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系统发育基因组学研究进展被引量：17: 2014年; 系统发育基因组学是利用全基因组数据构建系统发育树的新领域。全基因组数据能有效消除横向基因转移和类群间基因进化速率差异等因素对系统发育树的影响。根据所使用的全基因组数据的类型,可以将系统发育基因组学方法分为以下5类:多基因联合建树方法,基于基因含量的方法,基于基因排列信息的方法,基于序列短串含量特征信息的方法及基于代谢途径的方法。文章系统地总结了每一类方法的原理、速度、准确性、适用范围及在各个生物类群中的应用,并对系统发育基因组学的前景及面临的挑战进行了概述。; 王章群解增言蔡应繁舒坤贤黄飞飞; 关键词：系统发育系统发育树系统发育基因组学

茎瘤芥根和茎组织转录组比较分析被引量：3: 2013年; 茎瘤芥是十字花科芸薹属植物的变种.本研究在前期的转录组测序和数字基因表达谱(DGE)测序的基础上进一步对榨菜的根组织进行了测序和分析.通过高通量RNA-Seq测序我们获得了高质量的数字基因表达谱数据超过一千万条,其中有约71%能比对到参考基因序列上.我们将根组织的数字基因表达谱数据与榨菜瘤茎膨大过程中的3个时期的数字基因表达谱数据进行了比较,获得了共有的(3组差异表达基因的交集)差异表达基因共3594个,对这些差异表达基因的表达趋势可以分为8个簇.同时对这些差异基因进行代谢途径的功能注释,发现这些差异表达基因除了在光合作用相关的途径外,主要分布在细胞壁的合成、降解以及二级代谢如类黄酮代谢等途径方面.通过对榨菜根组织的转录组测序,我们筛选得到了部分榨菜根与茎的差异表达基因,这些基因可能与榨菜的瘤茎膨大有关.; 孙全蔡应繁何晓红曾鑫江怀仲王微娜; 关键词：茎瘤芥转录组测序差异表达分析

茎瘤芥BjMYB1两个转录本的克隆与遗传转化研究被引量：1: 2016年; 本研究根据茎瘤芥转录组测序筛选获得了一个MYB基因片段.通过RACE的方法,克隆得到了两条长度分别为975bp和864bp的全长序列,分析发现可能为茎瘤芥MYB基因的两种不同选择性拼接形式,并命名为BjMYB1-3和BjMYB1-4.对BjMYB1-3和BjMYB1-4做组织表达分析,发现这两个转录本在茎中特异表达.针对BjMYB1-3和BjMYB1-4的亚细胞定位分析,显示BjMYB1-4定位于细胞核,BjMYB1-3部分定位于细胞核.构建BjMYB1-3和BjMYB1-4的超表达载体转化拟南芥,结果显示相比于野生型拟南芥,BjMYB1-3超表达转基因株系生长状态更好,而BjMYB1-4超表达转基因株系没什么明显变化,说明BjMYB1-3在植株的生长发育过程中起着一定作用.; 王微娜孙全江怀仲杨璨何晓红牟军蔡应繁; 关键词：茎瘤芥 MYB转录因子亚细胞定位

茎瘤芥AP2／EREBP转录因子基因BjABR1的克隆和表达分析被引量：1: 2014年; 以茎瘤芥(Brassica juncea var.tumida Tsen et Lee)‘永安’为材料,通过RACE和RT-PCR技术得到1个AP2/EREBP转录因子基因的cDNA全长序列和基因组DNA(gDNA)序列,该基因与拟南芥AtABR1基因的氨基酸序列相似性高达72%,因此命名为BjABR1(GenBank登录号:JQ713825.1)。BjABR1基因gDNA序列含1个内含子;cDNA序列全长1 514 bp,含有1个1 146 bp的开放阅读框(ORF),编码381个氨基酸;其推定编码的蛋白分子量为41.674 kD,等电点为9.11,具有14个磷酸化位点,含1个典型的AP2 DNA结合域和1个CMX-1基序。洋葱表皮细胞的瞬时表达显示,BjABR1蛋白定位于细胞核。荧光定量PCR分析结果表明,该基因在茎瘤芥不同发育时期的根、茎、叶中均有表达,但在根中表达量极高;在对茎瘤芥组培幼苗进行高盐、渗透压和低温3种非生物胁迫处理后发现,3种胁迫均能诱导该基因表达,但其对高盐的响应更为迅速。; 向浏欣夏玉先蔡应繁付于银王小艳刘吉军; 关键词：茎瘤芥基因克隆转录因子

黄连基因组勘测与分析被引量：1: 2014年; 本研究基于下一代测序技术,对黄连基因组进行了勘测,构建了两个插入片段大小分别为200bp和500bp的文库,进行了深度约30X的测序。通过测序获得了54Gb的原始数据,过滤后得到44.8G数据。通过SOAP de nove软件组装后初步获得了contig和Scaffold序列,进一步分析结果显示其基因组大小为1,116Mb左右,大约具有1.1%的杂合度,说明要完成该物种的全基因测序可能在使用鸟枪法的同时,还应该联合BAC文库测序等多种方法.对这些数据进行了初步的组装,获得了130,381条scaffold序列.; 孙全何晓红牟军蔡应繁; 关键词：黄连基因组测序

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国家自然科学基金(31071461)