南方医科大学生物技术学院
- 作品数：1,866 被引量：5,731H指数：24
- 相关作者：周凌宏马建华陈超敏刘瑞源卢广文更多>>
- 相关机构：华南理工大学生物科学与工程学院中山大学肿瘤防治中心中山大学达安基因股份有限公司更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生自动化与计算机技术文化科学机械工程更多>>
- 基于图像块匹配的肾小球基底膜自动分割被引量：1
- 2016年
- 为了实现肾小球基底膜的自动分割,提出了一种基于图像块匹配策略的图像自动分割方法。首先,针对肾小球基底膜的特点,将块匹配算法的搜索范围从一幅参考图像扩展到多幅参考图像,并采用了一种改进的搜索方式提高匹配效率;然后,开始搜索最优的图像匹配块;最后,提取最优匹配块对应的标记匹配块进行加权,重组为肾小球基底膜的初始分割结果,经形态学处理后即可得到基底膜最终的分割结果。在采集到的肾小球透射电(TEM)图像上进行测试,算法分割结果与病理专家手动分割结果之间的Jaccard相似系数最低为83%,最高为95%。实验结果表明所提方法能取得精度较高的分割结果。
- 李创权路艳蒙李穆李明强李然曹蕾
- 关键词：图像分割块匹配透射电镜肾小球基底膜
- 鼠疫菌抗原CTL表位预测方法的建立
- 2008年
- 目的建立鼠疫菌抗原CTL表位的预测方法，为鼠疫菌表位组学研究提供行之有效的研究平台。方法采用nHLAPred、BIMAS和SYFPEITHI网络预测法对LcrV抗原的CTL表位进行预测。结果预测得到了LcrV的特异性CTL优势表位：V8～16NPQHFIEDL、V311～319KYDSVMQRL和V258～264SYNKDNNEL。结论结合不同预测方法进行T细胞表位的预测，可得到鼠疫菌LcrV抗原的CTL表位，具有较高的准确率，可为表位图谱的绘制提供参考依据。
- 王文敬张艳玲李明
- 关键词：CTL表位
- 诱发电位反卷积技术的不适定问题及正则化解决方法被引量：1
- 2015年
- 连续循环平均反卷积(Continuous loop averaging deconvolution,CLAD)是近年来用于提取高刺激率模式下听觉诱发电位(Auditory evoked potential,AEP)的一种行之有效的方法。但是,CLAD方法在频率域求解时,对刺激序列的频谱特性有严格的限制,给应用带来不便和局限。本文提出一种在时域实现反卷积的方法,将其转化为线性变换矩阵的逆滤波处理。并且利用奇异值分解分析了由不良序列带来的不适定问题,引入正则化技术改善病态矩阵对重建结果的影响。最后比较了若干种典型刺激序列和不同噪声条件下AEP的恢复实验,结果表明本方法可以较好地解决不良序列和一般噪声水平条件下暂态AEP信号的恢复重建。
- 邹岸林霖王涛
- 关键词：听觉诱发电位高刺激率反卷积正则化技术逆滤波
- 人腺苷激酶在大肠杆菌中的表达与纯化
- 2010年
- 目的诱导人腺苷激酶重组蛋白在大肠杆菌中表达,并对表达的重组蛋白进行纯化。方法将由人腺苷激酶基因开放阅读框与原核表达载体pET30a(+)连接构建的重组蛋白表达载体pET30a(+)/ADK转化大肠杆菌表达菌株BL21(DE3)感受态细胞。1mmol/L的IPTG诱导重组蛋白表达。离心收集菌体后结合使用溶菌酶、冻融和超声破碎的方法裂解菌体。用含2mol/L和4mol/L尿素的结合缓冲液洗涤包涵体去除部分杂蛋白。随后用含8mol/L尿素的结合缓冲液变性溶解剩余包涵体沉淀。用Ni-NTA柱通过亲和层析纯化重组蛋白,用含8mol/L尿素的洗脱缓冲液洗脱,收集样品透析复性。结果成功构建人腺苷激酶原核表达载体且目的蛋白以包涵体形式表达。经包涵体洗涤、变性溶解,亲和层析及分步透析复性获得纯度达85%以上的重组蛋白。结论人腺苷激酶表达载体的成功构建以及重组蛋白的纯化,为进一步进行其结构和功能的研究奠定了基础。
- 黄湘马瑞娟孙敏英杨学习
- 关键词：腺苷激酶纯化包涵体复性
- 结合硬斑块特征的心血管内超声图像中-外膜边缘检测被引量：7
- 2012年
- 针对心血管内超声(IVUS)图像中-外膜(media-adventitia)边缘检测中,硬斑块和声影等造成中-外膜边缘难以准确检测的问题,提出一种结合硬斑块特征的中-外膜边缘检测方法。首先,采用k均值聚类分割IVUS图像,根据图像中不同类型斑块的成像特点检测硬斑块位置;然后,计算IVUS图像方向梯度,结合斑块位置和图像灰度,获得代价矩阵;最后,利用启发式图搜索方法,实现IVUS图像的中-外膜边缘检测。对临床图像的实验结果表明,本方法能克服图像中声影和斑块干扰等问题,使检测正确率达到95.57%,提高了IVUS图像中-外膜边缘检测的准确性。
- 邢栋杨丰黄靖涂圣贤DIJKSTRA Jouke
- 基于预扫描正则化与稀疏约束重建的低剂量CT灌注成像
- 2012年
- CT灌注成像中患者会受到长时间的X线照射,在灌注前预先扫描一幅正常剂量图像,在后续灌注过程中进行低剂量采集,将所获低剂量图像与参考图像做减影并进行滤波处理以获得灌注信息,然后叠加到正常剂量图像中,可以非常显著地降低CT灌注成像中辐射剂量,然而,当剂量非常低的时候,重建图像会受到噪声与伪影干扰。本文基于类似的预扫描正则化数据采集方案,分别进行正常剂量和低剂量预扫描,然后利用相同的低剂量进行后续灌注过程的扫描,将所采集低剂量数据与预扫描的低剂量数据在投影域作差,然后在重建中引入稀疏性约束,以获得更准确的灌注信息重建,重建后的灌注信息最后同样叠加到正常剂量图像中。本文采用一套人脑CT灌注图像进行模拟实验,结果表明在同样剂量下,本文所提新方法重建结果所包含的灌注信息更准确,时间衰减曲线与正常剂量情况的吻合度更高,而且平均过渡时间可重复性好。
- 莫纪江周爱珍王聪梅颖洁冯衍秋
- 关键词：低剂量CTCT灌注
- 转化医学模式下疾病标志物的挖掘被引量：3
- 2014年
- 疾病标志物是用于疾病的鉴定、早期诊断及预防、治疗过程中的监控。疾病标志物的挖掘包括发现、验证、确认与应用四大核心环节,寻找和发现有价值的疾病标志物已经成为目前研究的一个重要热点。传统的疾病标志物发展途径已渐渐满足不了当今研究的需要,而填补这一从实验室到临床的鸿沟要依靠转化医学模式的发展成果,即转化医学模式下的疾病标志物挖掘方式才是最适用的。本文介绍了国内外一些转化医学在疾病标志物发现与验证确认过程中方法策略的运用,如与标志物发现紧密相关的分子分析、成像技术等,转化医学分析方法中的生物分析验证和临床验证阶段,从而进一步指出与转化医学相结合的疾病标志物的挖掘能够更好地解决标志物实验室发现与临床应用之间过渡研究的难题。
- 银一臻徐伟文
- 关键词：疾病标志物
- 基于超声粒子图像测速技术的大鼠动脉二维血流速度测量被引量：4
- 2014年
- 目的动脉粥样硬化及血栓的形成与动脉管腔内的血流动力学参数变化密切相关。然而,目前普遍应用的超声多普勒成像技术不能精确测量复杂血流流场信息。二维的动脉血流速度场能为心血管疾病提供重要的临床信息。方法应用超声粒子图像测速技术,通过B型超声记录超声造影剂粒子图像,获得二维血管全流场的信息。本研究使用5组大鼠数据,计算其左侧颈动脉的全场血流速度分布,统计3个心动周期的血流速度并与超声多普勒测速方法的结果对比。结果和结论实验结果表明,超声粒子成像技术测速结果与超声多普勒测速结果相似。超声粒子图像测速方法的结果较超声多普勒的方法结果偏小,平均血流速度、峰值速度误差为2%~8%和5%~10%。两种测速方法经t检验（P〉0.05）无显著的统计学差异。超声粒子图像测速技术能够无创、实时评估全流场血流动力学变化情况,通过测速可区分不同分组的大鼠。它为进一步探讨狭窄血管中复杂多变的血流场提供新的影像学方法。
- 朱懿恒钱明牛丽丽郑海荣卢广文
- 关键词：血流成像血流动力学
- 基于Ion Torrent测序平台技术的肿瘤基因检测及临床应用被引量：1
- 2016年
- 目的探讨Ion Torrent基因测序技术对肿瘤基因突变检测的准确性和临床适用性。方法提取110例癌症患者的石蜡包埋组织DNA,采用Ion Torrent基因测序技术检测患者的22个肿瘤基因,即EGFR、ERBB2、ERBB4、FGFR1、FGFR2、FGFR3、MET、ALK、KRAS、NRAS、BRAF、MAP2K1、STK11、PTEN、PIK3CA、AKT1、DDR2、NOTCH1、TP53、FBXW7、SMAD4、CTNNB1,用Sanger测序法对部分基因突变位点进行验证。结果 110例患者中,肺癌40例,结直肠癌40例,恶性黑色素瘤30例,基因突变检出率为100%,且所有病例均至少发生3个基因突变。EGFR、FGFR3突变率均为100%,FGFR2、MAP2K1、NOTCH1突变率均为0;TP53、EGFR、KRAS突变型别多达43、15、12种,而FGFR3、ERBB4、FGFR1突变型别均有且只有1种。除了EGFR、TP53,其他基因在同一样本单型别突变率均>90%。多基因突变个数在3种癌症组间的差异无统计学意义(P>0.05)。KRAS在结直肠癌的突变率较高(P<0.01),BRAF在恶性黑色素瘤的突变率较高(P<0.01)。结论 Ion Torrent测序技术准确性高、测序时间和成本低、操作简单,适合大规模地应用于恶性肿瘤的早期筛查和诊断、个体化治疗以及肿瘤基因的临床研究。
- 林凯容杨学习吴英松李明杨志慧
- 关键词：ION肿瘤基因基因型别
- 开端同轴线射频鉴别系统检测的结肠癌组织、癌周正常组织介电常数和电导率比较被引量：1
- 2016年
- 目的比较开端同轴线射频鉴别系统检测的结肠癌组织、癌周正常组织介电常数和电导率。方法 39例份新鲜离体结肠癌组织(A组)及其癌旁组织(B组),采用开端同轴线射频鉴别系统检测42.58、85.16、127.74、170.32、212.90、255.48、298.06、340.64、383.22、425.80、468.38、500.00 MHz下A组癌组织黏膜面、B组手术切缘黏膜面的介电常数和电导率。结果不同检测频率下A组介电常数、电导率均高于B组(P均<0.05)。结论开端同轴线射频鉴别系统检测的结肠癌组织介电常数和电导率均高于癌周正常组织,开端同轴线射频鉴别结肠癌组织与癌周正常组织准确性较高。
- 魏珊珊冯晓创符芳翔陈建国韩帅辛学刚厉周
- 关键词：结肠癌射频介电常数电导率
