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云南江城和黑井盐矿沉积物未培养放线菌多样性比较被引量：16: 2008年; 类群特异性引物的应用使得研究者可以对感兴趣的微生物类群进行针对性研究。围绕云南江城和黑井两个地区的3个盐矿样点沉积物中放线菌的多样性和群落组成,我们通过放线菌特异性引物对总DNA进行16SrRNA基因扩增,经过克隆文库构建,利用酶切并选择其中不同带型的133个克隆的16SrRNA基因插入片段进行测序。系统发育分析和统计学结果表明,两地放线菌16SrRNA基因克隆广泛分布于整个放线菌门,同时发现部分序列可能属于放线菌的新类群。分析结果还预示,江城和黑井两地盐矿虽处云南不同地域含盐区,但两地未培养放线菌物种多样性和系统发育关系均较为相似。; 吴晋元职晓阳李岩关统伟唐蜀昆徐丽华李文均; 关键词：盐矿极端环境放线菌多样性

涅斯捷连科氏菌特异性引物PCR分子鉴定(英文)被引量：1: 2008年; 涅斯捷连科氏菌属的建立基于对 Micrococcus halobius 的再分类,这是一类广泛分布于高盐土壤环境的革兰氏阳性细菌,属放线菌类。在对我国西部盐湖环境放线菌的生物多样性及分类学研究中,大量类似菌株被分离。【目的】为了对其进行快速鉴定,特别是筛选出属于优势类群的涅斯捷连科氏菌,【方法】本研究根据前人以报道的方法设计了一对针对其16S rRNA 基因的特异性PCR 引物(Nes1/Nes2),【结果】并通过部分典型菌和野生菌株的PCR实验验证,结合16S rRNA基因的测序验证,证明了Nes1/Nes2 的 PCR 反应有效性及其对涅斯捷连科氏菌的特异性。【结论】利用该引物可以快速准确的对涅斯捷连科氏菌进行鉴定。; 职晓阳杨玲玲王芸唐蜀昆娄恺李文均; 关键词：分子鉴定

Engineering of a genome-reduced host: practical application of synthetic biology in the overproduction of desired secondary metabolites被引量：5: 2010年; Synthetic biology aims to design and build new biological systems with desirable properties,providing the foundation for the biosynthesis of secondary metabolites.The most prominent representation of synthetic biology has been used in microbial engineering by recombinant DNA technology.However,there are advantages of using a deleted host,and therefore an increasing number of biotechnology studies follow similar strategies to dissect cellular networks and construct genomereduced microbes.This review will give an overview of the strategies used for constructing and engineering reduced-genome factories by synthetic biology to improve production of secondary metabolites.; Hong GaoYing ZhuoElizabeth AshforthLixin Zhang

PCR-SSCP技术在嗜盐放线菌链单孢菌属快速筛选中的应用被引量：2: 2008年; 为提高嗜盐放线菌的研究效率,快速、准确的从大量分离菌株中去除重复菌株、筛选出目的菌株,在特异性引物快速定属的基础上,以嗜盐放线菌链单孢菌属的34株菌株为研究对象,采用与PCR相结合的单链构象多态性分析(PCR-SSCP),扩增出16SrRNA基因中的两个高变区,根据结果对34株菌株进行聚类分析,并将其16SrRNA基因片段测序予以验证。结果表明,聚类后34株菌株可大致分为3类,且与16SrRNA基因片段分析结果一致。从而可快速去除重复菌株并反映出菌株间的系统进化关系。同时实验数据可构建成库,使后续分离菌株的筛选工作只需比对数据即可完成,利于提高工作效率,降低实验成本。; 蔡曼职晓阳吴晋元唐蜀昆李文均; 关键词：PCR-SSCP

Large numbersLarge numbers of new bacterial taxa found by Yunnan Institute of Microbiology被引量：5: 2011年; Extreme environments, primeval forest, sea sediments and plants in China yielded members of a new suborder, Jiangellineae, a new family Sinobacteraceae, and 23 new genera of actinomycetes and other bacteria. Three suggestions were made for further discoveries of new actinomycetes. First, natural habitats such as old growth forests, and extreme environments, should be given sampling priority; second, culturing procedures need to be constantly improved to mimic natural habitats; third, less than 98.5% similarity of 16S rRNA sequence to that of a known species could be used as an indicator of a new species.; JIANG YiCAO YanRuZHAO LiXingTANG ShuKunWANG YunLI WenJunXU PingLOU KaiMAO PeiHongXU LiHua; 关键词：RRNA基因序列海洋沉积物自然栖息地

新疆塔里木盆地可培养嗜盐放线菌系统发育多样性被引量：22: 2008年; 应用纯培养手段和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析,对从塔里木盆地高盐环境土壤样品中分离的18株可培养嗜盐放线菌多样性进行了研究。实验结果表明,18株嗜盐放线菌可归为3个科(Glycomycetaceae、Pseudonocardineae和Nocardiopsaceae),在有效发表的5个属的嗜盐放线菌中有4个属的嗜盐放线菌被分离到。多数菌株属于Actinopolyspora属(38.9%)、Nocardiopsis属(27.8%)和Streptomonospora属(22.2%),是塔里木盆地高盐环境中嗜盐放线菌的优势类群。这些分离菌株中,菌株YIM 92370与最近种的相似性为92%,在Glycomycetaceae科内形成一个独立的分支,极有可能代表Glycomycetaceae科的一个新属。研究结果表明塔里木盆地高盐环境中存在有较为丰富的嗜盐放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源。; 关统伟吴晋元唐蜀昆徐丽华李文均张利莉; 关键词：嗜盐放线菌 RRNA 系统发育分析塔里木盆地

硝尔库勒湖沉积物中非培养放线菌多样性被引量：23: 2008年; 【目的】认识和了解盐湖沉积环境中放线菌的多样性,为今后的开发和利用奠定基础。【方法】应用免培养技术和基于16S rRNA基因序列的系统发育分析对新疆硝尔库勒盐湖沉积物中放线菌的多样性进行了研究。实验采用SDS-CTAB法提取土样中总DNA,利用放线菌特异性引物对土样总DNA进行16S rRNA基因扩增,并构建16S rRNA基因克隆文库;对随机挑选的160个克隆通过酶切筛选出51个不同图谱的重组克隆,并对其测序。【结果】所获得的51个克隆序列属于39个OTUs,其中52.9%的克隆序列分布于放线菌门(phylum Actinobacteria)放线菌亚(Actinobacteridae)的5个亚目和酸微菌亚纲(Acidimicrobidae)中,并且在这两个亚纲中有大量克隆序列属于放线菌的新类群,另外47.1%的克隆序列以极高的自展值在放线菌门内支持形成一个独立的大分支,极有可能代表一个新亚目或更高级分类单元的类群。【结论】这些研究结果说明硝尔库勒盐湖中存在有较为丰富的放线菌系统发育多样性,并且潜藏着新类型的放线菌资源。; 关统伟吴晋元职晓阳唐蜀昆徐丽华李文均张利莉; 关键词：系统发育放线菌多样性

拟诺卡氏菌16S rRNA,gyrB,sod和rpoB基因的系统发育分析被引量：15: 2007年; 为了更好地了解拟诺卡氏菌属(Nocardiopsis)各物种间的系统发育关系,该属现有有效描述种的gyrB,sod和rpoB基因的部分序列被测定,结合16S rRNA基因,对拟诺卡氏菌属进行了系统发育重建。研究发现拟诺卡氏菌属gyrB,sod和rpoB基因的平均相似性分别为87.7%、87.3%和94.1%,而16S rRNA基因的平均相似性则达到96.65%,3个看家基因均比16S rRNA具有更高的分歧度。比较基于不同基因的系统树发现,由gyrB基因得到的系统树拓扑结构与16S rRNA得到的结构在亚群上基本一致。因此,gyrB基因在拟诺卡氏菌属的系统分类上比16S rRNA基因更具优越性。; 杨玲玲职晓阳李文均; 关键词：系统发育分析 RRNA基因

大香格里拉土壤放线菌组成分析及生物活性测定被引量：10: 2009年; 【目的】探究大香格里拉地区的土壤放线菌组成及其抑菌和酶活性,为放线菌新药物先导化合物和高活性酶的筛选提供资源。【方法】从大香格里拉地区不同海拔高度采集220份土样,用4种培养基,分别进行了常温放线菌和低温放线菌的分离。从常温放线菌中选择25株代表菌株进行了初步分类鉴定。采用琼脂扩散法,检测了其对4株细菌和7株农作物致病真菌的抑菌活性;利用特异性引物扩增法,筛选了其聚酮合酶(PKSⅠ、PKSⅡ)基因、非核糖体多肽合成酶(NRPS)基因和多烯类化合物合成酶(CYP)基因。同时,检测了低温菌的多种酶活性。【结果】25株常温代表菌的系统发育分析显示它们分属于放线菌目的6个亚目、12个科、15个属。其中14株菌的NRPS及11株的CYP基因筛选呈阳性。低温条件下分离到的111株放线菌,88%属于耐冷菌,12%是嗜冷菌,它们中的大部分能利用明胶、纤维素,甲壳素等。【结论】研究结果显示,大香格里拉森林土壤蕴涵着种类和活性丰富的放线菌,为放线菌资源的开发利用和保护提供了新依据。; 曹艳茹姜怡徐丽华; 关键词：生物活性

腾冲两热泉泉古菌多样性及系统发育的初步分析被引量：10: 2008年; 通过构建16SrRNA基因片段的克隆文库对腾冲热海两温泉中泉古菌的多样性和系统发育关系进行了初步的研究。一共得到18个泉古菌克隆序列,可分为12个OTUs,两温泉的克隆序列与已知GenBank上关系最近序列的平均相似性较低,无名泉为92.56%,热爆区为93%。从基于16SrRNA基因片段序列构建的系统发育树来看,74℃的无名泉样点中既有属于超高温环境类群的泉古菌,同时又有属于和常温环境较接近的泉古菌;45℃的热爆区样点的泉古菌,相对来说则更接近于常温类群。本次研究表明,腾冲热泉与世界其它同类热泉之间的泉古菌类群存在着一定的差异;而且两实验样点代表了超高温和高温环境泉古菌逐渐向常温过度的两个重要环境。; 宋兆齐陈经全职晓阳黄志勇张传伦李文均; 关键词：系统发育 RRNA基因克隆文库热泉

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