国家自然科学基金(30800645)
- 作品数：2 被引量：5H指数：2
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- 相关机构：第三军医大学更多>>
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- 相关领域：医药卫生更多>>
- 整合法预测HBV相关抗原的HLA-A* 0201限制性结合肽被引量：2
- 2009年
- 目的预测HBV的相关抗原HBsAg、HBcAg、DNA polymerase新的HLA-A*0201限制性结合肽。方法选取SYFPEITHI、BIMAS、SVMHC、IEDB、EpiJen预测工具以及整合法预测抗原对应蛋白序列P03146,P03138,P03156的HLA-A*0201限制性结合肽,并与现有表位数据库中的结合肽比较。结果整合法与单个预测算法相比提高了预测的灵敏度和特异性,对3种抗原的预测准确性均有提高,MR(misclassification rate)值分别降为1.14%、3.41%、1.46%;利用此方法发现3种抗原尚未得到实验验证的HLA-A*0201结合肽,分别为,HBcAg:ELMTLATWV(64-72)、LMTLATWVGV(65-74);HBsAg:LMT-LATWVGV(246-254)、IIFLFILLL(244-252)、FLFILLLCLI(246-255)、SLYSILSPFL(367-375)以及LLCLIFLLVL(251-260);DNA polymerase:SLFTAVTNFL(513-522)、GLLGFAAPFT(554-563);在HBsAg蛋白序列中发现了31个氨基酸的免疫热点区域FIIFLFILLLCLIFLLVLLDYQGMLPVCPLI(243-273)。结论整合法比单个预测算法性能更好,能够更准确地预测抗原的HLA限制性结合肽,采用该方法所发现的9条可能表位和1个免疫热点区域为后续HBV新表位的鉴定及其功能研究提供了有价值的线索。
- 王书峰尚小云巩沅鑫吴玉章
- 关键词：MHC整合法结合肽
- 鼠胰岛素B链HLA-A*0201限制性CTL表位拮抗型改造肽的设计与鉴定被引量：3
- 2010年
- 目的设计并鉴定具有负调致病细胞毒性T细胞(cytotoxic Tlymphocyte,CTL)免疫应答功能的改造肽配体(al-tered peptide ligand,APL),为基于胰岛素自身抗原的I型糖尿病特异性免疫治疗奠定基础。方法利用InSilico技术模拟构建TCR-pMHC(TCR-HLA-A*0201-mInsB5-14)复合物三维结构,根据结构选择改造位点P6;通过保守/不保守单个氨基酸虚拟替换得到若干候选APL;通过自由能变化计算、相对亲和力检测、细胞因子分泌水平检测等体外功能实验,初步鉴定具有拮抗效应的APL。结果筛选得到的APL mInsB5-14H6F(H→F)与天然肽mInsB5-14空间结构相似,能与HLA-A*0201分子结合,其HLA-A*0201分子的相对亲和力与mInsB5-14相近。该APL作用下mInsB5-14刺激CD8+T细胞分泌IFN-γ的水平明显低于天然肽单独刺激下特异性CTL分泌IFN-γ的水平(P<0.05)。结论基于天然自身抗原表位mInsB5-14改造得到的mInsB5-14H6F是HLA-A*0201限制性的APL,该APL通过降低致病CTL特异性分泌IFN-γ的水平,可能诱导HLA-A*0201转基因NOD小鼠的自身耐受,从而为I型糖尿病治疗性疫苗的研发奠定了基础。
- 舒驰王书峰陈晓玲傅晓岚姜曼王莉吴玉章
- 关键词：I型糖尿病
