广西壮族自治区自然科学基金(2012GXNSFDA053015)
- 作品数：4 被引量：5H指数：2
- 相关作者：吴铁军陈秀荔赵永贞李咏梅陈晓汉更多>>
- 相关机构：广西壮族自治区水产科学研究院广西水产研究所更多>>
- 发文基金：国家现代农业产业技术体系建设项目广西壮族自治区自然科学基金广西壮族自治区科学研究与技术开发计划更多>>
- 相关领域：农业科学生物学更多>>
- 凡纳滨对虾围食膜蛋白基因全长cDNA的克隆及序列分析被引量：3
- 2012年
- 为研究凡纳滨对虾围食膜蛋白在IHHNV感染虾体过程中的作用,实验采用SMART技术构建了凡纳滨对虾肠道组织的全长cDNA文库,电子拼接获得了对虾围食膜蛋白基因全长cDNA序列,并进行了功能分析。全长cDNA文库的库容达1.05×106pfu/mL,重组率为95%。随机挑选1 600个克隆进行测序,去除载体后得到插入长度≥450 bp的有效序列1 531条,根据同源片段长度不小于100 bp,90%同源性的原则对这些序列归并unigene,得到unigene 399条。从所测克隆中得到一个围食膜蛋白基因,其cDNA序列长度为1 002 bp,编码由303个氨基酸组成的蛋白,基因序列比对发现该序列与斑节对虾卵巢围食膜蛋白1和2、围食膜蛋白前体3,短钩对虾围食膜蛋白1、2,以及中国对虾围食膜蛋白编码序列的同源性较高,均达到80%以上。通过半定量RT-PCR对该基因在不同组织的表达分析结果表明该基因在抗感染对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的对虾的心脏和胃中高表达,在肝脏、肠和肌肉中表达较低,在鳃中表达最弱,在眼中不表达;该基因在感染IHHNV病毒的对虾的心脏表达明显减弱,在肝脏、眼、肌肉和鳃中表达较低,在肠道和胃中几乎不表达,说明该基因参与对虾抵御病原体侵入过程。
- 陈秀荔赵永贞彭敏杨春玲蒋伟明李咏梅曾地刚马宁黎铭陈晓汉吴铁军
- 关键词：凡纳滨对虾克隆
- 凡纳滨对虾酚氧化酶原激活因子基因的克隆及表达分析被引量：2
- 2014年
- 为研究酚氧化酶原激活因子（prophenoloxidase-activating factor,PPAF）在凡纳滨对虾感染传染性皮下及造血组织坏死病毒（IHHNV）过程中所起的免疫作用,实验采用逆转录聚合酶链式反应和cDNA末端快速扩增技术克隆了凡纳滨对虾PPAF基因的全长cDNA序列,并通过实时荧光定量PCR技术分析了该基因在正常凡纳滨对虾和感染IHHNV凡纳滨对虾不同组织的表达情况。结果显示,克隆获得了1 986 bp凡纳滨对虾PPAF基因cDNA全长序列（GenBank登录号JQ684529）,其中含有一个1 629 bp开放阅读框（ORF）,两翼分别存在21 bp（5’端）和336 bp（3’端）的非翻译区。该基因的开放阅读框共编码542个氨基酸,氨基酸序列269~517处存在功能结构域——丝氨酸蛋白酶结构域,氨基酸序列494~502区域存在一个ALPHA-2巨球型免疫蛋白功能位点,316~321区域有一个组氨酸酶活性位点;定量PCR分析发现,该基因无论在正常对虾还是感染IHHNV对虾的心脏、肝胰腺、肠、胃和肌肉中的表达量均较低,在血液和鳃腺中的表达量明显高于其他组织,但感染IHHNV对虾不同组织中PPAF基因的表达量均低于正常对虾相应组织中的表达量。定量检测PPAF基因在对虾鳃腺组织中的表达情况显示,对虾感染IHHNV后,PPAF基因的表达量急剧降低,3 h时至最低,之后表达量逐渐上升,48h时达最高值。研究表明,IHHNV可抑制PPAF基因的表达,因而抑制酚氧化酶原免疫系统的有效激活,或是其感染对虾并在对虾组织内增殖的原因之一。
- 赵永贞陈秀荔曾地刚杨春玲彭敏何苹萍李咏梅彭金霞韦嫔媛陈晓汉
- 关键词：凡纳滨对虾克隆
- 凡纳滨对虾Peroxinectin基因部分cDNA序列的克隆及表达分析
- 2013年
- 为研究病毒感染凡纳滨对虾血细胞黏连因子基因表达量的变化,进而研究该因子在对虾先天免疫系统中的作用,利用RACE方法克隆凡纳滨对虾血细胞黏连因子cDNA序列,并通过荧光定量PCR方法分析其在病毒感染前后不同组织中的表达情况。成功获得了长度为1529 bp的Peroxinectin基因部分cDNA编码序列,3’端含有一段长度为319 bp的非翻译区,推测血细胞黏连因子部分序列编码402个氨基酸。凡纳滨对虾血细胞黏连因子的氨基酸序列高度保守,在线比对发现其氨基酸序列与斑节对虾和中国明对虾相似性达到90%,而与锯缘青蟹有87%的相似性。通过荧光定量PCR技术检测IHHNV感染前后血细胞黏连因子基因表达量的变化,发现血细胞黏连因子基因在病毒感染后的表达量明显升高。血细胞黏连因子基因的病毒感染诱导表达模式说明该基因可能参与了对虾的先天免疫过程。
- 赵永贞陈秀荔杨春玲彭敏何苹萍陈晓汉
- 关键词：凡纳滨对虾克隆
- 凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ型基因4种不同剪切体的序列分析
- 2013年
- 采用RT-PCR技术克隆了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因全长编码序列,对其核苷酸序列和编码的氨基酸序列进行了生物信息学分析,并在对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的编码区查找了单核苷酸多态性位点。结果显示:本研究克隆获得了凡纳滨对虾肌钙蛋白Ⅰ基因的4个可变剪切体,其编码的蛋白质均具有Troponin超家族结构域特征,同源性比对发现该蛋白的氨基酸序列在节肢动物中高度保守。系统进化分析发现凡纳滨对虾Tn-Ⅰ3和Tn-Ⅰ4与中国对虾和小龙虾的Tn-Ⅰ遗传距离较近,而Tn-Ⅰ1和Tn-Ⅰ2单独聚为一支,且与其他物种Tn-Ⅰ遗传距离较远;通过测序比较不同个体凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因序列发现在Tn-Ⅰ的4种不同剪切体编码区共同序列区第302位和472位碱基分别存在2个(A/G)SNP位点,其中位于第302位碱基的(A/G)错义突变使编码氨基酸由甘氨酸变为了谷氨酸(G/E)。凡纳滨对虾Tn-Ⅰ基因不同剪切体及编码区错义突变的发现为进一步探讨其基因功能奠定了基础。
- 赵永贞陈秀荔杨春玲彭敏何苹萍陈晓汉
- 关键词：凡纳滨对虾剪切体单核苷酸多态性
