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GenBank数据库中鳜鱼微卫星位点的筛选及特征分析被引量：11: 2007年; This project made use of bioinformatic mining of microsatellites from genomic resources to identify simple sequence repeats(SSRs),or microsatellites.A bioinformatic analysis of 304 nucleotide sequences in Siniperca chuatsi GenBank identified 22 sequences containing 30 microsatellites,account for 9.87% of wholly GenBank database.Cluster analysis indicated that 16 dinucleotide pairs were the most abundant microsatellites,accounting for 53.33% of the total microsatellite-containing sequences;11 trinucleotide repeats and 3 tetranucleotide repeats were found in these microsatellite sequences,accounting for 36.66% and 10.01% respective.17 primer pairs were designed from these microsatellite sequences.Among the 17 primer pairs,13 pairs have amplified products,6 pairs can achieve clear PCR products by Electrophoresis.Genotype analysis results indicated that:the average polymorphism information contents(PIC)were 0.692(ranged:0.567-0.806),were all polymorphic loci.; 匡刚桥刘臻鲁双庆刘红玉张建社肖调义; 关键词：鳜鱼微卫星 GENBANK数据库

用微卫星标记分析湘华鲮野生群体遗传多样性被引量：2: 2009年; 为了解湘华鲮天然种质资源现状，用38对鲤科鱼类微卫星引物对其群体进行全基因组扫描，结果筛选出15对能够获得稳定扩增条带的引物。以鲮鱼养殖群体为对照群体。在15个微卫星位点中，湘华鲮多态性位点9个，对照群体6个。通过分析湘华鲮微卫星位点PCR产物的电泳图谱，共检测到40个等位基因，每个位点的等位基因数目介于1～5之间，其平均等位基因数为2．67个，平均有效等位基因数为1．47个，平均观察杂合度为0．2289，平均期望杂合度为0．2730，平均多态信息含量（PIC）为0．2440，多数Hardy-Weinberg平衡偏离指数值偏离平衡值，与对照组无显著性差异。本研究表明湘华鲮野生种群结构不合理，遗传多样性低，种质资源处于危险状态。; 刘明求刘臻李传武卞伟余长生鲁双庆; 关键词：微卫星DNA

鲫鱼微卫星DNA的分离及多态性分析被引量：4: 2007年; 目的:用近缘物种鲤微卫星引物来分离鲫鱼微卫星标记并对其多态性进行分析。方法:以鲫鱼基因组DNA为模板,采用6对鲤微卫星引物进行PCR扩增,PCR产物经8%的非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳和银染色检测。结果:筛选出2个以AC和TA为重复单元的鲫鱼新的微卫星标记。多态性分析表明,这2个微卫星标记的遗传杂合度分别为0.611和0.644,多态信息含量为0.536和0.572,属于高度多态性标记。结论:该研究筛选的2个微卫星标记可应用于鲫鱼遗传多样性、遗传连锁图谱构建及分子标记辅助育种等方面的研究。; 刘臻鲁双庆张建社刘红玉匡刚桥; 关键词：鲫鱼微卫星DNA 多态性

湘江野鲤养殖群体和自然群体遗传多样性的微卫星分析被引量：22: 2007年; 采用微卫星技术,用17对微卫星引物对湘江野鲤养殖群体和自然群体的的遗传多样性进行分析。结果表明:有15对引物扩增出清晰的条带,其中13对引物在群体间呈现多态性;2个群体中,13对多态性引物分别扩增等位基因2～12个,共90个,其中35个等位基因为2群体共有,55个等位基因具有群体特异性,引物平均等位基因数为6·92个,等位基因频率为0·0667～0·8333;养殖群体和自然群体的平均遗传杂合度和平均多态信息含量分别为0·5688、0·5152,0·5860、0·5347;2个群体间遗传相似性指数为0·6762,遗传距离为0·3238,表明湘江野鲤养殖和自然群体遗传多样性均较为丰富,2个群体间遗传变异程度较高。; 刘臻鲁双庆匡刚桥张建社刘红玉刘峰; 关键词：微卫星标记

FIASCO法筛选鳜鱼微卫星标记被引量：25: 2007年; 通过FIASCO（Fast Isolation by AFLP Sequences Containing repeats）法构建鳜鱼（Siniperca chuatsi）基因组微卫星富集文库，分离微卫星DNA序列并对其特征进行分析。鳜鱼基因组DNA经MseⅠ限制性内切酶消化后，选取200～800bp的片段与MseⅠ接头连接，用生物素标记的寡核苷酸探针（AC）8、（CT）8、（AT）7、（GATA）8、（GATT）7与其杂交，杂交复合物结合到包被有链霉亲和素的磁珠上，变性洗脱获得单链目的片段，经PCR扩增形成双链，然后克隆到pGEM-T载体上，转化至DH5α中，首次成功构建鳜鱼基因组微卫星富集文库。对其中100个阳性克隆进行测序，60个（60％）含有微卫星序列（GenBank Accession Number：DQ789247～DQ789306）。成功设计了47对鳜鱼微卫星引物，并合成21对引物进行PCR扩增，结果筛选出18个多态性微卫星标记。结果表明：FIASCO法能有效提高筛选微卫星标记的效率。本研究筛选的微卫星标记可以用于鳜鱼遗传背景分析和遗传连锁图谱构建，并将为鳜鱼基因组结构分析、标记辅助育种以及数量性状位点（QTL）基因的定位等研究提供候选微卫星标记。[中国水产科学，2007，14（4）：608—614]; 匡刚桥刘臻鲁双庆刘红玉张建社唐建洲; 关键词：鳜鱼微卫星标记富集文库

黄鳝微卫星标记筛选及其在不同性别表型群体中的遗传多态性被引量：5: 2009年; 采用FIASCO（Fastisolation by AFLP sequences containing repeats）法进行黄鳝微卫星标记筛选并将其应用于黄鳝性别差异群体的遗传变异分析。黄鳝基因组DNA经酶切、微卫星核心序列探针杂交、T载体连接并转化至DH5a中，构建黄鳝基因组微卫星富集文库。随机挑选75个阳性克隆测序，结果发现其中20个含有微卫星序列，利用软件成功设计了15对微卫星引物，经过黄鳝基因组DNA的PCR扩增及电泳检测，筛选8对多态性微卫星引物并对黄鳝3种不同性别表型群体的基因组DNA进行PCR扫描，结果显示：在8个微卫星座位中，共检测到51个等位基因，平均每个座位的等位基因数为6．375个，等位基因频率分布为0．0012～0．6033；黄鳝雌性表型群体、间性表型群体、雄性表型群体的平均遗传杂合度分别为0．6371、0．6969、0．7345；平均多态信息含量分别为0．5656、0．6416、0．6858，表明这些微卫星标记在黄鳝不同性别表型群体的遗传多态性发生了改变，它们可作为黄鳝遗传背景分析的分子标记。; 刘臻罗小华鲁双庆匡刚桥张建社; 关键词：FIASCO 微卫星DNA 遗传多态性

鳜鱼基因组(AC)_n微卫星富集文库的构建与鉴定被引量：2: 2007年; 鳜鱼基因组DNA经MseI酶切后,与MseI接头连接,用链霉素和素磁珠亲和捕捉与生物素标记的微卫星寡核苷酸探针(CA)8杂交,杂交复合物通过变性洗脱获得单链目的片段,经PCR扩增形成双链,然后克隆到pGEM-T载体上,转化至大肠杆菌DH5α中,首次成功构建鳜鱼(Siniperca chuatsi)基因组(AC)n重复类型的微卫星富集文库.测序结果表明,阳性克隆率为60%,说明构建的鳜鱼基因组微卫星富集文库是一个高质量的文库.鳜鱼富集微卫星文库的建立将为下一步进行鳜鱼微卫星标记的筛选提供了有效的工具.; 匡刚桥刘臻鲁双庆肖调义刘红玉刘峰; 关键词：鳜鱼微卫星 FIASCO

鳜鱼基因组DNA的提取及PCR-SSCP条件的探讨被引量：3: 2007年; 采用改良苯酚氯仿法,分别提取鳜鱼冻存血液、新鲜血液、冻存肌肉、新鲜肌肉的DNA并进行了效果比较,发现新鲜及冻存样品提取效果差异不大.以基因组DNA为模板,对鳜鱼生长激素基因第五至第六外显子进行PCR-SSCP分析,在SSCP分析过程中,对温度、电压条件进行了优化,在五组条件中,4℃、160V条件下效果最好.; 刘峰鲁双庆谢新民刘臻匡刚桥; 关键词：鳜鱼 DNA提取 PCR-SSCP

鳜干扰素刺激基因Viperin微卫星标记筛选及遗传变异分析被引量：1: 2008年; 研究采用生物信息学技术在鳜干扰素刺激基因Viperin(Virus inhibitory protein,endoplasmic reticulum-associated,in-terferon-inducible)序列中发现了2个微卫星序列,通过设计2对微卫星引物,对翘嘴鳜(Siniperca chuatsi)、斑鳜(Siniperca scherz-eri)和大眼鳜(Siniperca kneri)基因组进行PCR扩增分析其多态性.结果表明:Viperin基因微卫星多态性在3物种高低顺序依次为斑鳜,翘嘴鳜和大眼鳜,多态信息含量(PIC)在0.2394 0.8043之间,平均多态信息含量为0.5247,属于高度多态性位点.因此,本研究的2对引物可作为鳜3物种遗传分析的微卫星标记.; 刘臻熊钢钟敬褚武英鲁双庆; 关键词：微卫星

3种鳜属鱼生长激素基因差异的检测与分析被引量：2: 2008年; 为探索鳜(Siniperca chuatsi)、大眼鳜(S.kneri)、斑鳜(S.scherzeri)生长性状差异与基因差异间的联系,以3种鳜野生群体为材料,采用PCR-SSCP分析及测序方法,对3种鳜野生群体的生长发育相关基因——生长激素(GH)基因的差异进行了检测。结果表明,在生长激素基因5′侧翼区至第2外显子区域检测到4种多态型,均为群体特有多态型;在第2内含子3′段至第3内含子5′段区域检测到5种多态型,其中3种为群体特有多态型;在第4外显子至第5外显子5′段区域及第5外显子3′段至3′侧翼区均检测到4种多态型,均有3种为群体特有多态型。对各多态型编码区的分析表明,斑鳜与鳜、大眼鳜在GH第150位氨基酸位点存在差异。在该位点,斑鳜编码蛋氨酸(M),鳜、大眼鳜均编码亮氨酸(L)。各区域多态型共组合成9种GH基因型,3种鳜间无共有基因型。GH基因遗传分化指数(Fst)为0.8598,分化程度较高。遗传多样性分析显示,斑鳜GH基因遗传多样性高于鳜和大眼鳜。3种鳜属鱼GH基因相似度比较结果显示,鳜与大眼鳜的相似度最高,鳜与斑鳜的相似度最低。研究结果可为进一步利用GH基因差异进行鳜分子育种研究提供依据。; 刘峰刘臻鲁双庆张建社谢新民唐建洲匡刚桥; 关键词：GH基因遗传分化 PCR-SSCP

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湖南省自然科学基金(06JJ20056)

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