFLP多样性
- 慢性牙周炎龈下菌斑和唾液微生物群落分析被引量：9
- 2011年
- 目的:运用DGGE技术检测慢性牙周炎龈下菌斑和唾液微生物群落结构,分析其菌群之间的关系。方法:选取34名慢性牙周炎志愿者,分别采集龈下菌斑和唾液样本,采用PCR扩增细菌16Sr RNA V3区后,运用DGGE技术分析各组样本微生物群落结构。通过数字化软件Im age J将DGGE凝胶图谱转成数字信息,对所得矩阵进行主成分分析(Princ ipal ComponentAnalysis,PCA)、聚类分析(C luster Analysis)和偏最小二乘法(Partial Least Squares,PLS)分析。结果:DGGE图谱显示:龈下菌斑DGGE条带数目为11～28,,平均19;唾液DGGE条带数目为11～24,平均17;PCA结果显示:龈下菌斑与唾液比较有明显的差异;聚类分析显示:龈下菌斑、唾液形成5个明显聚类群,在同一聚类群中相似度高,在不同聚类群中相似度低,表示龈下菌斑与唾液菌群之间有显著差异;PLS结果显示:慢性牙周炎龈下菌斑与唾液菌群有显著差异。结论:DGGE是一种能直观显示微生物群落的指纹技术。通过该技术能检测牙周、唾液微生物群落的结构和组成,本结果显示,慢性牙周炎龈下菌斑与唾液微生物群落结构有明显差异。
- 刘莹吴明桃陈慧庞小燕赵立平唐子圣
- 关键词：微生物群落龈下菌斑唾液DGGE慢性牙周炎
- 健康儿童与FTT儿童肠道菌群结构的比较研究
- 人类的胃肠道定植着一个十分复杂而又相对稳定的微生物区系,肠道的微生态系统一般由专性厌氧菌组成。研究表明,粪便中的微生物含量达1010-1011CFU/g,在结肠处大约含有400种以上的细菌类型。固有的肠道微生物在人类的健...
- 张美玲魏桂芳郭美蕻赵立平
- 关键词：ERIC-PCRDNA指纹图谱
- 文献传递
- 健康儿童与发育不佳儿童肠道菌群结构的比较研究被引量：9
- 2005年
- 目的对健康儿童与发育不佳(FTT)儿童肠道中微生物区系的ERIC-PCR指纹图谱异同进行研究。方法根据美国疾病预防控制中心(CDC)对儿童生长发育的评价指标对某幼儿园200例4～6岁儿童进行评价,筛选出16例健康儿童和13例FTT儿童,每周1次连续3周跟踪取样,提取粪便样品中细菌总DNA,获得其ERIC-PCR指纹图谱,再将其中一个样品的ERIC-PCR产物作为混合探针通过杂交对指纹图谱上DNA条带序列的异同进一步比较。结果同一个体的肠道菌群结构在取样期间稳定性较好;虽然健康儿童间的肠道菌群结构也有一定差异,但它们却有着共同的结构特征;而健康儿童与FTT儿童的肠道菌群结构差异较大。结论儿童发育状况与肠道菌群结构有一定的关系。
- 张美玲魏桂芳郭美蕻赵立平
- 关键词：健康儿童群结构ERIC-PCRPCR产物总DNAFTT
- 用PCR指纹图技术分析焦化废水接触氧化池中悬浮污泥和生物膜的微生物种群组成被引量：26
- 2004年
- 目的 :应用分子生物学方法 ,以处理焦化工业废水 (A2 /O生物膜工艺 )中的悬浮污泥和生物膜的微生物群落作为研究对象 ,分析不同环境微生物群落的组成差异。方法 :首先提取群落的总DNA ,获得ERIC PCR和LP RAPD指纹图谱并进行对比分析 ,然后结合群落探针杂交的技术 ,检查同样迁移率的条带的序列同源性 ,运用UVIBAND/MAP软件比较所得群落指纹图谱的相似性指数 ,从而可以得到群落差异的量化结果。结果 :焦化废水接触氧化池中 ,悬浮污泥和生物膜的微生物群落组成存在相当大的差异。结论 :通过这种差异的比较分析 ,有可能让我们更准确地了解氧化池中微生物的群落组成情况 。
- 李亮魏桂芳童耕雷赵立平
- 关键词：分子生物学悬浮污泥生物膜微生物群落
- 无苯酚培养基分离到的降酚菌多样性的分子分析被引量：4
- 2006年
- 用3种不含苯酚的培养基(YPG、10%YPG和LB)从上海焦化厂废水处理系统(A2/O法)好氧池的悬浮污泥分离到24株降酚菌株.通过16SrDNAPCR扩增产物的限制性酶切分析(amplifiedribosomalDNArestrictionanalysis,ARDRA)、ERICPCR指纹图谱分析、多组分苯酚羟化酶大亚基(thelargestsubunitofthemulticomponentphenolhydroxylase,LmPH)基因的PCR扩增及16SrRNA基因测序的方法对这些降酚菌株进行表征.通过ARDRA分型,将这24株降酚菌株分为8个类型;利用ERICPCR可以将这24个菌株分为17种类型,说明同一ARDRA类型内菌株具有多样性.对17个ERIC类型代表菌株的16SrDNA扩增产物进行克隆并测序,测序结果在GenBank和RDP中进行比对.结果表明,与这17个代表菌株同源性最高的菌中,有6株是未见报道具有降酚功能的菌株.在这24株降酚菌中,有19株在苯酚含量为200mg/L的MP培养基中培养5d,苯酚降解率为20%左右,其余5株苯酚降解率达到100%,且均属于Rhodococcus属.本研究在降酚菌生物多样性上作了有益的探索.
- 熊顺子张学礼陈慕云诸晖冯玉周志华赵立平
- 关键词：悬浮污泥降酚菌
- 运动性胃肠综合征研究现状被引量：26
- 2004年
- 乔德才刘谨彦赵立平
- 关键词：性别年龄
- 应用PCR与温度梯度凝胶电泳分析龈上菌斑微生物群落被引量：3
- 2005年
- 目的应用PCR与温度梯度凝胶电泳(PCRTGGE)分子技术对成年健康口腔的龈上菌斑中微生物群落组成进行分析。方法8例成年个体包括4男4女,年龄19～29岁,分别采取每例个体上下颌牙周龈上菌斑样品,共18份(个体Subl间隔10天采集2次样品)。提取菌斑DNA,PCR扩增16SrDNAV3可变区,产物经TGGE后进行相似系数分析。结果同一个体的上下颌微生物群落组成相似性系数为81%～95%,而不同个体的龈上菌斑微生物群落组成相似性系数,均在60%以下。结论不同个体具有其独特的牙周微生物群落,而且在一定时期内组成稳定。
- 洪纬魏桂芳庞小燕王凌华赵立平
- 关键词：菌斑牙周PCR成年TGGE微生物群落
