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海南岛东部501站位沉积物古细菌多样性研究被引量：2: 2011年; 从海南岛东部501站位沉积物中扩增古菌16S rRNA基因构建文库,并对得到的OTU(Operation taxonomic units)进行系统发育学分析。古菌文库由泉古生菌(Crenarchaeota)和广古生菌(Euryarchaeota)构成,其中泉古生菌占总克隆文库的96.8%,由Ⅰ型海洋泉古生菌(Mraine crenarchaeotic groupⅠ,MGⅠ,74.6%)、GROUP A(14.9%)和GROUP B(7.2%)三簇组成。广古生菌GROUP C簇占总克隆文库的3.2%,序列比对结果显示它们与甲烷微菌纲(Methanomicrobial)中甲烷厌氧氧化菌(ANME)和甲烷八叠球菌目(Methanosarcinales)有较近的系统发育学关系。研究表明海南岛东南部近岸沉积物古菌多样性比较丰富,泉古生菌是该站位古菌的优势菌。; 刘国辉吴后波李翔颜文; 关键词：海洋沉积物 RDNA 古菌

海水附着细菌多样性和群落演替的研究被引量：2: 2008年; 通过细菌16S rRNA 基因(16s rDNA)文库方法研究了1至7天近海浸海玻片附着细菌的多样性和群落演替特征。从1至7天3个基因文库中共筛选了269个克隆、144个有效分类操作单元(OTU)并对其全部测序。16S rDNA 序列系统进化分析发现,这些细菌主要归属于8个细菌门类:变形菌门(Proteobacteria)(α-、γ-和δ-亚群)、拟杆菌门(Bac-teroidetes)、芽单胞菌门(Gemmatimonadetes)、厚壁菌门(Firmicutes)、浮霉菌门(Plancto-mvcetes)、光合细菌门(Cyanobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)和酸杆菌门(Acidobacteria)。由此可知1周内变形菌门的α-亚群、γ-亚群和拟杆菌门的细菌是常见的附着类群;α-变形菌亚群中的玫瑰杆菌族(Roseobacter clade)是海洋环境中比较常见的早期附着种类;由聚类分析显示3天和7天细菌的群落结构相似。这些实验结果为了解海水附着细菌生物膜形成的演替过程提供了理论基础,并为海水微生物腐蚀控制提供了生物学线索。; 黄进强党宏月李铁刚黄桂桥潘鲁青; 关键词：海洋细菌表面细菌多样性演替

西菲律宾海比科尔陆架深海沉积物古菌多样性研究被引量：1: 2011年; 通过构建16S rRNA基因文库,对西太平洋西菲律宾海东板比科尔陆架5个不同层位沉积物样品中的古菌的多样性进行了研究,并获得了465个有效克隆63个OTUs(Operational Taxonomic Units)。通过16S rRNA序列与GenBank已知序列的同源性比较及构建系统进化树的结果显示,古菌序列分别来自泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),以Marine Benthic Group B(MBGB)、Marine Group I(MGI)、Miscellaneous Crenarchaeotic Group(MCG)和Marine Benthic Group D(MBGD)为主。少量序列为Marine Hydrothermal Vent Group(MHVG)。研究结果表明,该垂直分布的5个不同层位的沉积物样品仅有5个古菌类群,古菌群落多样性并不高,且5个层位中的优势古菌类群稍有差异。研究结果揭示了比科尔陆架深海古菌垂向分布特征,为今后大范围自然海区古菌生态学研究提供科学参考。; 格根塔娜萨仁高娃于心科李铁刚周伟光; 关键词：西太平洋沉积物古菌

南冲绳海槽深海沉积物中度嗜盐菌系统进化及多样性分析被引量：2: 2009年; 从南冲绳海槽MD05-2907站位的深海沉积物中分离到40株属于盐单胞菌科(Halomonadaceae)的中度嗜盐菌。耐盐度实验表明有12株最适生长盐度为30,19株为60,9株为100,多数菌在盐度高于150时生长速度迅速下降。有8株菌能产至少一种胞外蛋白酶。; 王静党宏月杨官品宋林生; 关键词：中度嗜盐菌胞外蛋白酶

引物应用策略：基于2对古菌16S rRNA基因通用引物对环境样品古菌多样性分析被引量：1: 2011年; 【目的】找到适宜的16S rRNA基因通用引物应用策略,应对复杂环境微生物多样性调查,尤其目前高速发展的高通量测序技术带来的巨大挑战。【方法】用Oligocheck软件分别将两对应试的古菌16S rRNA基因通用引物与RDP(Ribosomal database project)数据库中古菌16S rRNA基因序列进行匹配比对。用两对应试引物分别构建海洋沉积物样品的古菌16S rRNA基因文库。【结果】软件匹配结果显示引物f109/r958与目的基因的匹配程度高于引物f21/r958。该结果与古菌16S rRNA基因文库RFLP分析、古菌多样性指数分析结果相吻合。数据还表明,2对引物的综合文库能更好满足该沉积物样品的古菌多样性分析。【结论】选用与数据库中目的基因匹配性高的通用引物和多个引物的联合使用,可以有效提高环境样品微生物多样性调查的分辨率。; 刘国辉吴后波李翔颜文; 关键词：古菌 RRNA基因环境样品

海底天然气水合物的微生物成因及识别被引量：8: 2008年; 吴后波苏晓波颜文; 关键词：海底天然气水合物微生物成因南海北部陆坡海底地质灾害新型能源东海陆坡

苏禄海深海沉积物古菌群落结构多样性研究被引量：3: 2010年; 为了研究热带西太平洋深海沉积物中古菌群落结构的多样性,应用16S rDNA文库技术,对IMAGESⅪⅤ航次采集的岩芯MD3059进行基因文库的构建和分析,选取得到543个克隆,处理获得137个OTUs(Operational Taxonomic Units)。基于16S rRNA序列的同源性比较,绘制系统进化树,进行统计学分析。研究结果显示,热带西太平洋苏禄海沉积物中有丰富多样的古菌群落,在不足5m的沉积物中垂直分布着11种古菌类群。古菌序列归属于泉古菌(Crenarchaeota)和广古菌(Euryarchaeota),其中,前者主要由Miscellaneous Crenarchaeotic Group(MCG)构成(占总古菌克隆序列的50%以上),而后者主要由Marine Benthic Group D(MBG-D)、South Africa Gold Mine Eu-ryarchaeotic Group(SAGMEG)和Marine Benthic Group B(MBG-B)等种属构成(占总古菌克隆序列的30%以上)。研究结果对于理解热带西太平洋深海沉积物中微生物多样性和未来开发利用微生物资源具有重要意义。; 王剑飞萨仁高娃李铁刚申之义于心科; 关键词：热带西太平洋深海沉积物古菌多样性

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中国科学院知识创新工程重要方向项目(KZCX2-YW-211-03)