目的分析HBV基因型及基因变异与原发性肝癌(PHC)发病的关系。方法采用基因型特异引物PCR法测定HBV基因型,限制性酶切片段长度多态性检测基因亚型;直接测序法检测HBV DNA 1653、1762/1764及1896位点的变异情况;统计比较多个因素在慢性乙型肝炎(CHB)和PHC患者中的异同,并进行危险因素分析。结果与CHB组比较,PHC组患者年龄较大,HBeAg阴性更常见,而ALT水平和HBV DNA载量较低(P<0.05)。CHB组HBV的基因型B型与C型相当,而PHC组绝大多数为C型(P<0.01);两组基因型C型的亚型多为Ce亚型。两组病毒G1896A变异无差异,而PHC组C1653T、A1762G/T1764A变异出现的几率较高(P<0.05)。Logistic回归分析表明只有基因C型和高龄为PHC的独立危险因素。结论 HBV基因型C型为HBV相关PHC发病的独立危险因素;C1653T、A1762G/T1764A变异与PHC有一定相关,但非独立危险因素。