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排序方式：

贝壳砂改良土壤中反硝化细菌的分析被引量：12: 2014年; 【目的】通过对一处经过长期使用贝壳砂进行改良的土壤中的反硝化细菌的多样性和细菌分离分析,研究该土壤中反硝化细菌的组成特征。【方法】采用454焦磷酸测序的方法分析了土壤样品中微生物群落的组成,选用Giltay培养基培养、鉴定从土壤中挑选的分离物的反硝化能力,并对具有反硝化能力的微生物进行了16S rRNA基因鉴定。【结果】该土壤样品中占据优势地位的为Proteobacteria、Acidobacteria、Bacteroidetes、Chloroflexi等门的微生物,属的水平上则有近70%尚未确立分类地位。所分离的细菌中,共得到12株厌氧条件下具有较高硝酸盐去除效率的微生物,分属Pseudomonas、Aeromonas、Serratia和Acinetobacter,均为γ变形菌纲的微生物。【结论】该土壤中具有较高的微生物多样性,包括很多未知类型的微生物和众多类型的反硝化细菌;分离到了11株具有反硝化能力的菌株,可用于该土壤的反硝化过程的进一步研究。; 张小远肖瑶田浩王芸刘彬彬Asa Frostegard赵立平张晓君; 关键词：土壤反硝化高通量测序群落

高通量测序法对7种发酵豆腐细菌组成的比较研究被引量：3: 2015年; 目的研究不同发酵豆腐的细菌菌群组成,了解此类产品的食品安全风险。方法从市场收集4个省份生产的7个品牌的发酵豆腐样品,并从中提取DNA,对16S rRNA基因的V3区进行PCR扩增,通过高通量测序和序列分析了解样品的细菌组成特征。结果各样品获得序列数平均为4 307条。序列分析结果表明7种样品中厚壁菌门、变形菌门、拟杆菌门和梭杆菌门约占全部细菌的97.4%;各样品在门水平上为4~13类,在属水平上,样品的菌群组成复杂,大多数样品的细菌菌属都在10类以上,并发现样品的菌群组成与地域性和制作工艺密切相关;另外,部分样品检出较高丰度的克雷伯菌属、沙门菌属、克罗诺杆菌属等致病菌,及弧菌属、肠杆菌属和变形杆菌属等潜在有害菌属。结论产地和工艺对豆腐中的细菌具有明显的影响,现有发酵豆腐的生产模式造成产品病原菌的过度繁殖,产品存在食品安全风险。; 金林毅黄飞田浩王芸张晓君; 关键词：食源性致病菌食品安全

16S rRNA基因两个可变区对反映肠道菌群多样性与物种鉴定能力的比较分析被引量：2: 2013年; 目的目前基于新一代测序技术开展的人类肠道元基因组学研究已成为微生物学乃至整个生物学中最活跃和最有潜力的学科方向。现阶段绝大部分以肠道菌群为靶标的研究主要基于16S rRNA基因可变区测序。本研究关注的是测序技术发展使得序列的读长能力延长后,选择16S rRNA基因V1-V3区与V3-V5区进行测序所反映的多样性与物种组成信息的异同点。方法以两个真实的16S rRNA基因全长Sanger测序数据为基础,对其中的V1-V3和V3-V5两种片段进行了模拟数据的分析,将它们分别与16S rRNA基因的全长片段在OTU多样性水平和物种组成信息方面进行比较。结果结果显示V1-V3区在OTU多样性上较V3-V5区更为接近全长序列;在物种组成表现上,两个可变区鉴定出的大部分的属的丰度与全长序列分析结果一致,但是各自有少数属的丰度结果与全长序列丰度结果存在差异。结论在多样性分析上,选择V1-V3区片段能得到与全长更为接近的结果;而具体到菌种的组成分析中,V1-V3区和V3-V5区都有其局限性。; 王国洋王景赵立平张晓君张梦晖; 关键词：RRNA基因

高通量测序探究啮食聚苯乙烯泡沫塑料黄粉虫的肠道菌群结构被引量：25: 2017年; 【目的】塑料废物处理是世界环境难题,近期有研究报道黄粉虫可啮食聚苯乙烯泡沫塑料,肠道细菌可能在黄粉虫生物降解塑料的过程中起重要作用。本文以啮食聚苯乙烯泡沫塑料的黄粉虫幼虫(Tenebrio molitor)为材料,探究其肠道细菌的多样性和细菌群落组成。【方法】分别以聚苯乙烯泡沫塑料(聚苯乙烯组)和纸片(对照组)为唯一食物来源喂养黄粉虫幼虫,在90 d后采集粪便样品,对16S r RNA基因V3-V4区进行PCR扩增和高通量测序,并以PICRUSt进行肠道菌群的功能预测。【结果】饲喂期间,两组黄粉虫均正常存活,部分幼虫完成变态发育。泡沫塑料有明显的减重。样本测序共得到144 258条有效序列,179个OTU,共涉及10个门111个属。其中,聚苯乙烯组黄粉虫的肠道细菌在属水平高丰度的是Alcaligenes(35.9%)、Brevundimonas(12.3%)、Myroides(10.3%)。基于16S r RNA基因序列的功能预测表明,在聚苯乙烯组中,芳香类化合物的降解基因被明显富集。【结论】高通量测序揭示了啮食聚苯乙烯泡沫塑料的黄粉虫肠道菌群的多样性,这对从黄粉虫肠道中分离高效降解聚苯乙烯的细菌具有指导意义。; 陈冠舟张白鹭纪梦梦吴晓刚周君仪陈家楠王芸田浩张晓君; 关键词：聚苯乙烯黄粉虫生物降解

难降解污染物喹啉微生物降解的国内研究进展被引量：10: 2014年; 喹啉是一种难降解污染物,近年来,随着工业废水的增加对环境的负面影响已日益受到重视。从20世纪末开始,我国科研工作者对微生物降解喹啉开展了一系列研究,分离获得一批可在有氧条件下分解喹啉的细菌和真菌菌株,并进行了一些基础与应用研究。但国内外对喹啉在缺氧/无氧条件下分解的研究相对较少。本文对国内喹啉降解领域的工作进行了回顾与展望。; 张晓君谢珍马晓军; 关键词：喹啉微生物降解分离菌群落反硝化

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