国家自然科学基金(21073119) 作品数:3 被引量:8 H指数:2 相关作者: 孙淮 孙迎新 杨静 赵立峰 苗延霖 更多>> 相关机构: 上海交通大学 吉林大学 更多>> 发文基金: 国家自然科学基金 国家重点基础研究发展计划 更多>> 相关领域: 理学 更多>>
粗粒化力场的可迁移性 近年来粗粒化力场得到广泛应用,极大的提高了分子模拟研究的时间和空间尺度[1]。在特定的热力学条件下针对特定的分子通过拟合特定的物理性质得到的粗粒化力场能否迁移到其他的分子、热力学状态和预测其他的性质,是粗粒化力场面临的一... 曹风雷 孙淮文献传递 WebFF-开放、可扩展、智能化的网络力场数据库平台 力场对于分子模拟起着根本性的作用,一个好的力场必须包含大量的参数,有广泛的适用性和准确性。但是由于化学结构的巨大多样性,没有一个通用力场(AMBER,CHARMM,COMPASS等等)可以是完整并且准确的,缺失力场参数是... 杨春炜 李丰 孙淮关键词:数据库平台 分子模拟 文献传递 苯分子的粗粒化力场开发 本文针对在生命和材料科学中有广泛应用、具有典型的pi-pi相互作用的苯分子,构建并对比了两种适用于苯分子的粗粒化模型:不带电荷的三点模型和带电荷的四点模型。粗粒化粒子的质量通过转动惯量确定,电荷分布通过分子四极距确定;分... 金钊 曹风雷 孙淮文献传递 含羧酸镁(钙)官能团的多孔芳香骨架材料储氢性能的预测 被引量:2 2012年 用MP2方法,TZVPP基组以及基组重叠误差(BSSE)校正计算了氢分子与修饰在多孔芳香骨架(PAF)上的羧酸镁、羧酸钙官能团的相互作用,并建立了描述这一相互作用的分子力学力场.在此基础上用巨正则系综蒙特卡洛(GCMC)模拟预测了氢气在该种新型PAF材料上的吸附等温线.量子化学计算结果表明,每个羧酸镁、羧酸钙官能团分别可以提供13、14个氢分子吸附位点,与每个氢分子的平均结合能在8kJ·mol-1左右.通过比较不同温度和压力下材料的绝对吸附量和超额吸附量发现,在PAF骨架中引入羧酸镁、羧酸钙官能团可以显著提高材料的综合储氢性能,达到并超过了美国能源部提出的2015年储氢标准.同时该工作还揭示了氢吸附量与材料的表面积、空腔体积和分子作用强度间的复杂关系. 苗延霖 孙淮 王琳 孙迎新关键词:储氢 从头算 分子模拟 研究燃烧反应的分子动力学模拟中的增强采样法研究 燃烧反应是一个在高温高压条件下涉及大量的反应物分子、产物分子、中间体和自由基的多体碰撞、活化和反应的过程。即便是最简单的燃烧过程(例如氢气燃烧),在不同温度压力条件下的微观反应机理依然是不清楚的。这极大地限制了能源的有效... 程涛 辛亮 荆志峰 孙淮关键词:燃烧反应 分子动力学 文献传递 孔道结构对多孔材料气体吸附性质影响的理论研究 气体的吸附和分离是多孔材料一个重要的应用领域。多孔材料可以形成不同拓扑结构的一维、二维或三维孔道。除了多孔材料的化学组成外,孔道结构也对材料的吸附性质有很大的影响,主要体现在吸附动力学和自由体积方面。传统基于GCMC方法... 曹风雷 孙淮关键词:孔道结构 多孔材料 模拟计算 文献传递 磷在P-ZSM-5沸石中存在的形态 被引量:6 2011年 用密度泛函理论和ONIOM(our own N-layer integrated molecular orbital molecular mechanics)方法研究磷改性的ZSM-5沸石中含磷基团的可能存在形态.计算的反应焓和自由能数据表明P-ZSM-5沸石中以磷进入骨架和在骨架外的形成磷酸根离子对是合理的稳定结构.而且,计算结果表明离子对模型F和G更适合在室温下存在,磷进入骨架的酸性结构C?在高温下更稳定,而磷进入骨架的结构C对温度变化不敏感.计算得到的27Al,31P,29Si化学位移、酸性的变化趋势和结构参数与相关实验数据吻合. 杨静 孙迎新 赵立峰 孙淮关键词:磷改性 密度泛函理论 关于Metadynamics三种边界校正方法的比较 近十几年来,Metadynamics[1]已经得到广泛应用,可以方便地计算模拟体系的自由能曲线,克服反应坐标上的过高自由能位垒造成的采样不足的问题。Metadynamics需要选取一定数量的体系自由度作为变量集(CV),... 向衍 孙淮关键词:METADYNAMICS 自由能 文献传递 关于副本交换分子动力学模拟复杂化学反应的研究(英文) 2018年 本文研究用温度副本交换分子动力学(T-REMD)和哈密顿副本交换分子动力学(H-REMD)方法模拟复杂化学反应的问题。使用具有不同活化能和反应能的简单置换反应模型,我们检验了上述两种方法用来预测反应平衡产物的效率和应用范围。T-REMD方法对具有适度活化能(约<20 kcal·mol^(-1))或者反应能量(<3 kcal·mol^(-1))的放热反应是有效的。由于在相空间的不完整采样,对于同时具有高活化能和反应能量的反应其模拟效率有严重障碍,并且对于吸热反应问题更为显着。另一方面,H-REMD对一系列具有不同活化能的反应能的模型表现出色,与T-REMD相比,H-REMD可以使用更少的副本获得优异的结果。 辛亮 孙淮关键词:分子动力学 温度 哈密顿 用自由能计算方法预测表面活性剂分子在溶液与表面的浓度平衡 采用分子动力学模拟,运用SDK粗粒化力场[1],同时结合统计热力学理论推导,计算得到了表面活性剂分子在气液表面与溶液中的绝对化学位,从而预测表面活性剂分子在两相间的浓度平衡。对于绝对化学位中超额化学位部分的贡献,采用热力... 沈喆 孙淮文献传递