国家自然科学基金(21274164)
- 作品数：7 被引量：7H指数：2
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- 细胞色素c与氧化石墨烯体系的电子转移耦合矩阵元
- 2017年
- 细胞色素c吸附在氧化石墨烯表面后会发生电子转移反应,计算二者之间的电子转移耦合矩阵元对研究二者的相互作用有重要意义。通过路径通道分析方法对8个细胞色素c-氧化石墨烯体系的电子转移耦合矩阵元的计算结果表明,P8体系的电子转移耦合矩阵元最大,细胞色素c与氧化石墨烯之间的电子相互作用最强。
- 张冬冬李晓毅
- 关键词：细胞色素C氧化石墨烯
- 径向电场对纳米管中水分子通量的影响(英文)被引量：4
- 2013年
- 水分子在纳米通道中的运动对于生命活动、纳米器件的设计等都有着重要的意义.现在已经证实,在(6,6)的碳纳米管中,水分子会以单分子水链的形式协同通过碳纳米管.但是如何控制水分子的流量仍然是一个困难的课题.本文研究了在径向电场作用下,碳纳米管中水分子通量的变化趋势和碳纳米管的开关行为.发现在碳纳米管两端存在200MPa的压力差时,电场强度从1V·nm-1增加到3V·nm-1,水分子通量线性减小.当径向电场强度增加到3V·nm-1时,碳纳米管处于关闭状态,水分子无法通过碳纳米管.进一步,我们发现水偶极与碳纳米管管轴夹角的平均值的概率分布和翻转频率都与水分子在纳米管中的个数有很大关系.
- 葛振朋石彦超李晓毅
- 关键词：碳纳米管径向电场分子动力学模拟
- LilrB2蛋白与Aβ(16-21)双链的结合
- 2022年
- LilrB2蛋白与Aβ(1-42)寡聚态的结合会造成阿尔茨海默症的某些症状,研究其中的结合方式对设计针对性抑制剂具有重要意义。以lilrB2蛋白和Aβ(16-21)双分子链为研究对象,通过分子对接设定3个不同构象作为分子动力学模拟起点,分析3组体系的模拟轨迹,发现lilrB2蛋白上的ASP23残基与Aβ(16-21)单支链上的LYS残基有较强的相互作用,对受体和配体结合起到了重要的影响。在不同结合状态下,lilrB2蛋白的CYS142和SER24残基与Aβ(16-21)支链上VAL、PHE和ALA残基的疏水作用也有利于lilrB2蛋白和Aβ(16-21)双分子链的结合。
- 吴汶泽李晓毅
- 关键词：AD分子对接分子动力学
- 细胞色素c与富勒烯衍生物的吸附相互作用被引量：3
- 2019年
- 细胞色素c是一种广泛存在在细胞线粒体中的富电子蛋白。它在与纳米材料相互作用的过程中引发自由基的生成,扩大纳米材料的生物毒性。为了在分子尺度上理解其与纳米材料的相互作用,通过分子动力学模拟研究细胞色素c与富勒烯衍生物体系(富勒醇、三丙二酸富勒烯)。分析吸附后体系的能量、均方回转半径、接触原子数以及细胞色素c中的Fe原子到富勒烯衍生物质量中心的距离,进而揭示细胞色素c与富勒烯衍生物相互作用机理。
- 张玉杰李晓毅
- 关键词：细胞色素C富勒醇分子动力学模拟
- 石墨烯吸附对蛋白质大分子结构的影响
- 蛋白质吸附是生物体系对于外物最直接的生物反应之一,这也使得蛋白质吸附成为研究生物效应的关键问题。1-4而细胞色素c(Cyt c)是线粒体呼吸链中实现电子转移的关键蛋白,其中心的血红素使得电子转移能顺利进行。有实验证明,C...
- 葛振朋胡本锋李晓毅
- 关键词：纳米材料分子动力学模拟
- 文献传递
- 细胞色素c与银纳米团簇相互作用
- 2020年
- 运用分子动力学模拟与路径通道分析法研究细胞色素c(Cyt c)在银纳米团簇表面上的主要吸附驱动力、构象变化和电子转移的耦合矩阵元。结果表明,银纳米团簇表面电荷对电子转移至关重要。不带电的银纳米团簇有利于细胞色素c的吸附,且容易发生电子转移反应。
- 张程澄李晓毅
- 关键词：细胞色素C
- DNA与B-PDEAEA自组装过程的分子动力学模拟
- 2018年
- 通过分子动力学模拟,研究DNA/B-PDEAEA纳米颗粒的自组装过程。模拟结果表明,在自组装过程中静电相互作用是主要驱动力;在相同氮磷比的条件下,随着DNA碱基对数目的增加,更易于形成稳定的纳米颗粒。在相同碱基对数目的条件下,随着氮磷比的增加,更趋向于形成稳定的纳米颗粒。
- 黄须啟李晓毅
- 关键词：DNA自组装分子动力学模拟
- 虚拟筛选和分子动力学模拟研究:筛选弗林蛋白酶的潜在抑制剂
- 2023年
- 通过分子对接和分子动力学模拟的方法,进行基于弗林蛋白(Furin)受体的虚拟筛选,以寻找Furin的潜在抑制剂。利用Sybyl软件构建基于Furin受体的药效团模型,在ZINC数据库中筛选出符合药效团模型的小分子,将小分子与Furin蛋白进行分子对接,最终筛选出4个符合条件的小分子。对4个复合物进行100 ns分子动力学模拟,并对轨迹进行RMSD和RMSF分析。通过分子力学-广义Born表面积法(MMGBSA)分析Furin受体和小分子配体平衡后的结合能,对比发现ZINC7664的结合能最低。所以小分子ZINC7664与Furin受体的结合最稳定,具有较好的应用前景,可用于设计有效的抑制Furin的药物。
- 孙丰垒李晓毅
- 关键词：分子对接分子动力学模拟
