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国家高技术研究发展计划(2006AA020704): 作品数：16 被引量：104H指数：5; 相关作者：肖华胜张庆华宋凯武雪梅郜恒骏更多>>; 相关机构：国家工程研究中心同济大学附属同济医院中国科学院上海生命科学研究院更多>>; 发文基金：国家高技术研究发展计划上海市科学技术委员会资助项目上海市卫生系统百名跨世纪优秀学科带头人培养计划更多>>; 相关领域：医药卫生生物学更多>>

miRNA与肿瘤细胞耐药的关系被引量：5: 2009年; 化学药物治疗(简称化疗)是目前治疗恶性肿瘤的主要手段之一,但化学治疗同时受到原发性耐药和获得性耐药的制约.细胞学上的耐药机制包括药物外排泵,如P-糖蛋白和多药耐药相关蛋白的过表达、药物靶点的突变、细胞修复系统的增强及细胞凋亡的减弱等.这些途径中的关键基因在遗传学水平及表观遗传水平的变异可以导致肿瘤细胞耐药现象的发生.其中,miRNA是这些关键基因的调节方式之一.miRNA参与生命过程中一系列的重要过程,包括动物的生长发育、组织分化和疾病的发生发展等,也参与调节肿瘤细胞对化疗药物的敏感性.本文简要综述了miRNA与肿瘤细胞耐药性的相关进展.; 武雪梅肖华胜; 关键词：肿瘤耐药 MIRNA

DNA序列分析对慢性萎缩性胃炎细胞因子基因多态性分布的研究被引量：2: 2009年; 目的:应用DNA测序方法精确分析几种胃癌易感性相关细胞因子基因单核苷酸多态性(single nucleotide polym orphisms,SNPs)在慢性萎缩性胃炎患者中的分布情况。方法:选择胃癌易感性相关基因SNPs位点,白细胞介素(IL)-1B、干扰素-γ(IFN-γ)、脂磷壁酸(LTA)、IL-8、IL-10、肿瘤坏死因子-α(TNF-α)及巨噬细胞移动抑制因子7个基因上12个SNPs位点,设计、筛选引物。对49例慢性萎缩性胃炎患者的全血DNA,选定引物、PCR扩增,产物纯化后进行Sanger法测序检测IL-1B-31/-511位点SNPs,其中20例患者同样方法检测其余10个SNPs位点序列。结果:IL-1B-31/-511位点各等位基因的频率分别为54.1%、45.9%,各基因型百分率均为30.6%、46.9%、22.4%;其中20例患者其他10个位点各等位基因的平均频率分别为(65.3±26.0)%、(34.8±26.0)%,各基因型平均百分率分别为(49.5±33.0)%、(31.5±18.9)%、(19.0±20.9)%。结论:慢性萎缩性胃炎患者中携有多个胃癌易感性相关细胞因子基因SNPs,为进一步较为全面地研究胃癌易感性基因SNPs在胃癌发生中的分子机制提供基础。; 王韶英吴彩云万源潘峰申媛媛盛海辉陈锡美郜恒骏; 关键词：萎缩性多态性单核苷酸易感性

一种新的基于单碱基延伸的SNP芯片技术被引量：7: 2009年; 单核苷酸多态性(Single nucleotide polymorphism,SNP)是人类基因组中最常见的一种变异,与疾病易感性、药物代谢等有着密切的关系。已经建立了多种SNP检测技术并得到了应用。单碱基延伸(Single base extension,SBE)是常用的SNP分型技术之一。文章建立了SBE结合Zip-code芯片技术对SNP进行分型,为个体化用药及临床诊断芯片的研究与开发提供技术和方法。; 董园园盛海辉杨茜曾娴婷武雪梅张春秀陈光肖华胜; 关键词：单核苷酸多态性基因芯片基因分型

直接标记的抗体芯片筛选血清疾病候选标志物的研究被引量：3: 2010年; 目的应用血清样品直接标记和抗体芯片方法进行抗原和疾病标志物的筛选。方法分别取正常、糖尿病和甲亢患者的血清,采用FMB的ASB600抗体芯片的样品及相关的标记试剂盒,对3μl血清样本进行直接生物素标记。抗体芯片孵育后,用链霉亲合素标记的Cy3荧光显色芯片,经扫描仪检测杂交信号,分析比较芯片内、芯片之间的信号结果重复性,初步筛选疾病样本中与正常样本有差别的蛋白标志物。结果芯片内的两点重复性相关系数R2达到0.95～0.99,芯片重复实验间的相关系数R2达到0.98。对不同样本间的芯片信号进行比较,可以发现与疾病相关的新蛋白分子。结论本研究中使用的ASB600抗体芯片和直接标记荧光检测的实验方法可用于疾病相关的血清分子标志物的识别与寻找。; 杨蔺范列英马红霞宋凯张庆华; 关键词：抗体芯片疾病标志物血清

微孔板蛋白质芯片技术应用于单克隆抗体分型研究被引量：5: 2007年; 设计与构建了可用于单克隆抗体分型鉴定的微孔板蛋白质芯片,利用该芯片进行了12株单克隆抗体和2种多克隆抗体的分型鉴定,并与ELISA方法进行了对比。结果表明,蛋白质芯片方法对单克隆抗体和多克隆抗体进行鉴定的结果,与ELISA方法进行鉴定的结果一致;与ELISA方法相比,蛋白质芯片的方法降低了试剂与样品的用量,缩短了工作时间,提高了工作效率。对于高通量的单克隆抗体制备体系,单克隆抗体分型蛋白质芯片是一种敏感、快捷的分型鉴定工具。; 宋凯周佳菁叶赛彭海林王升年肖华胜赵国屏张庆华; 关键词：蛋白质芯片单克隆抗体

基因芯片与高通量DNA测序技术前景分析被引量：56: 2008年; 基因芯片与第二代DNA测序是两种重要的高通量基因组学研究技术,对于揭示基因组的结构与功能已经并正在发挥重要的推动作用.基因芯片技术建立了10多年,技术日渐成熟,在功能基因组、系统生物学、药物基因组的研究中已经得到了广泛的应用.2003年,454公司首先建立了高通量的第二代测序技术,其他公司相继推出了Solexa和Solid测序技术.虽然第二代测序技术建立的时间不长,但发展非常快,已经应用于基因组,包括测序和表观基因组学以及功能基因组学研究的许多方面.本文简要综述了基因芯片和第二代测序技术及其应用进展,并分析了这两种高通量基因组学技术的前景.; 滕晓坤肖华胜; 关键词：基因芯片基因组

一种快速高效的全基因组甲基化CpG岛富集方法的建立被引量：1: 2008年; 高甲基化的CpG岛所致基因表观遗传学转录失活已经成为肿瘤表观基因组学研究的重要内容,但尚未建立一种能快速在全基因组水平上进行甲基化CpG岛的富集方法。利用甲基化结合蛋白MBD2b具有特异性结合甲基化DNA的特性,建立了一种基于DNA免疫共沉淀技术的全基因组甲基化CpG岛的富集方法。在大肠杆菌中表达重组的GST-MBD2b蛋白,通过Glutathione Sepharose 4B对重组蛋白进行纯化,制备成亲和层析柱,利用在不同的盐离子强度下甲基化DNA和非甲基化DNA的结合能力不同,对甲基化DNA进行富集。用甲基化酶SssI处理过的DNA片段与非甲基化DNA片段进行富条件的摸索,发现0.5mol/L KCl的浓度是甲基化DNA片段和非甲基化DNA片段得以分开的临界条件。样品的富集效率用Real Time PCR进行检测。结果表明,这种方法能够实现对全基因组甲基化DNA的有效富集且最高的富集倍数可达到100多倍。富集到的甲基化DNA可以进行后续的定量PCR,DNA测序和全基因组芯片的分析等工作,为大规模分析全基因组CpG岛甲基化的改变奠定了基础。; 周贝贝李明辉于雅晴宋娟陈光肖华胜; 关键词：CPG岛

DNA测序研究胃癌易感性相关基因多态性与CAG的关系被引量：1: 2009年; 目的研究多种胃癌易感性相关细胞因子基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)在慢性萎缩性胃炎(chronic atrophy gastritis,CAG)患者中的分布特征及两者的相关性。方法根据文献最新报道,选择胃癌易感性相关基因SNP位点:IL1-1B-311/-511、IFN-γ+874、IL-8-251、IL-10-1082/-819/-592、TNF-α-308/-857、MIF-173等6个基因上10个SNP位点。采用PCR扩增基因组DNA,直接测序法对30例CAG及30例健康对照的各SNP进行分析。结果IL-10-592位点三种基因型在CAG和健康对照组间的分布差异有统计学意义,χ2=6.83,P=0.03。其余9个SNP基因型、所有等位基因型在CAG和健康对照组间的分布差别均无统计学意义。结论CAG患者中携有多个胃癌易感性相关细胞因子基因SNP,但除IL-10-592CC基因型可能与CAG相关,其余SNP与CAG未见相关性。; 王韶英叶荣菊吴彩云万源陈锡美郜恒骏; 关键词：慢性萎缩性胃炎单核苷酸多态性易感性

肝癌细胞HepG2基因表达谱的构建与分析被引量：2: 2009年; 为从转录组水平识别HepG2与正常肝组织间的基因表达差异,寻找可能参与肝癌发生发展的重要基因,应用基因表达系列分析技术(SAGE)构建了HepG2的基因表达谱.通过DGED软件进行SAGE标签序列的注释,并与NCBI公共数据库中已有的正常肝脏数据进行比较分析,使用KEGG软件对差异表达基因进行功能分类.共发现HepG2与正常肝组织间差异表达的基因733个,其中表达上调的基因主要与MAPK信号传导通路、细胞周期、细胞粘附等相关,下调基因则主要与烟酸/烟酰胺代谢以及凝血和补体功能相关.荧光实时定量RT-PCR证实了在HepG2中表达升高的IGF2BP2和PEG3基因,在原发性肝癌中的表达亦上调(P<0.05),提示该基因可能是肝癌相关基因.; 金维荣董辉张洪义陈样宜钱震孔亚林沈艳; 关键词：基因表达谱基因表达系列分析 HEPG2

蛋白质芯片技术的发展与应用被引量：2: 2010年; 蛋白质芯片（proteinchip），狭义上可以称为蛋白质微阵列（proteinarray），是继基因芯片后发展起来的生物检测技术，是蛋白质组学研究中除了酵母双杂交、双向电泳技术、质谱技术等之外的一种重要的工具。蛋白质芯片是一种高通量的蛋白质功能分析技术，具有平行、快速、自动化的优点，; 张庆华宋凯; 关键词：蛋白质芯片芯片技术蛋白质微阵列双向电泳技术酵母双杂交

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