国家自然科学基金(30971992)
- 作品数：5 被引量：33H指数：2
- 相关作者：钟广炎钟云姜波吴波曾继吾更多>>
- 相关机构：广东省农业科学院西南大学中国农业科学院柑桔研究所更多>>
- 发文基金：国家自然科学基金国家重点基础研究发展计划长江学者和创新团队发展计划更多>>
- 相关领域：农业科学更多>>
- 宽皮柑橘单核苷酸多态性的高分辨率熔解曲线分型被引量：16
- 2012年
- 高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting analysis,HRM)可以检测单碱基改变引起的DNA双链熔解温度(Tm)值变化,从而可以对样本在单核苷酸多态性分子标记(Single nucleotide polymor-phism,SNP)上进行基因分型。通过分析NCBI数据库中宽皮柑橘的表达序列标签(Expressed sequence tag,EST)数据鉴别SNP位点,并用小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型技术(High resolution melting analysis of small amplicons)分析11个宽皮柑橘(Citrus reticulata)品种以及柳橙(Citrus sinensis Osbeck var.‘Liucheng’)的5个SNP位点的基因型。结果显示,小片段扩增法高分辨率熔解曲线分型可以快速、清楚地分辨纯合与杂合基因型,在校正温度差异后也可以很好地分辨同一个SNP位点不同的纯合型。统计分析表明样本在所有SNP位点上均存在多态性,5个SNP位点的平均多态性信息含量(PIC)为0.3190,显示样本在这组SNP位点上具有较高的杂合率。
- 吴波杨润婷朱世平钟云姜波曾继吾钟广炎
- 关键词：宽皮柑橘高分辨率熔解曲线单核苷酸多态性基因分型
- 不对称PCR的引物浓度优化及在柑橘基因型分析上的应用
- 2016年
- 对柑橘不对称PCR的引物比例浓度进行优化筛选,并以不同柑橘品种的基因组片段为模板验证不对称PCR在柑橘品种基因型分析中的可行性。结果表明,不对称PCR双侧的引物最佳浓度因引物不同而不同,当浓度为10∶1时均能达到理想效果,可见不对称PCR可以用于柑橘基因型分析。
- 魏召新朱世平阳佳位闫树堂洪林
- 关键词：单链构象多态性柑橘基因型分析
- 两种SNP分型方法的比较及其在柚品种鉴定中的应用被引量：20
- 2013年
- 用两种常用的 SNP 分型方法,等位基因特异性 PCR 法(Allele-specific PCR,AS-PCR)和高分辨率熔解曲线分析(High resolution melting analysis,HRMA),对 16 个柚栽培品种和 8 个柚杂种后代材料进行了 7 个 SNP 位点的分型研究。结果表明这两种方法所得的分型结果相同,都将 24 个样本分成了 22 种基因型。值得一提的是,样本‘八朔’与‘红八朔’,‘红甘夏’与‘川野夏橙’之间在所测位点无差别,表明其应当是同一来源的无性系变异。‘早熟真龙柚’和‘中熟真龙柚’的分型结果表明它们的基因型不同,看来并非是起源同一基因型的不同芽变品种,也不存在亲子关系。可见,AS-PCR 和 HRMA均适用于柚类品种的区分和鉴定。AS-PCR 法是一种准确、低成本的 SNP 分型方法,适合普通实验室使用,惟对 PCR 反应体系要求严格。HRMA 分型法具有准确、快速、简便、分析量大的特点,但需要专门的设备,试剂成本也高。
- 杨润婷吴波李翀曾培曾继吾钟云姜波周碧容钟广炎
- 关键词：单核苷酸多态性高分辨率熔解曲线分析基因分型
- 单核苷酸多态性的发掘、鉴定及其在果树上应用的研究进展被引量：1
- 2010年
- 单核苷酸多态性(SNP)作为第三代遗传标记,已在主要模式植物和作物中大规模开发研究。在果树中,SNP研究起步相对较晚,但进展不小。对以果树为主的SNP鉴定、开发状况,SNP在遗传多样性分析、系统进化分析、分子标记与遗传作图、基因定位及功能研究中的最新进展进行了综述。展望了SNP研究在果树上的利用前景。
- 魏召新张凌云曾培李翀钟广炎
- 关键词：单核苷酸多态性分子标记果树遗传育种
- 野生‘龙门香橙’的植物学特征观察及起源研究被引量：1
- 2014年
- 【目的】广东省龙门县境内南昆山主峰天堂顶海拔1 000 m处有当地称之为‘龙门香橙’的野生柑橘,论文拟从形态学和DNA分子证据上探讨其与已知柑橘资源的异同,为合理利用该资源奠定基础。【方法】实地调查‘龙门香橙’的生长环境,观察记录叶、花、果实的形态特征。分析果实的可溶性固形物、糖、酸和抗坏血酸含量。在电子显微镜下观察花粉的显微特征。对比分析包括‘龙门香橙’在内的24个柑橘资源的AFLP图谱以及10个资源的8个SNP位点的基因型。克隆、测序分析‘龙门香橙’的β-胡萝卜素羟化酶(β-carotene hydroxylase,CHX)基因的2个等位基因,并与其他柑橘材料的CHX基因序列进行比对。【结果】生境调查结果表明‘龙门香橙’非人工种植,是真正的野生柑橘。其果实、种子的形状和单胚等特征与柚类相似,但果实与柚相比明显偏小、出汁率与可食率很低、味苦等性状提示其比较原始。叶片形状、线形翼叶、花丝联合等特征类似宽皮柑橘类,比较进化;但花丝和新叶染有紫红色等性状则比较原始。基于AFLP图谱的聚类分析显示其不与其他研究材料聚类,但介乎橘柚之间。8个SNP分子标记分析结果显示,‘龙门香橙’的3个SNP位点为宽皮柑橘纯合基因型,1个位点为橘柚杂合基因型,其余4个位点为柚子纯合基因型,这种基因型组合不同于其他任何所分析的材料。‘龙门香橙’的CHX基因的核苷酸序列显示其2个等位基因间相互差异较小,且含有其他已知柑橘CHX基因上未发现的SNP。CHX基因序列进化分析结果表明其与其他柑橘的遗传距离较远、差异似达种间水平。【结论】‘龙门香橙’是一个真正的野生柑橘资源。其形态性状兼具原始与进化特征。在DNA分子水平上,‘龙门香橙’与已知柑橘不同,甚为独特。
- 曾继吾姜波吴波钟云程春振母红娜甘廉生彭成绩钟广炎易干军
- 关键词：野生资源
