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国家自然科学基金(81373085)

作品数:22 被引量:50H指数:4
相关作者:饶绍奇梁岩赵翔张乃尊林美华更多>>
相关机构:广东医科大学广东医学院茂名市人民医院更多>>
发文基金:国家自然科学基金广东省科技计划工业攻关项目广东省自然科学基金更多>>
相关领域:医药卫生生物学更多>>

文献类型

  • 16篇期刊文章
  • 1篇会议论文

领域

  • 16篇医药卫生
  • 2篇生物学

主题

  • 7篇网络
  • 5篇基因
  • 5篇功能模块
  • 3篇转录
  • 3篇网络分析
  • 2篇心病
  • 2篇药物
  • 2篇生物信息
  • 2篇生物信息学
  • 2篇生物信息学分...
  • 2篇数据库
  • 2篇数据库构建
  • 2篇转录组
  • 2篇网络识别
  • 2篇胃癌
  • 2篇腺癌
  • 2篇基因芯片
  • 2篇共享
  • 2篇冠心病
  • 2篇核心基因

机构

  • 13篇广东医科大学
  • 1篇茂名市人民医...
  • 1篇广州市黄埔区...

作者

  • 1篇张乃尊
  • 1篇梁岩

传媒

  • 3篇Genomi...
  • 2篇生命科学研究
  • 2篇肿瘤预防与治...
  • 1篇中国医院统计
  • 1篇河北医药
  • 1篇山东医药
  • 1篇遗传
  • 1篇临床心血管病...
  • 1篇中国公共卫生
  • 1篇中华肿瘤防治...
  • 1篇中国医药导报
  • 1篇医学信息
  • 1篇2017年中...

年份

  • 3篇2023
  • 1篇2022
  • 2篇2021
  • 3篇2020
  • 3篇2019
  • 1篇2018
  • 1篇2017
  • 1篇2016
  • 2篇2014
22 条 记 录,以下是 1-10
排序方式:
Identification of Risk Pathways and Functional Modules for Coronary Artery Disease Based on Genome-wide SNP Data被引量:3
2016年
Coronary artery disease (CAD) is a complex human disease, involving multiple genes and their nonlinear interactions, which often act in a modular fashion. Genome-wide single nucleotide polymorphism (SNP) profiling provides an effective technique to unravel these underlying genetic interplays or their functional involvements for CAD. This study aimed to identify the susceptible pathways and modules for CAD based on SNP omics. First, the Wellcome Trust Case Control Consortium (WTCCC) SNP datasets of CAD and control samples were used to assess the joint effect of multiple genetic variants at the pathway level, using logistic kernel machine regression model. Then, an expanded genetic network was constructed by integrating statistical gene-gene interactions involved in these susceptible pathways with their protein protein interaction (PPI) knowledge. Finally, risk functional modules were identified by decomposition of the network. Of 276 KEGG pathways analyzed, 6 pathways were found to have a significant effect on CAD. Other than glycerolipid metabolism, glycosaminoglycan biosynthesis, and cardiac muscle contraction pathways, three pathways related to other diseases were also revealed, including Alzheimer's disease, non-alcoholic fatty liver disease, and Huntington's disease. A genetic epistatic network of 95 genes was further constructed using the abovementioned integrative approach. Of 10 functional modules derived from the network, 6 have been annotated to phospholipase C activity and cell adhesion molecule binding, which also have known functional involvement in Alzheimer's disease. These findings indicate an overlap of the underlying molecular mechanisms between CAD and Alzheimer's disease, thus providing new insights into the molecular basis for CAD and its molecular relationships with other diseases.
Xiang ZhaoYi-Zhao LuanXiaoyu ZuoYe-Da ChenJiheng QinLv JinYiqing TanMeihua LinNaizun ZhangYan LiangShao-Qi Rao
IRS-1和IRS-2基因多态性与冠心病易感性关系被引量:2
2019年
目的探讨胰岛素受体底物-1基因(IRS-1)单核苷酸多态性(SNP)位点rs10205923,rs16822633以及胰岛素受体底物-2基因(IRS-2)rs9521509与广东汉族人群冠心病遗传易感性的关系。方法收集2009——2012年在广东医科大学附属医院、中山大学第一附属医院、茂名市人民医院等多家医院心血管内科住院诊治的冠心病病例783例和同期进行健康体检的健康人749名,采用SNPscan^(TM)多重SNP分型试剂盒进行基因型分型,应用χ~2检验和多因素logistic回归模型检验SNP位点与冠心病的关联性。结果 3个SNP位点等位基因和基因型分布在病例和对照组间的差异均无统计学意义(P> 0.05)。多因素logistic回归模型检验未发现这3个SNP位点在3种遗传模式(加性、显性和隐性)下对冠心病有显著影响,校正混淆因素后P值=0.406~0.949。进一步对单体型分析未发现IRS-1基因的2个SNP位点(rs10205923和rs16822633)构成单体型对冠心病有明显影响。校正混淆因素后P值=0.439~0.941。结论该研究提示IRS-1和IRS-2基因单核苷酸多态性与广东汉族人群冠心病无关联性。
赵小蕾林美华覃继恒修良昌范安梁岩张乃尊饶绍奇
关键词:冠心病胰岛素受体底物-1胰岛素受体底物-2
基于TF-mRNA调控网络识别消化道癌症共享功能模块
2022年
目的:分析消化道癌症共享的功能模块及构建TF-mRNA调控网络并探究转录因子在消化道癌症中起到的重要作用。方法:对来自TCGA中消化道癌症RNAseq数据,差异分析应用DESeq2软件包进行分析,以|logFC|>1.5和P<0.05作为阈值筛选差异基因并选取共同差异表达的基因,并利用clusterProfiler软件包对共享差异基因功能富集分析及通路分析。通过STRING数据库获取蛋白互作信息,采用Cytoscape软件里的MCODE插件进行蛋白互作网络模块分解,并在igraph软件包进行模块子网的可视化,最终借助TRRUST数据库构建TF-mRNA调控关系网络。结果:本文识别741共享差异基因,发现重要的共享功能有肌肉收缩、肌肉系统过程、细胞外基质的组织、构建细胞外结构,并识别到重要的转录因子AR,CBX7,ETV4,WT1, PAX2及基因CDC6,NCAM1,AGTR1,MMP1,COL1A1。结论:AR,CBX7,ETV4,HOXC6及CDC6,AGTR1,MMP1,COL1A1是消化道癌症中重要的转录因子及基因。
蓝树金饶绍奇
关键词:消化道癌症
类风湿关节炎差异表达基因筛选、生物信息学分析及其潜在治疗药物的预测被引量:7
2020年
目的筛选类风湿关节炎(RA)差异表达基因,对差异表达基因进行生物信息学分析,并预测潜在的RA治疗药物。方法采用GEO2R在线工具软件分析RA数据集GSE97779和GSE1919,获得RA差异表达基因。通过String数据库构建RA差异表达基因蛋白质相互作用(PPI)网络,通过Cytoscape软件cytoHubba插件筛选出核心基因,并进行差异表达基因功能富集分析、通路富集分析和RA潜在治疗药物的预测。结果共筛选出了100个RA差异表达基因,其中上调基因77个,下调基因23个;最终得到具有81个节点、383条边的PPI网络;GO和KEGG富集分析显示差异表达基因主要富集于免疫反应、质膜外侧面、CXCR3趋化因子受体结合和细胞因子-细胞因子受体相互作用通路。在药物基因相互作用数据库中发现了3个潜在治疗药物,分别是马拉维克、阿利法西普、艾地氯喹。结论RA样本中共有100个差异表达基因;差异表达基因主要富集于细胞因子活性、G蛋白偶联受体结合、细胞因子-细胞因子受体相互作用和趋化因子信号通路等;马拉维克、阿利法西普、艾地氯喹是RA潜在的治疗药物。
孙胜南廖苑君蓝树金李让赵小蕾覃继恒饶绍奇
关键词:类风湿关节炎差异表达基因生物信息学分析
基于转录组数据识别结直肠癌的特异性功能模块
2021年
目的:利用转录组数据识别与结直肠癌(colorectal cancer, CRC)相关的功能模块与核心基因,为CRC的早期诊断和治疗提供线索。方法:从GEO数据库下载4套与CRC相关的表达谱数据:GSE44076(98病例+50对照)、GSE21815(132病例+9对照)、GSE9348(70病例+12对照)、GSE8671(32病例+32对照),使用在线工具GEO2R分别筛选差异表达基因(differentially expressed genes, DEGs)并取交集,以此作为种子基因,通过蛋白质-蛋白质互作(protein-protein interaction, PPI)知识扩充构建CRC特异性基因网络。应用Newman网络分解算法提取CRC的功能模块及其核心基因。最后,对CRC功能模块进行基于京都基因与基因组大百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)的通路富集分析,探讨这些功能模块的生物学意义。结果:共筛选出412个上调DEGs和231个下调DEGs,作为种子基因,通过PPI扩展为一个包含2 261节点的CRC特异性基因网络。利用Newman算法提取了15个功能模块并识别了87个核心基因,包括已知的与CRC相关的基因(例如COL1A2、CDK1、MYC等)和尚未有报道的基因(例如PRKCB、ACTN1、KAT2B等)。KEGG富集结果显示,CRC功能模块主要与细胞周期(hsa04110)、DNA复制(hsa03030)、Wnt信号通路(hsa04310)、PI3K-AKT信号通路(hsa04151)等通路有关。结论:本研究识别了15个CRC特异性功能模块和87个模块的核心基因,为进一步揭示CRC的发病机制、发掘有效生物标志物和治疗靶标提供参考。
陈晓琳许德华廖苑君李让孙胜南蓝树金饶绍奇
关键词:结直肠癌基因芯片网络分析功能模块
Pathway-based Analysis of the Hidden Genetic Heterogeneities in Cancers
2014年
Many cancers apparently showing similar phenotypes are actually distinct at the molecular level,leading to very different responses to the same treatment.It has been recently demonstrated that pathway-based approaches are robust and reliable for genetic analysis of cancers.Nevertheless,it remains unclear whether such function-based approaches are useful in deciphering molecular heterogeneities in cancers.Therefore,we aimed to test this possibility in the present study.First,we used a NCI60 dataset to validate the ability of pathways to correctly partition samples.Next,we applied the proposed method to identify the hidden subtypes in diffuse large B-cell lymphoma (DLBCL).Finally,the clinical significance of the identified subtypes was verified using survival analysis.For the NCI60 dataset,we achieved highly accurate partitions that best fit the clinical cancer phenotypes.Subsequently,for a DLBCL dataset,we identified three hidden subtypes that showed very different 10-year overall survival rates (90%,46% and 20%) and were highly significantly (P =0.008) correlated with the clinical survival rate.This study demonstrated that the pathwaybased approach is promising for unveiling genetic heterogeneities in complex human diseases.
Xiaolei ZhaoShouqiang ZhongXiaoyu ZuoMeihua LinJiheng QinYizhao LuanNaizun ZhangYan LiangShaoqi Rao
脂联素基因多态性与冠心病的关联研究被引量:7
2018年
目的:探讨广东汉族人群脂联素基因(ADIPOQ)单核苷酸多态性(SNP)位点与冠心病的关联性。方法:运用SNPscanTM多重SNP分型试剂盒对1 044例冠心病和1 349例健康对照进行SNP位点检测。χ~2检验和Logistic回归分析用于检测SNP位点与冠心病的关联性。结果:冠心病组rs266729的GG、GC和CC基因型频数(频率)分别为69(6.6%)、385(36.9%)和590(56.5%),对照组分别为77(5.7%)、498(36.9%)和774(57.4%);冠心病组rs16861205位点的AA、AG和GG基因型频数(频率)分别为28(2.7%)、250(23.9%)和766(73.4%),对照组分别为37(2.7%)、365(27.1%)和947(70.2%)。两位点的等位基因和基因型频率在冠心病组和对照组间差异无统计学意义(P>0.05)。Logistic回归分析显示在3种遗传模型(加性、显性和隐性)下两位点的基因型不是冠心病的危险因素(P>0.05)。结论:本研究未提示脂联素基因rs266729和rs16861205位点与广东汉族人群冠心病有关联。
赵小蕾覃继恒修良昌曾景堂陈应坚林美华饶绍奇
关键词:冠心病脂联素基因单核苷酸多态性
Pathway-based Analysis Tools for Complex Diseases: A Review被引量:1
2014年
Genetic studies are traditionally based on single-gene analysis. The use of these analyses can pose tremendous challenges for elucidating complicated genetic interplays involved in complex human diseases. Modern pathway-based analysis provides a technique, which allows a comprehen- sive understanding of the molecular mechanisms underlying complex diseases. Extensive studies uti- lizing the methods and applications for pathway-based analysis have significantly advanced our capacity to explore large-scale omics data, which has rapidly accumulated in biomedical fields. This article is a comprehensive review of the pathway-based analysis methods the powerful methods with the potential to uncover the biological depths of the complex diseases. The general concepts and procedures for the pathway-based analysis methods are introduced and then, a comprehensive review of the major approaches for this analysis is presented. In addition, a list of available path- way-based analysis software and databases is provided. Finally, future directions and challenges for the methodological development and applications of pathway-based analysis techniques are dis- cussed. This review will provide a useful guide to dissect complex diseases.
Lv JinXiao-Yu ZuoWei-Yang SuXiao-Lei ZhaoMan-Qiong YuanLi-Zhen HanXiang ZhaoYe-Da ChenShao-Qi Rao
基于生物分子网络分析的精神分裂症功能模块挖掘
2019年
精神分裂症(schizophrenia, SCZ)是一种影响人类生命健康和生存质量的复杂性精神疾病,其遗传机制涉及多个生物分子的相互作用。本研究从分子水平挖掘与SCZ相关的功能模块,可为SCZ的基础研究提供新思路。首先,通过蛋白质-蛋白质互作知识引导扩展SCZ风险基因,构建SCZ特异性基因网络;随后,利用Newman分解算法挖掘功能模块,并通过拓扑学分析及泊松分布检验确定每个功能模块的拓扑属性和核心基因;最后,对功能模块进行功能学分析,根据富集到的通路类别评估功能模块之间的相互作用。结果显示,共提取了14个功能模块,均具备无标度网络性质。对所得功能模块进行拓扑学分析,共挖掘出102个核心基因,包括已知与精神分裂症相关的基因(例如EGFR、HAX1、IL1R1、RALGDS等)和尚未有相关报道的基因(例如SVIL、DNAJA1、RABAC1、STX6等)。通过富集分析发现这些功能模块参与多条生物学通路,包括细胞凋亡、ErbB信号通路、细胞周期、磷脂酶D信号通路、PI3K-Akt信号通路等。功能模块分析显示,大部分功能模块不是单独发挥作用的,它们共同影响SCZ的发生发展,具有共享的发病机制。
廖苑君陈应坚赵小蕾孙胜南林帆覃继恒饶绍奇
关键词:功能模块核心基因
胃癌相关mRNA和miRNA融合网络构建及关键节点分析被引量:7
2020年
目的胃癌是一种常见的消化道恶性肿瘤,多个基因和miRNA参与了胃癌的发生、发展和转移。本研究选取胃癌相关的mRNA和miRNA表达数据,利用生物信息学方法构建胃癌相关的mRNA-miRNA融合网络并识别胃癌相关的关键基因。方法从基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中选取胃癌相关的mRNA(GSE54129)和miRNA(GSE23739)表达数据,利用GEO2R筛选出差异表达mRNA和miRNA,利用STRING数据库和DAVID软件进行网络构建和功能富集分析,应用Cytoscape软件进行网络拓扑结构分析,应用TFcheckpoint数据库识别网络中的转录因子,应用Kaplan-Meier ploter进行生存分析。结果共计识别出704个差异表达的mRNA和38个差异表达的miRNA。构建的mRNA和miRNA融合网络包含了71个基因、15个miRNA和145条边。这些基因主要富集到RNA聚合酶Ⅱ启动子转录调控、细胞黏附、细胞外空间(基质和胞外囊泡)和肝素结合等(经Benjamini校正后均P<0.05)。通过网络拓扑学结构分析识别出了14个胃癌相关的关键节点,其中包含CTNNB1、IGF1、THBS1、PTGS2、ACTA2、CTGF和APOE 7个基因,hsa-miR-375、hsa-miR-107、hsa-miR-199a-3p、hsa-miR-513a-5p和hsa-miR-146b-5p 5个miRNA,SOX2和GATA62个转录调控因子。针对以上7个基因和2个转录调控因子的生存分析证实这些节点均与胃癌患者的生存曲线有关联,均P<0.05。结论胃癌的发生与发展受到涉及多个基因、miRNA和其他转录因子的生物分子网络调控,其关键节点对胃癌预后的预测有重要临床意义。
赵小蕾陈应坚廖苑君修良昌覃继恒饶绍奇
关键词:胃癌MRNAMIRNA转录因子网络
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