江西省教育厅资助项目(GJJ10111)
- 作品数：2 被引量：3H指数：1
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- 15,665个黄瓜EST-SSR位点的引物设计及多态性检测被引量：1
- 2012年
- 目前,国际公共数据库中黄瓜EST序列数量的迅速增加为SSR标记的开发提供了极为便利的资源。本研究从葫芦科基因组数据库下载513,801条黄瓜EST,经EST-trimmer软件和CD-HIT程序预处理,共获得381,022条非冗余EST。利用Perl程序MISA搜索到SSR位点15,665个,检出率为4.11%。利用Primer3软件成功设计了9,145对黄瓜EST-SSR引物,随机抽取10对引物对5个黄瓜品种进行多态性分析发现,其中仅2对引物能检测到多态性。该数据为下一步开发新的黄瓜EST-SSR标记奠定了一定的基础。
- 段紫英胡丽芳黄长干蒋伦伟刘世强
- 关键词：黄瓜ESTSSR
- 黄瓜EST中SSR的分布特征分析被引量：2
- 2012年
- 从葫芦科基因组数据库下载513 801条黄瓜EST,经EST-trimmer软件和CD-HIT程序预处理,共获得381 022条非冗余EST。利用Perl程序MISA搜索到SSR位点15 665个,检出率为4.11%。单、二和三核苷酸重复为主导类型,占EST-SSR总数的95.98%。A/T、AG/CT和AAG/CTT作为单、二和三核苷酸的优势重复基元,分别占EST-SSR总数的21.43%、15.68%和19.27%。
- 段紫英胡丽芳黄长干蒋伦伟刘世强
- 关键词：黄瓜ESTSSR
