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非生物因素胁迫下盐地碱蓬的生理生化及DNA甲基化分析被引量：1: 2022年; 为研究盐地碱蓬的抗旱抗盐的DNA甲基化变化机制,找到人为调控方法,试图为其他内蒙古地区植物找到调控机制,以抵抗干旱,高盐环境。本研究以内蒙古地区的盐地碱蓬作为研究材料,模拟地区特有的环境因素——高盐和干旱,研究其影响下的盐地碱蓬的生理生化特性及DNA甲基化变化规律。结果表示随盐浓度增加,SOD活力,CAT活性,可溶性蛋白含量开始上升;MDA含量,脯氨酸含量,POD活性开始下降,分别表现出不同的抗逆特性;随盐浓度升高,MSAP比率随之降低,比率为68.5%~57.4%;干旱胁迫作用下,随胁迫程度加强,MSAP比率降低,比率为69.8%~55.6%。本研究结论为盐胁迫浓度为0%~0.1%时,是碱蓬对盐胁迫的适应缓冲过程,碱蓬调动抗逆机制,以适应环境。低甲基化是适应高盐和干旱环境是原因之一。; 韩雅楠赵犇鹏崔向军; 关键词：盐地碱蓬生理生化 DNA甲基化

酿酒酵母几个组蛋白修饰间的因果组合关系分析: 2020年; 构建了酿酒酵母BY4741的四个组蛋白修饰位点突变菌株H3K14A、H3K9A、H4K5A和H4K12A,基于突变菌株的Western blot实验检测了组蛋白H3和H4的目的位点修饰程度。结果显示,四个变体的所有被研究修饰水平与对照菌株相比差异极显著。变体H3K14A和H4K5A之间的H3K9Ac修饰水平、H3K9A和H4K12A变体之间的H3K4me3修饰水平以及H3K9A和H4K12A之间的H3K36me3修饰水平差异显著。H3K14A和H4K5A之间的H4K12Ac修饰水平、H3K9A和H3K14A变体之间的H3K36me3修饰水平、H3K14A和H4K12A变体之间的H3K36me3修饰水平以及H3K9A和H4K5A变体之间的H3K79me3修饰水平差异不显著。实验结果证实的多个修饰之间的因果关系与前期网络预测吻合。; 史晨霞赵秀娟赵宏宇崔向军; 关键词：组蛋白修饰甲基化乙酰化因果关系

Evolutionary direction of processed pseudogenes被引量：1: 2016年; While some pseudogenes have been reported to play important roles in gene regulation, little is known about the possible relationship between pseudogene functions and evolutionary process of pseudogenes, or about the forces responsible for the pseudogene evolution. In this study, we characterized human processed pseudogenes in terms of evolutionary dynamics. Our results show that pseudogenes tend to evolve toward: lower GC content, strong dinucleotide bias, reduced abundance of transcription factor binding motifs and short palindromes, and decreased ability to form nucleosomes. We explored possible evolutionary forces that shaped the evolution pattern of pseudogenes, and concluded that mutations in pseudogenes are likely determined, at least partially, by neighbor-dependent mutational bias and recombination-associated selection.; Guoqing LiuXiangjun CuiHong LiLu Cai

隔离子两侧临近基因的共表达研究: 2014年; 染色质隔离子是相邻转录功能区的边界序列,可以发挥增强子阻断和染色质屏障作用.研究结果显示,隔离子两侧临近基因的转录方向相同时,这两个基因表达水平具有显著的正相关,否则表达水平关联不显著.该结果指出隔离子并没有对临近基因表达起到屏障作用,这些隔离子可能发挥了增强子阻断作用.此外,隔离子两侧转录方向相同的两个基因的基因长度呈现正关联.尤其是同时位于"+"链的隔离子两侧临近的基因,关联最强.同时,发现隔离子每一侧基因表达水平和该基因长度呈现显著的负相关,这一关联性与该基因的转录方向和隔离子的存在无关.; 崔向军; 关键词：基因共表达基因长度

非生物胁迫蒙古黄芪基因组的MSAP分析被引量：4: 2020年; 本研究初探了珍稀中药材蒙古黄芪的抗逆能力与其DNA甲基化程度之间的关系。挑选内蒙古等地区常有的非生物胁迫因素——干旱与高盐,以蒙古黄芪培养7 d苗龄幼苗为材料,采用聚乙二醇(PEG-6000)及NaCl分别模拟不同程度的干旱及高盐胁迫,DNA提取后进行基因组的甲基化(MSAP)分析,分别研究其DNA甲基化程度的变化,并对PEG胁迫浓度与DNA甲基化程度进行了回归分析;结果与对照组相比,干旱作用下,DNA甲基化程度随PEG-6000浓度增加而降低,从大到小在56.6%至26.1%之间变化;高盐作用下,DNA甲基化程度随盐浓度增加而降低,从大到小在51.2%至35.3%之间变化。说明蒙古黄芪DNA甲基化的MSAP比率随PEG-6000与盐浓度增加均呈下降趋势,与胁迫呈显著负相关。内蒙古等地区蒙古黄芪生长区域由于缺乏科学管理,不能很好利用当地气候条件、管理粗放等因素,影响蒙古黄芪的正常生长。本研究旨在非生物胁迫因素——干旱和高盐与蒙古黄芪之间的内在关联,旨在找出应答胁迫因素的基因,希望能够通过外界调控,提高蒙古黄芪的产率。; 韩雅楠赵犇鹏崔向军; 关键词：蒙古黄芪非生物胁迫

不同组蛋白修饰以及修饰与修饰酶之间的关系被引量：2: 2014年; 核小体是染色质的基本结构单位,核小体组蛋白尾部可以发生甲基化、乙酰化等多种共价修饰.以含有组蛋白修饰酶的修饰数据库为基础,借助网络研究了一些修饰之间以及与修饰酶之间的关联关系,同时从相关修饰酶及其复合物的角度分析了这些关联.结果显示部分修饰之间或与相关修饰酶之间存在直接的关联关系.包含修饰酶的酶复合物可以通过自身的蛋白结构域与甲基化或者乙酰化修饰结合,进一步利用自身的修饰酶亚基催化其它组蛋白修饰,从而使得两种组蛋白修饰之间建立关联.; 崔向军李宏; 关键词：组蛋白修饰修饰酶贝叶斯网络结构域

非生物胁迫下蒙古黄芪与碱蓬基因组MSAP对比分析: 2020年; 本研究对比分析了珍惜中药材蒙古黄芪与碱蓬基因组的DNA甲基化之间的关系。挑选内蒙古等地区的非生物胁迫因素——高盐,以蒙古黄芪和碱蓬培养7 d苗龄幼苗为前期材料,利用NaCl模拟不同程度的高盐胁迫,提取二者的DNA后进行基因组的甲基化分析,分别研究高盐胁迫下DNA甲基化程度的变化。结果显示,与正常生长下的蒙古黄芪和碱蓬基因组相比,蒙古黄芪DNA甲基化程度随盐浓度增加,MSAP比例从大到小在51.2%~35.3%之间变化;碱蓬DNA甲基化程度随盐浓度增加,MSAP比例从大到小在68.4%~56.8%之间变化。说明蒙古黄芪和碱蓬DNA甲基化的MSAP比率随盐浓度增加呈下降趋势,与胁迫呈显著负相关。且古黄芪MSAP的下降趋势更加明显,由此假设,由于盐生碱蓬属耐盐性植物,自身具有良好的抗盐机制,因此,与蒙古黄芪比较,盐胁迫下,碱蓬某些抗盐基因更易被启动,进一步论证发现盐胁迫引起的低甲基化与抗盐基因表达之间存在一定的关系。; 韩雅楠赵犇鹏崔向军; 关键词：非生物胁迫蒙古黄芪碱蓬 MSAP

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国家自然科学基金(31260274)