国家高技术研究发展计划(2001AA214131)
- 作品数：6 被引量：185H指数：4
- 相关作者：赵立平周志华张晓君赵勇李武更多>>
- 相关机构：上海交通大学上海水产大学南京农业大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家自然科学基金上海市教育委员会重点学科基金更多>>
- 相关领域：环境科学与工程生物学农业科学更多>>
- 秸秆还田后土壤微生物群落结构变化的初步研究被引量：45
- 2005年
- 通过实验室条件下的小麦秸秆粉和油菜秸秆粉的还土试验,结合常规的分析手段和基于DNA的分子技术(变性梯度凝胶电泳(DGGE)及测序技术),初步研究了秸秆粉还田后土壤物理化学特性及生物学特性的变化。结果表明,培养60d后,秸秆还田土壤的肥力明显提高,其纤维素酶活性明显增强。DGGE图谱表明,对照土壤(S)以及处理土壤(SW和SR),在培养过程中,β-Proteobacteria类细菌组成都在发生变化。对其中一个样品的DGGE条带进行了割胶测序,测序结果表明,大部分条带代表的微生物是未培养的或不可培养的。采用传统分离培养技术,从秸秆还田土壤中分离了2株纤维素降解菌。以上结果说明,秸秆还田具有良好的土壤综合效应。
- 赵勇李武周志华张晓君潘迎捷赵立平
- 关键词：秸秆纤维素酶活性变性梯度凝胶电泳纤维素降解菌
- 焦化废水处理系统中不同培养基分离的细菌种群多样性被引量：46
- 2003年
- 以焦化废水处理系统的微生物群落为对象 ,对 3种不同培养基 (YPG、LB、WW)分离细菌的能力及分离物的种群多样性组成进行了比较研究。同一悬浮污泥样品在YPG、LB和WW培养基上的活菌计数结果分别为 1 6× 1 0 6 CFU mL、7 0× 1 0 5CFU mL和 9 8× 1 0 5CFU mL。从每种培养基 1 0 -4稀释度平板上共分离 1 37株分离物。将所有分离物扩增近全长的 1 6SrD NA并用限制性内切酶HinfI对PCR产物进行ARDRA(AmplifiedrDNArestrictionanalysis)多态性分析 ,共得到 1 4种不同的操作分类单元 (OperationalTaxonomicUnit,OTU)。其中YPG培养基上的分离物显示了 8种不同的OTUs,而WW培养基和LB培养基分离物只分别显示了 6种和4种OTUs。YPG OTU1和WW OTU6所包含的菌株分别占到总分离物的 30 %和 2 2 3 % ,为优势分离物。ERIC PCR基因组指纹图分析表明 ,前者的 34株分离物共有 2 0种不同的指纹图类型 ,而后者的 2 5株分离物只有 3种。因此 ,就分离焦化废水处理系统中的细菌及对分离物进行种群多样性的研究而言 ,YPG培养基比其他两种培养基更合适。
- 陈敏赵立平
- 关键词：废水处理培养基种群多样性焦化废水微生物群落
- 无苯酚培养基分离到的降酚菌多样性的分子分析被引量：4
- 2006年
- 用3种不含苯酚的培养基(YPG、10%YPG和LB)从上海焦化厂废水处理系统(A2/O法)好氧池的悬浮污泥分离到24株降酚菌株.通过16SrDNAPCR扩增产物的限制性酶切分析(amplifiedribosomalDNArestrictionanalysis,ARDRA)、ERICPCR指纹图谱分析、多组分苯酚羟化酶大亚基(thelargestsubunitofthemulticomponentphenolhydroxylase,LmPH)基因的PCR扩增及16SrRNA基因测序的方法对这些降酚菌株进行表征.通过ARDRA分型,将这24株降酚菌株分为8个类型;利用ERICPCR可以将这24个菌株分为17种类型,说明同一ARDRA类型内菌株具有多样性.对17个ERIC类型代表菌株的16SrDNA扩增产物进行克隆并测序,测序结果在GenBank和RDP中进行比对.结果表明,与这17个代表菌株同源性最高的菌中,有6株是未见报道具有降酚功能的菌株.在这24株降酚菌中,有19株在苯酚含量为200mg/L的MP培养基中培养5d,苯酚降解率为20%左右,其余5株苯酚降解率达到100%,且均属于Rhodococcus属.本研究在降酚菌生物多样性上作了有益的探索.
- 熊顺子张学礼陈慕云诸晖冯玉周志华赵立平
- 关键词：悬浮污泥降酚菌
- 焦化废水工业处理装置和实验室装置硝化菌群的分子比较被引量：3
- 2007年
- 反应器的群落结构分析有助于对工业装置的故障原因进行诊断。为了解决某焦化废水处理装置硝化功能低下的故障,构建了一套相似的实验室装置作为参照系统,该装置的硝化功能良好。通过工业装置和实验室装置好氧池生物膜16SrDNA克隆文库的比较,分析了它们之间硝化菌群的组成差异。实验室装置克隆文库的构成说明Nitrosomonas europaea-Nitrosoccus mobilis类群和Nitrospira属Ⅰ亚区系分别是该工艺条件下优势的氨氧化菌和亚硝酸氧化菌,但工业装置的克隆文库中却没有找到任何与硝化菌序列相近的克隆,这说明工业装置中硝化菌的多度较低。进一步使用Taqman荧光探针实时定量PCR测定了样品中Nitrospira属的多度,实验室装置中Nitrospira属16S rDNA的拷贝数达到3.4×106个/微克基因组DNA,而工业装置的测定值不到实验室装置的1/300。这些试验结果都表明工业装置好氧池微生物群落中缺少适当的硝化菌群是造成其硝化能力低下的重要原因。提高菌群中Nitrosomonas属和Nitrospira属的多度是解决工业装置硝化能力低下的关键。
- 严兴徐正茂冯晓西张晓君赵立平刘勇第刘彬彬
- 关键词：焦化废水氨氧化菌
- 对降解喹啉的厌氧生物反应器中重要功能菌群的鉴定被引量：5
- 2006年
- 通过把微生物区系组成的分子水平的动态变化情况与微生物群落的整体功能变化相关联,鉴定重要的功能类群是微生物分子生态学研究的一个重要的策略。应用分子生物学的方法,对一个实验室规模的用于降解喹啉的厌氧反应器生物膜样品的微生物区系组成变化进行解析,找出可能的主要功能菌。通过DGGE对反应器的种子污泥和运行稳定的厌氧生物膜反应器的微生物区系组成进行了对比分析,并对主要的优势条带进行了分子鉴定。同时对以上两个样品构建16SrDNA克隆文库,通过统计学分析对克隆文库的有效性进行验证,并对文库进行测序分析。DGGE条带及克隆文库的序列分析均表明,在驯化过程中,GammaProteobacteria亚纲与Desulfobacterpostgatei种的微生物显著增加,这种动态变化表明这些细菌可能是在厌氧条件下对喹啉的降解起关键作用的微生物。
- 刘彬彬张峰冯晓西刘勇弟张晓君赵立平
- 关键词：生物膜厌氧反应器DGGE
- 土壤微生物分子生态学研究中总DNA的提取被引量：86
- 2005年
- 建立了一种土壤DNA提取方法。根据DNA产量和纯度2个评价指标,从3种手提土壤DNA方法中优选出方法B为手提DNA方法(Labmethod),它包括样品预处理,细胞裂解,粗DNA纯化,其中细胞裂解组合了玻璃珠击打,SDS裂解,溶菌酶裂解。进一步应用PCR-限制性片段长度多态性(Restrictionfragmentlengthpolymorphism,RFLP)技术及PCR-温度梯度凝胶电泳(Temperaturegradientgelelectrophoresis,TGGE)技术,结合DNA产量、纯度、片段大小以及所反映的微生物群落结构特性等指标评价了手提方法(Labmethod)得到的总DNA质量,并将这些结果与2种应用较广的商业试剂盒(MoBioUltraCleanSoilDNAKit和Bio101FastDNASPINKit(ForSoil))所得DNA的各种指标进行了比较。结果表明,手提方法(Labmethod)的粗DNA产量低于Bio101Kit的,但高于MoBioKit的。这些方法所得DNA的长度都在21kb左右,Labmethod提取的DNA没有严重被剪切现象,而2种试剂盒提取的DNA都有不同程度的剪切。手提方法得到的DNA经纯化后,应用细菌及真菌特异引物进行PCR扩增,均能获得目的片段,表明该方法能从土壤中同时有效提取细菌和真菌总基因组DNA。并且,手提方法所得DNA的细菌16SrDNA和真菌18SrDNA的PCR-RFLP图谱与两种商业试剂盒的图谱基本相似,但3种方法提取的DNA在细菌16SrDNAV3区和真菌28SrDNA片段的PCR-TGGE图谱上都存在一定差异,主要表现在一些弱势条带的有无或强弱上。这说明手提方法提取的总DNA与2种商业试剂盒一样,在一定程度上能反映微生物群落的多样性和组成。总之,手提DNA方法(Labmethod)所用试剂普通,价格便宜,能在4h以内获得够质够量的土壤DNA用于微生物分子生态学研究,较适合于广大普通实验室进行土壤DNA提取工作。
- 赵勇周志华李武刘彬彬潘迎捷赵立平
- 关键词：PCR扩增限制性片段长度多态性分析
