博士科研启动基金(090061608)
- 作品数：5 被引量：11H指数：2
- 相关作者：尤晓颜姜成英李净净肖天天杨桥更多>>
- 相关机构：河南科技大学中国科学院中国水产科学研究院东海水产研究所更多>>
- 发文基金：博士科研启动基金国家自然科学基金更多>>
- 相关领域：生物学更多>>
- 嗜酸硫杆菌属物种的比较基因组学分析
- 2014年
- [目的]对喜温嗜酸硫杆菌和氧化亚铁嗜酸硫杆菌菌株的基因组数据进行比较分析和数据挖掘。[方法]采用Blast程序、MUMmer软件以及Artemis比对软件对4株嗜酸硫杆菌的基因组序列和蛋白质组序列进行同源比对分析以及可视化呈现,并通过RT-PCR对缺失基因进行验证。[结果]与喜温嗜酸硫杆菌相比,氧化亚铁嗜酸硫杆菌不含有鞭毛编码基因,并且含有较少的转座元件(26和41个);喜温嗜酸硫杆菌主要采用SOX系统(clusterⅠ和clusterⅡ)进行无机硫化合物的氧化;除硝酸盐还原外,氧化亚铁嗜酸硫杆菌还可以通过固氮酶(AFE1522-1515和Lferr_1240-1233)固定氮气获得氮源。此外,插入序列造成硫氧化还原酶基因的缺失以及7个功能基因失活等现象表明冶金微生物基因组存在不稳定性。[结论]比较基因组学为更好地挖掘嗜酸硫杆菌属物种的基因组数据信息、揭示其基因组结构特征以及冶金性状等差异提供了重要支持。
- 李净净纠敏姜成英汪伦记王渡创尤晓颜
- 关键词：比较基因组学生物冶金
- 喜温嗜酸硫杆菌SM-1的ROS防护机制被引量：2
- 2014年
- 【目的】从基因组水平探讨生物冶金微生物——喜温嗜酸硫杆菌(Acidithiobacillus caldus)的活性氧类物质(Reactive oxygen species,ROS)防护机制。【方法】采用罗氏454 GS FLX测序平台对喜温嗜酸硫杆菌SM-1进行全基因组测序,利用NCBI非冗余蛋白数据库、Uniport蛋白数据库对全基因组序列进行功能注释,并采用基因组百科全书数据库(KEGG)进行基因组代谢途径重构,通过比较基因组学方法分析SM-1基因组中参与ROS防护相关的基因及可能的分子机制。【结果】SM-1细胞内的酶促抗氧化系统可用于清除细胞内产生的ROS物质,而非酶促抗氧化系统可用于维持细胞内的还原性内环境;细胞内的DNA损伤修复系统可用于修复DNA的氧化损伤从而保持个体遗传物质的稳定性。此外,SM-1基因组中大量的转座元件可能会增加基因组的可塑性以适应极端冶金环境。【结论】SM-1基因组序列的获得为从整体水平揭示喜温嗜酸硫杆菌适应生物冶金环境ROS氧化损伤的防护机制提供了帮助,对于SM-1的ROS防护机制的认知也为进一步通过遗传改造、提升其在高浓度重金属离子冶金环境中的抗性、提高冶金效率提供了理论指导。
- 尤晓颜李兆周郑华军姜成英
- 关键词：基因组
- 嗜冷普鲁兰酶产生菌NX-1的筛选及产酶条件优化被引量：5
- 2015年
- 从南极海泥样品中分离得到一株产嗜冷普鲁兰酶的假交替单胞菌菌株(Pseudoalteromonas sp.)NX-1。以菌株NX-1为研究对象,对菌株NX-1产嗜冷普鲁兰酶的酶学性质进行了初步研究,并通过单因素试验和正交试验对其产嗜冷普鲁兰酶的最佳培养条件进行研究。结果显示,菌株NX-1所产嗜冷普鲁兰酶的最适作用温度为20℃,最适作用p H值为7.0,在最适条件下,酶的半衰期约为120 min;菌株NX-1的最适产酶条件为:培养温度20℃、接种量1%、培养基各组分含量分别为蔗糖15 g/L、蛋白胨15 g/L、Ca Cl2 0.5 g/L、Na2HPO4 6 g/L。优化后菌株产酶可达25.172 U/m L,相比优化前提高25.1%。
- 康怀彬肖天天李净净杨桥杨华田尤晓颜
- 关键词：假交替单胞菌正交试验
- 好客嗜酸两面菌W1寡营养酸性热泉环境的适应机制被引量：1
- 2014年
- 【目的】从基因组水平揭示好客嗜酸两面菌(Acidianus hospitalis)W1对寡营养酸性热泉环境的适应机制。【方法】使用NCBI非冗余蛋白数据库、Uniport蛋白数据库以及Sulfolobus数据库对好客嗜酸两面菌W1基因组序列进行功能注释,使用KEGG数据库对基因组进行In slico代谢途径重构,在此基础之上,采用比较基因组学方法对代谢途径进行鉴定和完善。【结果】好客嗜酸两面菌W1具备多样化的代谢方式以适应寡营养酸性热泉环境。W1菌株通过3-羟基丙酸/4-羟基丁酸和乙二酸-4-羟基丁酸循环进行CO2固定、通过氧化还原型无机硫化物(Reduced inorganic sulfur compounds,RISCs)获取能量营自养型生长。但W1菌株与模式菌株Acidianus ambivalens的硫代谢方式不同,W1基因组中缺少编码亚硫酸-受体氧化还原酶(SAOR)、腺苷硫酸(APS)还原酶、硫酸腺苷酰转移酶(SAT)和腺苷硫酸:磷酸腺苷转移酶(APAT)的基因。此外,W1菌株可以通过非磷酸化的分支的ED途径和TCA循环进行葡萄糖代谢,糖类和氨基酸转运蛋白以及相应水解酶的存在表明W1能够利用部分有机物营兼性自养型生长。与A.ambivalens不同,W1菌株不能利用H2作为电子供体。【结论】多样化的代谢方式为好客嗜酸两面菌W1更好地适应寡营养酸性热泉环境提供了重要保障,对于W1菌株特有代谢方式的揭示也丰富了对于嗜酸两面菌(Acidianus)属物种代谢多样性的认知。
- 尤晓颜张巧明郑华军姜成英
- 关键词：基因组代谢
- 微生物完整基因组测定中的Gap closure策略被引量：3
- 2014年
- 微生物基因组空缺区域(Gap)中可能存在重要的生物学信息,如果无法补齐所有Gap,不仅不能获得完整的基因组图谱,还会给后续的基因组信息解读造成很大困难。而基因组空缺区域填充(Gap closure)是获得微生物基因组完成图的关键,本文结合作者以及借鉴上海人类基因组研究中心在微生物基因组Gap closure中的经验,针对微生物基因组Gap closure常用的6种策略:参考序列比对、多引物PCR、基因组步移、基因组文库克隆末端测序、末端配对(Paired-End)以及基因组光学图谱技术进行综述。
- 尤晓颜张彬郑华军姜成英
- 关键词：微生物基因组GAPCLOSURE
