国家自然科学基金(30900780)
- 作品数：2 被引量：20H指数：2
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- 烟草主栽品种的SSR指纹图谱的构建及其应用被引量：13
- 2013年
- 普通烟草（Nicotiar tatabacum L）主栽品种的遗传背景狭窄，形态学上相似程度高，迫切需要从分子水平上鉴定。本研究利用已知烟草序列，设计成烟草SSR标记库，从62对候选引物中筛选出21对多态性高、稳定性好的引物作为核心引物，构建9份烟草主栽品种DNA指纹图谱；共扩增出125个基因位点；每对引物扩增到等位基因位点2～12个，平均6个。遗传聚类结果显示，各个品种之间遗传相似系数变化范围为0．507-0．916，平均值为0．726，同一来源育成的品种聚在一类，说明它们的遗传关系较近。引物鉴别能力PIC值的变化范围0．37-0．86，平均值为0．67，其中9对引物在5个品种中具有特征带型。最少采用4对引物进行组合鉴定即可将9个烟草品种完全区分开，这些标记在烟草品种纯度鉴定中，具有很好的应用前景。
- 黄莉莎曹恒春王毅高强于元杰王玉军杨龙
- 关键词：烟草主栽品种SSRDNA指纹图谱
- 可可全基因组SSR标记的开发及分析被引量：7
- 2013年
- SSR标记是一种广泛应用的分子标记技术,在可可基因组的研究中发挥了重要的作用。本研究运用生物信息学的方法,对可可全基因组进行了扫描,共得到10,4653个SSR区段。对这些SSR区段进行分析,发现含有碱基数目不同的重复单元之间具有较大的差异:含有七核苷酸的重复单元最多,为70,414个,占所有重复单元总数的67.3%;其次为二核苷酸重复单元,为23,272个,占总数的22.2%。在各类SSR单元中,不同核苷酸重复单元出现的频率有明显的差异,其中富含A/T重复单元的SSR单元数目最多,占总数的67%;而C/G重复单元的SSR单元数目较少,约占总数的0.02%。利用SSR单元的位点信息,设计出了65,861对引物,并在可可基因组中进行了电子PCR扩增验证,结果显示100%的引物均能扩增出产物条带。在可可基因组中大规模开发的SSR标记,将为可可的进化、分类和遗传多样性研究提供参考。
- 曹恒春王毅黄莉莎王玉军于元杰杨龙
- 关键词：基因组SSR标记
