国家高技术研究发展计划(2012AA021801)
- 作品数：39 被引量：439H指数：13
- 相关作者：李德铢王红杨俊波孙玉合曾春霞更多>>
- 相关机构：中国科学院中国农业科学院烟草研究所中国科学院大学更多>>
- 发文基金：国家高技术研究发展计划国家科技基础性工作专项国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学农业科学医药卫生自动化与计算机技术更多>>
- 马铃薯基因组编码区域SSR位点的分布、特征和所编码蛋白功能分析
- 2015年
- 在不同物种中,微卫星(simple sequence repeats,SSR)序列的数目、类型及其分布情况有很大差异。本研究利用Perl语言开发用于探寻编码区SSR位点的程序,并用SSRHunter软件验证,来分析马铃薯基因组编码区中SSR位点的分布情况。结果显示:在马铃薯的56 218条编码区序列中,检索到2 920条共含有3 512个SSR位点的序列,其中2 519条序列只含有一个SSR位点(占86%);含三核苷酸、六核苷酸重复单元的SSR数目最多,分别为2 358和1 075个,两者占总数的98%,其他类型的重复单元出现次数较少;构成微卫星序列的不同重复单元有603个;六个核苷酸的重复单元重复次数一般最少为三个,三核苷酸GAA重复单元重复次数最高,为193次。在自然选择规律下,编码区中SSR序列长度趋向于密码子的整数倍。运用Pfam数据库对含有SSR的编码序列进行功能分类,其中最多的是RPW8抗性蛋白功能。可利用SSR序列的特异性,筛选马铃薯不同物种的相关编码序列。
- 孙亭亭王大伟陈乐王卫峰龚达平陈雅琼孙玉合
- 关键词：马铃薯SSR简单重复序列基因编码区
- 基于基因组的绒毛状烟草和林烟草microRNA及其靶基因分析被引量：1
- 2014年
- 【目的】填补绒毛状烟草(Nicotiana tomentosiformis)和林烟草(Nicotiana sylvestris)在miRNA相关领域的研究空白,揭示普通烟草(Nicotiana tabacum)的生长发育调控机理。【方法】在绒毛状烟草和林烟草全基因组中预测并分析miRNA及其靶基因,通过同源比对及miRNA前体二级结构特征进行预测:参考序列在绒毛状烟草和林烟草基因组的比对中,允许最多1—2个错配;miRNA二级结构为经典茎环结构,其中MEF最大值为-25,MEFI最小值为0.85,预测的miRNA与已知的同一家族的miRNA位于发夹结构的同一条臂上;去除E值小于等于1e-6的编码蛋白的序列。【结果】在绒毛状烟草中得到39个家族的162条miRNA,包括14对正/反义miRNA和5个基因簇。在林烟草中得到40个家族的169条miRNA,包括13对正/反义miRNA和3个基因簇。2个野生烟草在保守度高的miRNA家族中,其成员分布相似,且成员数相近。在保守度相对较低的家族中,2个野生烟草其成员分布差异较为明显,其中,miR5021、miR5203等9个家族仅在绒毛状烟草中有成员,miR1446、miR1509等10个家族仅在林烟草中有成员。2种野生烟草的正义miRNA与反义miRNA都有着1—4个碱基差异,这些差异位点在不同的家族中呈现出偏好性,而且在2种野生烟草中偏好性相似:miR164家族的9、12、13个碱基处,miR172家族的1、21个碱基处,miR396家族的2、17个碱基处,miR399家族的15、20个碱基处。2种野生烟草的基因簇主要是由miR156、miR169家族组成,其前体的间距小于350 nt,同时在绒毛状烟草中首次发现miR6019/miR6020基因簇。以普通烟草的unigene数据库作为靶基因集进行预测与分析,在绒毛状烟草122条miRNA中得到749个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因206条,其中89条(43%)得到GO功能注释;在林烟草中117条miRNA得到650个靶基因,去掉重复基因得到非冗余靶基因169条,其中78条(46%)得到GO功能注释。在分子功能方面,大多数靶�
- 李凌张磊晁江涛龚达平李凤霞王倩丁安明陈雅琼孙亭亭孙玉合
- 关键词：MIRNA生物信息学基因组
- 从文献情报分析看iFlora的发展趋势被引量：3
- 2012年
- 在网络化、信息化逐渐改变人们学习、认知和生活的背景下,本文检索并分析了与iFlora研究相关的DNA条形码、生物多样性信息库、基因测序技术、移动鉴定设备等研究论文和情报,取得下列结果:(1)植物DNA条形码的研究对象以及研究领域在不断延伸和扩展,但寻找高分辨率的DNA条码和组合片段仍是研究热点,相关的植物分类学、系统发育与演化、生态学、植物多样性等研究也在快速发展;(2)生物多样性信息数据库建设爆发式增长,为iFlora的知识积累和扩展奠定了基础;(3)第三代DNA测序技术的发展,快速测序设备的小型化将成为可能;(4)物种认知和识别的初级移动设备已经出现;(5)信息技术与植物科学等研究的结合,促进跨领域的研究合作和产品开发。本文讨论了iFlora研究计划,表明其是未来植物多样性研究的发展趋势。
- 杨雅王雨华杜宁王春明
- 关键词：文献计量分析植物DNA条形码数据库
- 关于iFlora创建工作框架的建议被引量：6
- 2012年
- iFlora是依据传统植物分类学及相关学科的研究基础,融入现代DNA测序技术,应用高速发展的信息、网络技术及云计算分析平台,收集、整合和管理植物物种相关信息,以建成智能物种鉴定和数据提取的开放应用系统(智能装备)。通过与该系统的双向交流,一方面,可以不断整合新的数据和技术充实iFlora的内容和功能;另一方面,可以通过该系统的多种鉴定途径实现快速、准确和方便的物种鉴定,获取所需物种的相关信息,满足专业机构和公众对物种和生物多样性的认知要求。本文重点介绍了构成iFlora的应用装置和支撑该装置的实物库(凭证标本、分子材料和DNA库)的建设及其重要性;阐述了构成iFlora各单元的高度整合和集成的特点,以及基于计算机技术的物种信息数字化和开放的云计算数据分析处理服务平台的枢纽作用;并讨论了iFlora创建过程所面临的困难和挑战,以及拟研发的智能装备的框架和应用前景。
- 曾春霞杨俊波杨静伊廷双林春艳
- 关键词：云计算服务
- iFlora与植物志修订的若干思考——以杜鹃花科白珠树属为例被引量：10
- 2012年
- 结合现代植物学、DNA测序与信息等关键技术而产生的新一代智能植物志(iFlora),其研发中最首要和迫切的任务之一就是如何将前沿、准确和完善的植物数据信息进行特色整合及智能化处理,为用户提供一个客观而科学的,具理论和实际应用为一体的植物学知识共享平台,并有效地为国民经济发展提供有价值的植物资源信息渠道。本文简要介绍了与传统植物志和目前常用的电子植物志数据库相区别的iF-lora数据信息的分级内容、特点和功能,并强调了作为iFlora的核心数据信息,即用于物种鉴定的植物DNA条形码、关键形态学分类特征、植物图像等识别数据,以及分子系统发育数据等。以杜鹃花科(Eri-caceae)白珠树属(Gaultheria)和其属下红粉白珠(G.hookeri)为例,介绍了iFlora采用的三类数据(核心数据、基础数据和拓展数据)构成的三级信息及其功能,同时探讨了信息整合时可能遇到的问题。
- 陆露王红李德铢
- 关键词：数据信息
- 遗传信息及其获取技术与iFlora被引量：6
- 2012年
- 随着世界主要国家和地区传统植物志的完成和即将完成,植物学进入后植物志时代。由于学科的积累和科技的发展,新一代植物志(iFlora)成为植物志发展的必然。本文概述了iFlora的特点、主要构件和应用范围;介绍了近三十年来遗传信息及其获取技术的发展概况,以及它们在iFlora中的重要作用;讨论了目前技术条件下各类遗传信息获取技术的优劣和整合提高的方法;提出了iFlora实施过程中的阶段性目标;以及随着数据信息的快速积累,相关技术特别是快速、简便测序技术和设备的发展与iFlora可能的最终发展目标。
- 李洪涛曾春霞高连明伊廷双杨俊波
- 关键词：遗传信息
- 实验动物树鼩和人类疾病的树鼩模型研究概述被引量：81
- 2013年
- 动物模型在生物医学领域(如回答人体各种重大生物学问题、解析人类疾病机理和新药研发等方面)已经做出了不可替代的巨大贡献。转化医学存在的问题使得树鼩(Tupaia belangeri chinensis)实验动物重新得到重视;人类疾病的树鼩模型也再次受到越来越多的关注。该文综述了国内外特别是近年来我国树鼩研究进展,包括树鼩基础生物学及动物模型方面取得的成绩,并分析了该领域目前存在的困难和问题,探讨了未来的一些研究方向。
- 徐林徐林张云梁斌吕龙宝陈策实陈勇彬周巨民
- 关键词：树鼩实验动物基础生物学人类疾病动物模型
- 关于植物DNA条形码研究技术规范被引量：70
- 2012年
- DNA条形码是利用标准的基因片段对物种进行快速鉴定的技术,已经成功用于生物物种分类和鉴定、生态学调查和生物多样性评估等研究领域。尽管生命条形码数据(BOLD)系统提供了主要针对动物类群DNA条形码研究的技术规范,但由于植物本身的生物学特性与所使用的条形码不同,因此已有技术规范并不完全适用于植物DNA条形码的研究。本文根据植物DNA条形码研究的特点与我国的实际情况,编写了植物DNA条形码研究技术标准和规范指南,具体包括十个方面的内容,即植物DNA条形码研究的样品采集策略;植物标本和野外数据的采集规范;植物标本图像信息的采集规范;植物DNA材料的采集规范;植物DNA材料的干燥与保存规范;植物总DNA的质量标准及保存规范;植物标准DNA条形码的选择与通用引物;DNA条形码的扩增与测序;DNA条形码数据的命名、编辑和提交规范;以及DNA条形码数据分析。我们期望通过这些标准规范的实施和在实践中的不断修订和完善,能为我国学者开展植物DNA条形码和iFlora研究提供参考和借鉴。
- 高连明刘杰蔡杰杨俊波张挺李德铢
- 关键词：植物DNA条形码物种鉴定
- 树鼩进化分类地位的分子证据被引量：54
- 2013年
- 树鼩隶属攀鼩目,广泛分布于东南亚、南亚和中国南部等地区。由于其独特的特点,如体型小、脑-体重比例高、生殖周期短、寿命短和饲养成本低等,在生物医学研究中被认为是可望替代灵长类动物的新型实验动物。然而,关于树鼩与灵长类动物的亲缘关系一直存在争议。明确树鼩的分类地位是创建实验动物的重要研究基础。该文介绍了近年来关于树鼩分类地位探讨的分子证据。在现有的研究中,大部分核DNA序列研究,包括近期树鼩全基因组序列分析,都支持树鼩是灵长动物的近缘旁系群,然而绝大部分基于线粒体DNA序列的研究却显示树鼩与啮齿动物的亲缘关系更为接近。这样的分歧主要是由于线粒体序列和核基因数据的差异以及不同的算法导致。综合现有不同DNA数据的研究结果,作者认为树鼩作为灵长类的近亲这一结论应该成为共识。
- 许凌范宇蒋学龙姚永刚
- 关键词：树鼩线粒体DNA
- 论中药分子鉴定的方法和原则被引量：17
- 2012年
- 中药的准确鉴定涉及到人民生命安全和切身利益。传统的鉴定方法,即感官评价、显微鉴定和理化鉴定均存在不同程度的局限性,而分子鉴定则为中药的快速和准确鉴定带来了新的契机。为了使中药的分子鉴定得到更加广泛和有效的应用,应该高度重视相关标准、规范的制订。本文提出了中药分子鉴定的一些主要方法:1)真伪品鉴定:特异聚合酶链式反应法;2)正品和替代品鉴定:DNA条形码鉴定法;3)多基源鉴定:群体遗传学分析法;4)产地鉴别:分子谱系地理学分析法。经上述方法仍无法鉴别的贵重药材可进一步应用人类亲子鉴定的方法,开发特异微卫星标记进行进一步的鉴定。
- 袁庆军张文婧姜丹张永清马超一黄璐琦
- 关键词：中药分子鉴定真伪品
