天津市卫生局科技基金(09KY14)
- 作品数：3 被引量：5H指数：2
- 相关作者：石鸥燕蔡春泉杨晶黎小沛孙伟更多>>
- 相关机构：天津市儿童医院天津医科大学天津医科大学总医院更多>>
- 发文基金：天津市卫生局科技基金国家重点基础研究发展计划更多>>
- 相关领域：医药卫生生物学更多>>
- 结合蛋白质二级结构信息预测蛋白质空间结构中的二硫键被引量：3
- 2011年
- 在蛋白质空间结构预测中,二硫键的确定可以大大减少蛋白质构象的搜索空间。为提高二硫键预测的准确率,对形成二硫键的半胱氨酸及其周围的氨基酸残基在蛋白质二级结构形成上的偏性进行了分析,并提出将蛋白质二级结构信息加入到BP神经网络预测模型的输入编码信息中。研究对象为从Swiss-Prot数据库中选取的252条蛋白质序列,随机均分四组,对预测准确率进行4交-叉验证,各项准确率均比未加入蛋白质二级结构信息前有明显提高。结果表明,结合蛋白质二级结构信息的编码方式是可行且有效的。
- 石鸥燕蔡春泉孙伟杨晶黎小沛
- 关键词：二硫键神经网络蛋白质二级结构
- 卷曲蛋白6基因多态性与中国北方汉族儿童神经管缺陷的相关性
- 2013年
- 目的研究中国北方汉族儿童卷曲蛋白6基因编码区单核苷酸多态性（singlenucleotidepolymorphisms，SNPs）与神经管缺陷（neuraltubedefects，NTDs）发生的相关性。方法采用PCR扩增和测序的方法对135例NTDs患儿和135例对照者卷曲蛋白6基因编码区3个错义单核苷酸多态位点（rs827528，rs3808553，rsl2549394）进行基因分型及统计学分析。结果rs3808553等位基因T和基因型TT在病例组中的频率显著高于对照组，T等位基因和．TT基因型儿童发生NTDs的危险性分别是G等位基因和GG基因型的1．575倍（OR=1．575，95％凹1．112～2．230，P=0．010）和2．811倍（OR=2．811，95％CI1．325～5．967，P=0．023）；其余2个多态位点在两组间等位基因与基因型分布差异不具有统计学意义。3个SNPs位点问的单体型A—G—C在病例一对照组问分布具有统计学意义（OR=0．560，95％C／0．378—0．830，P=0．004），而单体型A—T—c在病例一对照组间分布也具有统计学意义（OR=1．670，95％C／1．126～2．475，P=0．011）。结论中国北方汉族儿童中卷曲蛋白6基因rs3808553位点多态性与NTDs发生具有明显相关性，基因型TT使NTDs发生的危险度增加，而rs827528和rs12549394位点多态性与NTDs发生无明显相关性。
- 蔡春泉石鸥燕沈永明马骁
- 关键词：神经管缺损多态性单核苷酸
- FZ6基因及其蛋白的生物信息学分析被引量：2
- 2010年
- 目的:对frizzled6(FZ6)基因和Frizzled6(Fz6)蛋白进行生物信息学分析,更多的了解该基因的相关信息,为进一步研究Wnt-Fz信号通路以及FZ基因与神经管发育缺陷相关性研究提供基础。方法:运用Internet上的数据库及程序,对FZ6基因结构、单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphisms,SNPs)位点、Fz6蛋白的二级结构、蛋白相互作用网络以及Fz蛋白家族的多重序列比对进行生物信息学分析。结果:FZ6基因染色体定位于8q22.3-q23.1,基因全长33995bp,编码706个氨基酸;编码区存在8个SNPs位点,其中错义SNPs4个;多序列比对结果显示10个Fz蛋白家族成员分为4个亚类,Fz3和Fz6为同一类;Fz6蛋白有2个保守的结构域,蛋白序列羧基端缺少其他Fz蛋白普遍存在的S/T-X-V序列模式;其二级结构以α螺旋和随机卷曲为主。结论:通过对FZ6基因及其蛋白的生物信息学分析获得了其相应的生物学特征,为进一步研究奠定基础。
- 石鸥燕李艳云蔡春泉张庆江申长虹
- 关键词：生物信息学分析
