湖南省科技计划项目(2012NK3065)
- 作品数：3 被引量：17H指数：2
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- 油茶甘油二酯激酶基因(CoDGK3)的克隆与表达分析
- 2014年
- 以油茶转录组数据为基础,采用RT-PCR和RACE技术,根据Unigene序列设计油茶甘油二酯激酶基因(Co DGK)RACE引物,分离克隆了DGK基因全长c DNA序列,命名为Co DGK3(Gene Bank登录号:KM068056),基因全长1 568 bp,开放阅读框1 455 bp,编码485个氨基酸;氨基酸同源比对及序列分析表明油茶与其它物种的DGK氨基酸序列具有较高的相似性,其中与麻风树和毛果杨相似性最高,达到78%;利用生物学软件对蛋白质进行生物信息学分析,获得其结构特点及理化性质;分析转录组数据中DGK相关的Unigene序列RTKM值和对Co DGK3基因实施实时荧光定量PCR,结果表明Co DGK3在油茶种子发育各时期表达量变化差异不大,并且发现转录组数据分析和实时荧光定量分析的结果变化规律一致,证明了转录组测序的有效性。
- 江南张维利李捷宇刘奇龙刘敏
- 关键词：油茶克隆生物信息学分析基因表达
- 基于RNA-Seq的油茶种子油脂合成过程磷脂酰肌醇信号系统的基因分析被引量：4
- 2014年
- 磷脂酰肌醇信号系统在植物的种子萌发、生长发育、繁殖、衰老及对环境因素的应激反应中具有重要的作用。在构建油茶种子转录组数据库,以及油茶种子果实膨大期和油脂合成高峰期的表达谱数据库的基础上,对油茶种子磷脂酰肌醇信号系统的相关基因进行了分析。转录组数据分析结果表明,油茶种子磷脂酰肌醇信号系统非冗余基因Unigene序列共212条,包含PIK、PIPK、PIS、DGK、PLC等12种关键基因;表达谱数据分析显示,油茶种子果实膨大期和油脂合成高峰期调控磷脂酰肌醇信号系统的关键基因具有不同的表达模式。克隆、调控这些关键基因将有利于研究油茶种子发育过程中磷脂酰肌醇信号途径与其他信号途径的相互作用,为提高油脂含量、培育高品质油脂的油茶育种提供依据。
- 江南谭晓风张琳
- 关键词：油茶磷脂酰肌醇表达谱
- 基于RNA-Seq的油茶种子α-亚麻酸代谢途径及相关基因分析被引量：15
- 2014年
- 以油茶果实膨大期和油脂合成高峰期的种子为材料,进行转录组测序和表达谱数据库构建,并对油茶种子α-亚麻酸代谢途径相关基因进行分析。转录组测序获得油茶种子α-亚麻酸代谢非冗余基因Unigenes序列共112条,与α-亚麻酸代谢密切相关的不饱和脂肪酸合成途径非冗余基因Unigenes序列94条,包含12种调控α-亚麻酸代谢主要酶基因。表达谱数据分析显示,果实膨大期和油脂合成高峰期的α-亚麻酸合成代谢途径相关基因具有不同的表达模式,参与油茶种子α-亚麻酸的合成及形成多种不饱和脂肪酸的物质转化。采用实时荧光定量PCR方法验证油茶种子LOX,AOS,ACOX,AOC,OPR,AACT,PLA2,HPL,DOX,MFP,FAD2,FAD3等关键基因在油茶种子油脂合成不同时期的相对表达量,结果表明各基因表达规律与表达谱数据分析结果一致。克隆、调控这些相关基因将会为提高α-亚麻酸含量的油茶育种提供依据。
- 江南谭晓风张琳曾艳玲
- 关键词：油茶表达谱
