国家自然科学基金(30660044)
- 作品数：24 被引量：44H指数：4
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- 相关机构：内蒙古大学天水师范学院内蒙古师范大学更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家教育部博士点基金内蒙古自治区自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 基于编码序列、基因间序列和氨基酸序列构建的系统发生关系比较被引量：2
- 2012年
- 以7种古菌、46种细菌和10种真核生物的基因组为样本,考虑碱基间的短程关联和长程关联作用,得到编码序列的密码对和基因间序列的三联体对中不同位点的二核苷酸频率,据此构建了基于编码序列和基因间序列的系统发生关系。无论是基于编码序列还是基因间序列对信息进行聚类,古菌或真核均被聚在一支上,表明聚类参数的选择是合适的;与基于氨基酸序列构建的系统发生关系进行两两比较,发现大部分硬壁菌的编码序列与基因间序列之间,以及编码序列与氨基酸序列之间的进化都存在较大差异。通过分析认为,只有综合考虑这三类序列的进化信息,才可能得到更自然的系统发生关系。
- 杨林源李宏赵小庆刘国庆
- 关键词：系统发生关系基因间序列
- 厌氧性粘菌基因组中密码对的使用
- 2010年
- 分析了厌氧性粘菌(Anaeromyxobacter_dehalogenans_2N-C)基因组中密码对的使用,发现其全基因组中有5.2%的密码对模式是缺失的.分析结果表明其密码对的偏好至少可能是四个方面压力的结果:(1)基因组局部的及整体的GC含量,(2)密码对中二核苷酸的组分,(3)氨基酸的亲疏水性,(4)基因组中二肽的保守水平。
- 王芳平李宏王志坚刘国庆
- 关键词：二核苷酸氨基酸二肽
- Interaction Form between Splided Introns and Corresponding Protein Coding Sequences of Ribosomal Protein Genes in C.elegans
- Intron as a kind of non-coding DNA is rich in eukaryote genomes.Studies over the past few years were most focu...
- 赵小庆李宏杨林源
- 关键词：INTRONS
- 文献传递
- SARS病毒序列中回文结构的研究
- 2008年
- 统计了SARS病毒全序列中间间隔S从0到100、侧翼序列长度L从4开始的所有回文结构,并从AT含量及频数分布等方面分析了不同区域(编码及非编码区域等)回文结构的特征,同时,找出SARS病毒及其它几种冠状病毒各蛋白编码序列,并统计出它们中的回文结构,分析它们的回文特征,发现了一些SARS病毒序列中回文结构的分布规律,如L大于7的回文主要分布在编码区;绝大部分编码蛋白序列的回文结构数密度小于整个SARS病毒序列回文结构数密度等.
- 李瑞芳李宏
- 关键词：回文结构SARS病毒
- 大肠杆菌基因中密码对使用的规律被引量：2
- 2010年
- 为了探讨基因组序列的非随机性对密码对使用的影响程度,揭示依赖上下文的密码对偏爱性(CDCB)可能存在的规律,本文主要对大肠杆菌基因组中密码子及其紧邻密码子(密码对)偏爱作了全面的统计分析。结果发现85%的密码子在其紧邻密码子位点有显著依赖上下文的密码对偏爱性,通过密码对与全序列六联体(三联体对)的相对丰度比较发现,大约35%的密码对偏好性不能用基因组的序列组分来解释。当密码子第二和第三位点核苷酸相同,且紧邻密码子相同时,它们的相对丰度有显著相关性。结果表明我们的数据支持依赖上下文的密码子偏好的主要原因是蛋白质合成精确性选择的假设,即本文结果揭示了依赖上下文的密码对偏好性可能存在的规律,从而为今后进一步研究大肠杆菌基因组中密码对使用偏好性提供参考。
- 王志坚王芳平方玉田李宏
- 关键词：基因组同义密码子
- 线虫核糖核蛋白编码序列与内含子的协同进化分析
- ＜正＞已知内含子参与基因的组织特异表达、蛋白质变异、基因转录等多种生物学过程,内含子进化也是基因组进化的重要组成部分。Halligan等研究表明内含子5’端8bp和
- 赵小庆李宏
- 关键词：线虫内含子外显子协同进化
- 文献传递
- 蛋白质折叠速率与其氨基酸序列极性的关系被引量：4
- 2009年
- 以大肠杆菌60个蛋白酶以及几种常见病毒(SARS病毒、艾滋病病毒、丙型肝炎病毒及乙型肝炎病毒)各蛋白质序列中的所有α-螺旋和β-折叠片段为研究对象,计算了各片段的折叠速率和平均极性,分别在各物种的α-螺旋和β-折叠两类二级结构片段中分析了二者的相关性。得到结论:不论是大肠杆菌中的蛋白酶还是病毒蛋白,其中的两类氨基酸片段的平均极性与折叠速率都是极显著相关的:对于所有的α片段,二者呈线性正相关,而对于所有的β片段,二者成线性负相关。结果证实了在蛋白质折叠中,氨基酸的极性起着重要的作用。
- 李瑞芳李宏
- 关键词：Α-螺旋Β-折叠
- 人类核糖体蛋白加工假基因在进化中的熵变
- 2007年
- 用生物信息学方法计算出人类核糖体蛋白加工假基因(RP加工假基因)的进化距离.假定在统计意义上,不同进化距离的假基因可粗略代表假基因的进化历程.在此假定基础上从信息论的角度去研究假基因在进化中的熵变.结果发现,1)假基因序列的紧邻碱基关联随进化逐步增强;2)k-mer信息熵中,小k-mer(k=1,2,…,5)信息熵随进化减少,大k-mer(k=7,8)信息熵随进化先迅速减少,随后增加;3)关联信息熵随进化减少,其中紧邻碱基关联信息熵的减少幅度最明显.这些可能与背景突变压力作用有关.
- 刘国庆李宏王芳平应智强
- 加工假基因演化过程中的两种信息流
- 2009年
- 定义描述DNA序列组分差异性和碱基关联的两个参数,分析了人类加工假基因演化过程中其组分信息和碱基关联信息的变化特征,发现随时间的推移,加工假基因的组分逐步向其侧翼序列漂移,紧邻碱基关联逐步增强。这表明本研究所得参数可很好地用来表征加工假基因的突变信息。
- 刘国庆李宏赵朝霞
- 关键词：碱基关联
- 组蛋白修饰组合模式研究进展
- 2012年
- 核小体是染色质的基本结构单位,核小体组蛋白N末端尾部可以发生甲基化、乙酰化等多种共价修饰.组蛋白密码假设多种组蛋白修饰以组合方式发挥作用.自组蛋白密码假设被提出后,组蛋白修饰组合模式成为表观遗传学领域的重要研究内容.在染色质免疫沉淀基因芯片和免疫沉淀高通量测序等相关实验数据的基础上,多种算法被用于研究组蛋白修饰的组合.文章介绍了组蛋白修饰的发生、位点、相关修饰酶以及生物学功能,对组蛋白修饰组合以及与基因表达关系的研究进行了总结,同时对组蛋白修饰组合模式一些适用的研究方法做了概述和分析.
- 崔向军李宏
- 关键词：组蛋白修饰因果关系聚类
