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一种基于MeSH主题词的临床-组学关系挖掘方法: 2015年; 癌症的发生发展与机体内基因的改变有密切联系,在临床上表现为症状或检测指标的异常.通过挖掘分析临床表现与基因改变之间的关系,可为癌症早期诊断和精准治疗提供临床决策支持.从文献数据出发,利用结论性数据挖掘基因与临床表现的关系具有重要意义.本文提出一种基于医学主题词(Medical Subject Headings,Me SH)的生物医学实体关系挖掘方法.该方法利用PubMed中提供的文献信息,借用向量空间模型思想,使用MeSH主题词矢量表达待研究实体,引入文献相互引用因素对结果进行修正,将关系挖掘转化为矢量间的数学运算,实现定量分析.本文将该方法应用于结直肠癌临床表现和基因关系的研究中,得到与结直肠癌相关的203个基因和对应的临床-基因462个关系.通过结合使用基因功能和通路分析工具g:Profiler和KEGG等,对结果进行分析验证.结果表明,基于MeSH主题词的文献挖掘方法,避免传统"共现"方法对发现潜在关系的限制和复杂语义分析带来的大量计算,为生物实体之间潜在关系的挖掘提供一种新的思路和方法.; 冯亚宁焦梦映段会龙邓宁; 关键词：结直肠癌 PUBMED MESH

一种结合生物医学知识的蛋白质组非标记定量分析方法及其应用: 2015年; 基于质谱的非标记定量方法能够对复杂蛋白质组进行规模化分析,同时,在定量分析的基础上理解和解释蛋白质组的功能和相互作用关系更有意义.这需要建立一种有效的兼容定量和定性分析结果的方法.针对这一需求,本文首先借鉴了NSAF(normalized spectral abundance factor)算法采用肽段计数对蛋白质组数据进行定量,进一步结合共享肽对该方法进行优化.以此为基础,通过g:Profiler获取海量蛋白质组的功能注释信息,在定量分析的过程中,同步实现了对蛋白质组数据的功能性分析.本文选择来自人心脏、小鼠心脏、小鼠肝脏的三组线粒体蛋白质组数据对该方法进行验证,按照功能性分析将三组数据划分为若干功能组或信号通路,并进行相关性、功能聚类以及电子传递链分析.结果表明,结合共享肽的优化算法克服了对低丰度蛋白质的错误估计,提高了非标记定量的准确性.同时,结合生物医学知识的分析方法解释了蛋白质组的功能和相互作用关系,为差异比较蛋白质组学、疾病蛋白质组学以及功能蛋白质组学等组学研究提供了新的方法.; 潘超苏运聪杨睿段会龙邓宁; 关键词：蛋白质组学生物质谱

基于HTML5的结直肠癌流行病学数据采集系统被引量：9: 2013年; 结直肠癌是危害人类生命健康的重大疾病。获取结直肠癌高危人群的流行病学数据,能及时掌握他们的生活习惯、个人和家族疾病史等信息,对结直肠癌的早诊早治有重要意义。本研究构建了一个基于B/S架构且能离线运行的结直肠癌流行病学数据采集系统。该系统采用ASP.NET结合HTML5的离线运行技术,利用jQuery异步调用Web Service实现数据在线提交,利用Web SQL Database实现数据离线存储。测试结果表明,该系统不仅能在iOS,Android等移动平台加载,并且能在没有网络或网络不稳定的场所正常运行,满足使用移动终端在缺乏网络的场所,进行流行病学数据采集和归档的实际需求。目前已利用该系统采集了178份结直肠癌流行病学数据,这些数据已作为数据源存储于前期工作开发的转化医学平台。本研究表明,利用HTML5可同时有效解决流行病学数据采集系统的平台依赖性和网络依赖性两大问题。; 刘芳邓宁郑玲王利段会龙; 关键词：HTML5 流行病学离线应用移动终端结直肠癌

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国家自然科学基金(31100592)