国家自然科学基金(30171053)
- 作品数：21 被引量：56H指数：5
- 相关作者：张振书肖冰刘宇虎刘宇虎钟东更多>>
- 相关机构：南方医科大学南方医院中国人民解放军第一军医大学东莞市人民医院更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金东莞市科技计划项目广东省医学科学技术研究基金更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学自动化与计算机技术更多>>
- 62种细菌基因组中密码子碱基位置上碱基分布的差异性及相关性被引量：4
- 2003年
- 应用生物信息学方法 ,对已完成测序的 6 2种细菌基因组进行 :1 同一密码子碱基位置上不同碱基分布频率的比较 ;2 不同密码子碱基位置上同一碱基分布频率的比较。结果显示 :1 三个密码子碱基位置上及四种碱基的分布频率差异存在显著性 ;2 三个密码子碱基位置上的四种碱基的分布频率显著相关。结论提示 ,在细菌的进化过程中 ,任一密码子碱基位置上任一碱基的分布有可能受到所处密码子碱基位置及其他三种碱基分布的影响。
- 钟东赵贵军刘宇虎杨兴龙徐安龙张振书
- 关键词：细菌基因组碱基分布
- 干扰素诱导跨膜蛋白1协同干扰素抑制结肠癌细胞增殖被引量：2
- 2006年
- 目的：研究干扰素诱导跨膜蛋白1(interferon induced transmembrane protein 1,IFITM1)协同干扰素对结肠癌细胞株SW480增殖的影响。方法：将IFITM1基因亚克隆到真核表达载体pEGFP-C3,IFITM1/pEGFP-C3重组质粒转染结肠癌细胞株SW480,G418 500mg/L筛选阳性克隆细胞。激光共聚焦显微镜及RT-PCR检测IFITM1的表达。实验设pEGFP- C3/SW 480组、IFITM1/SW 480组、IFITM1/anti-IFITM1/SW 480、空白组,除空白组外,每组加入IFN_(-α) 1000 U/mL。MTT检测细胞的增殖性。结果：IFITM1/pEGFP-C3重组质粒转染SW480细胞后,激光共聚焦显微镜观察到绿色荧光融合蛋白位于细胞膜周围,RT-PCR在IFITM1/SW 480细胞中检测到IFITM1 mRNA表达,SW 480细胞及pEGFP-C3/SW480细胞中未见IFITM1 mRNA表达。MTT分析细胞增殖示pEGFP-C3/SW 480组、IFITM1/SW 480组、IFITM1/anti-IFITM1/SW 480组的D_(570mm)处值分别0.745±0.0267、0.346±0.0316、0.696±0.0613,空白组的D_(570mm)值是0.835±0.0362,IFITM1/SW 480细胞增殖比pEGFP-C3/SW 480细胞及IFITM1/anti-IFITM1/SW 480细胞低(P＜0.05)。而pEGFP-C3/SW 480细胞的增殖与IFITM1/anti-IFITM1/SW 480细胞增殖相比无显著差异(P＞0.05)。结论：IFITM1可协同IFN-α抑制SW 480细胞体外增殖。
- 何敬东张振书肖冰周高速张以洋耿焱
- 关键词：结肠肿瘤细胞增殖转染
- IFITM1克隆测序及生物信息学分析被引量：3
- 2009年
- 目的研究干扰素诱导的跨膜蛋白-1基因（interferon induced transmembrane protein 1．IFITM1）克隆、测序，对序列进行分析，并获取生物学信息。方法以IFITM1的cDNA为模板，用Pfu酶做PCR扩增，在EcoR Ⅰ和Hind Ⅲ双酶切后，将IF—ITM1的cDNA片段克隆到pUCm—T质粒，对重组的pUCm—T-IFITM1测序后，采用All GenBank＋EMBL＋DDBJ＋PDBSe—quences Database和Simple Modular Architecture Research Tool（SMART）对IFITM1的eDNA进行生物信息学分析。结果扩增后，含有IFITM1基因eDNA的PCR产物约1000bp，IFITM1的eDNA成功克隆到pUCm—T质粒并进行测序。序列分析结果显示，IFITM1结构cDNA全长683bp，有2个外显子。IFITM1的mRNA编码的氨基酸在37～57和87～107有2个跨膜区，编码125个氨基酸的多肽，其蛋白相对分子质量为14kDa。结论，IFITM1基因的成功扩增、克隆、测序，获取了IFITM1基因的eDNA、mRNA以及编码蛋白质氨基酸的生物学信息，有利于研究IFITM1基因与大肠癌的关系。
- 刘宇虎钟东柳娟杨兴龙张振书肖冰郭文英
- 关键词：结直肠癌基因克隆生物信息
- PAK1基因对大肠癌细胞体外侵袭能力的影响被引量：2
- 2009年
- 目的研究p21-activated kinase-1(PAK1)基因对大肠癌细胞系体外侵袭能力的影响。方法把重组p21活化蛋白激酶1质粒用脂质体转染大肠癌SW480细胞,同时设立空白对照组和空载体对照组。于转染后48h采用免疫印迹方法检测PAK1的蛋白表达水平,Boyden小室模型检测大肠癌细胞SW480在转染重组PAK1基因质粒后侵袭能力的变化。结果SW480细胞转染p21活化蛋白激酶1重组质粒后,与空白对照和空载体对照相比,PAK1蛋白水平明显增加,细胞的体外侵袭能力增强。结论转染pPAK1重组质粒能够有效上调PAK1基因,增强大肠癌细胞系体外侵袭潜能,提示PAK1基因高表达可能与大肠癌细胞的侵袭和转移等生物学行为相关。
- 武金宝韩宇晶南清振张振书张宏权宋于刚
- 关键词：大肠癌
- 初步建立真核基因调控元件模块的搜索方法被引量：1
- 2004年
- 依据基因调控知识对现有方法进行了综合及改进:(1)在序列搜索方面,结合多序列低分值查询与多个保守片段搜索两种方法获得匹配序列,然后序列相互打分,最后进行聚类分析;(2)在位点搜索方面,综合应用位置权重矩阵、成对寡核苷酸及Smith-Waterman等方法;(3)在分析系统方面,采用面向对象的程序设计方法建立跨平台、可扩展、基于数据库的分析系统。本方法对MHC基因家族的初步分析结果表明,能较准确地找到一些基因调控元件模块所在的区域。
- 钟东张振书刘宇虎郑国清刘小意卢阳赵贵军徐安龙
- 关键词：真核基因基因调控搜索方法数据库
- p21活化激酶1基因在大肠癌细胞中的表达及意义被引量：4
- 2007年
- 目的探讨p21活化激酶l(PAK1)基因在大肠癌细胞中的表达及意义。方法运用免疫印迹技术检测PAK1基因在8株不同转移和恶性潜能大肠癌细胞(LoVo、SW480、SW620、SW1116、HT29 HCT116和CO-LO320细胞)中的表达。结果与HCT116、HT29、SW480、SW1116和LST细胞相比,PAK1在LoVo、COLO320和SW620大肠癌细胞中蛋白表达明显增加,而HT29和SW480细胞中的PAK1蛋白表达亦强于SW1116和LST细胞,但PAK1在SW1116和LST细胞几乎无表达。结论PAK1蛋白过度表达可促进大肠癌的发生、发展,且可能与大肠癌的恶性生物学表型密切相关。
- 武金宝南清振张绍荣张弟张振书宋于刚
- 关键词：免疫印迹
- 人源性大肠癌cDNA噬菌体表达文库的构建及鉴定被引量：6
- 2003年
- 目的 构建人源性大肠癌cDNA噬菌体表达文库。方法 从人大肠癌组织中提取总RNA ,RT PCR反转录合成cDNA第 1链 ,用长距离PCR技术合成cDNA第 2链 ,除去小于 5 0 0bp的小片段后与λTriplEx2噬菌体连接 ,体外包装 ,构建成cDNA噬菌体表达文库。转染E .coliXL1 Blue大肠杆菌 ,滴定文库的滴度 ,确定文库容量大小 ,测定重组率。用EXTagTM酶做PCR和SfiⅠ酶切鉴定插入的cDNA片段大小。结果 构建成含 2 .39× 10 6pfu/ml重组子的人大肠癌cDNA噬菌体表达文库 ,重组率为 97.5 %。插入的外源cDNA片段大小为 5 0 0bp～ 4kb ,平均长约 1.4kb。 结论 成功构建高质量人源性大肠癌cDNA噬菌体表达文库 ,适合于免疫筛选cDNA克隆的人大肠癌相关抗原基因。
- 刘宇虎张振书肖冰钟东武金宝王亚东赖卓胜张亚历
- 关键词：CDNA噬菌体
- 血管黏附分子在大肠癌组织中的表达及意义被引量：1
- 2008年
- 目的探讨血管黏附分子(VCAM-1)在大肠癌发生、发展中的作用。方法用免疫组化SABC法检测65例大肠癌、16例大肠息肉和4例癌旁组织中VCAM-1的表达,酶联免疫吸附试验检测20例健康人、40例大肠癌患者外周血可溶性VCAM-1(sVCAM-1)水平,分析VCAM-1表达与大肠癌病理特征的关系。结果大肠癌组织中VCAM-1阳性率明显高于大肠息肉和癌旁组织(P均<0.01),VCAM-1表达与大肠癌的侵袭深度及淋巴结转移相关。大肠癌患者外周血清sVCAM-1水平高于健康人(P<0.01),其中有淋巴结转移者明显高于无淋巴结转移者(P<0.01)。结论VCAM-1可促进大肠癌的发生、发展;sVCAM-1有望成为大肠癌早期诊断及判断转移的指标。
- 赖晓嵘童华生何美蓉武金宝蔡洁毅王启仪
- 关键词：大肠肿瘤
- 干扰素诱导的跨膜蛋白-1对诊断结直肠癌的临床价值被引量：7
- 2008年
- 目的探讨干扰素诱导的跨膜蛋白-1(IFITM1)基因在肿瘤组织中的表达,血清抗IFITM1的抗体反应以及对临床诊断结直肠癌的意义。方法应用半定量RT-PCR方法检测IFITM1基因mRNA在正常大肠粘膜、结直肠癌组织、大肠炎性息肉、腺瘤性息肉、胃癌、食管癌和肝癌组织中的表达。采用Western印迹法检测患者血清抗IFITM1的抗体反应。分析有IFITM1基因表达癌肿的病理特点。结果结直肠癌组织中IFITM1基因mRNA表达率为47.4%(18/38),显著高于大肠腺瘤性息肉的15%(3/20)和胃癌组织的4.8%(1/21)(P<0.05),而正常大肠粘膜、大肠炎性息肉、食管癌和肝癌组织均无表达。结直肠癌组织IFITM1基因mRNA呈强表达,其表达水平(0.8048±0.2273)显著高于大肠腺瘤性息肉(0.4447±0.0989)(P<0.001)。结直肠癌血清相应的抗体反应率为36.8%(14/38),明显高于胃癌的9.5%(2/21)(P<0.05),而在食管癌、肝癌、大肠炎性息肉和大肠腺瘤性息肉以及健康人血清则未检测出相应的抗体反应。有IFITM1基因表达的结直肠癌多数直径大于5cm,侵及浆膜,有淋巴结和远处转移,多属DukesC期和D期,以高分化腺癌为主。结论IFITM1基因可能在结直肠癌的发生、发展和转移过程中起重要作用,有望成为临床诊断结直肠癌的一个良好标志物。
- 刘宇虎柳娟郭健游志坚王在国钟东杨兴龙张振书肖冰郭文英
- 关键词：结直肠癌基因表达抗体反应
- IFITM1基因在结直肠癌中的作用研究进展被引量：4
- 2009年
- 刘宇虎
- 关键词：结直肠癌消化道恶性肿瘤PROTEIN大肠癌
