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苏云金杆菌entomocidus亚种几丁质酶基因的克隆与生物信息学分析被引量：8: 2006年; 从苏云金杆菌(Bacillus thuringiensis,B t)entom oc idus亚种HD109菌株中克隆了几丁质酶基因chiA74-HD109,其序列全长为2 031 bp,编码676个氨基酸,GenBank登录号为AY455290。其编码产物与蜡状芽孢杆菌几丁质酶CHiB(AB041932)的相似性达97.9%,与B t kenyae亚种LB IT-82菌株几丁质酶chiA74(AF424979)的相似性达98.4%,与B t pak istan i亚种几丁质酶(U89796)的相似性为83.0%,与B t kurstak i亚种几丁质酶kchi(AY189740)的相似性达97.8%,与B t israe lensis亚种几丁质酶(AF526379)的相似性达96.6%,与B t几丁质酶(AY074882)的相似性达98.4%,与B t sotto亚种几丁质酶(AY129671)的相似性为97.3%。功能结构域分析显示其编码区包含信号肽、催化区、Ⅲ型粘蛋白同源区及几丁质结合区4个部分。; 林毅彭锟关雄; 关键词：几丁质酶克隆生物信息学分析

杀虫晶体蛋白Cry1Ac与其配体N-已酰半乳糖胺的对接研究: 2008年; 利用同源建模得到杀虫晶体蛋白Cry1Ac的三维结构,之后模拟其与配体N-已酰半乳糖胺的对接,预测关键的氨基酸残基:N482、Q506、S501、L505和V483。Cry1Ac的虚拟突变体与N-已酰半乳糖胺之间的分子对接分析结果表明,R466、R468、R470和R472可能对维持Cry1Ac的DomainⅢ稳定构象起着重要作用。N482和Q506两个残基均含有酰氨基,在对接中易于形成多个氢键,这对稳定对接具有重要作用。研究结果可提供一些有用的信息,用于指导杀虫晶体蛋白的理性设计。; 林毅张同武陈智山; 关键词：杀虫晶体蛋白分子对接同源建模关键氨基酸

杀虫晶体蛋白对小菜蛾杀虫活性的识别预测: 2009年; 考察对小菜蛾具有杀虫活性和无杀虫活性的晶体蛋白二肽组成的差异.结果发现,对小菜蛾具有杀虫活性的晶体蛋白中,SG,LS,SN,NI,GS,SV,SL,TV,EF,NQ二肽分数较高;而对小菜蛾无杀虫活性的晶体蛋白中,AN,LQ,DA,AQ,TF,SY,EI,LE,PT,RA二肽分数较高,总体分数上存在差异最大的是S*型二肽.在此基础上,发展一种识别杀虫晶体蛋白(ICP)对小菜蛾杀虫活性的统计学方法,通过对两组共27条杀虫晶体蛋白进行有无杀虫活性的初步识别,该方法识别平均正确率分别是71.4%和100%.; 蔡福营樊云张光亚林毅陈国华(英文审校); 关键词：苏云金芽胞杆菌杀虫晶体蛋白

土壤宏基因组的提取及基于免培养技术分析细菌16S rDNA被引量：12: 2005年; 采用CTAB-SDS-冻融法和玻璃粉吸附法提取土壤宏基因组(metagenome),经琼脂糖凝胶电泳后用回收试剂盒对其进行纯化。以细菌16SrDNA通用引物从宏基因组中扩增出V8和V9两个高变区,回收纯化后与克隆载体pMD18-T连接,转化大肠杆菌DH5α,随机挑取一个阳性克隆菌进行序列测定,经BLAST分析表明该序列所代表的是一个不动杆菌属(Acinetobacter)细菌。本研究结果为分析土壤微生物种群结构和直接从土壤中分离功能基因奠定了基础。; 方光伟洪雪梅蔡丽希彭锟林毅; 关键词：RDNA

PCA-SVM模型在几丁质酶最适温度建模中的应用被引量：1: 2008年; 采用主成分分析法(PCA)对样本数据集进行预处理,将得到的新样本数据集输入支持向量机(SVM),籍助均匀设计(UD),构建几丁质酶氨基酸组成和最适温度的数学模型.当径向基核函数的3个参数,惩罚系数C为10,ε为0.5,γ为5时,模型对温度拟合的平均绝对百分比误差为5.06%,预测的平均绝对误差为1.83℃,说明具有良好的预测效果且优于神经网络的预测结果.; 林毅蔡福营袁宇熹张光亚; 关键词：几丁质酶数学模型主成分分析支持向量机最适温度

碳源对苏云金杆菌HD224菌产几丁质酶的影响被引量：2: 2006年; 考察八种碳源对苏云金杆菌HD224菌产几丁质酶的影响。几丁质为其最适碳源,2.0%粉末几丁质最有利于产酶,而同浓度的胶体几丁质其诱导效果远不如粉末几丁质。N-乙酰葡萄糖胺和葡萄糖的存在使HD224菌的产几丁质酶系统完全受到了抑制。麦芽糖、乳糖、淀粉和蔗糖使其产酶量发生不同程度的降低;而麸皮的加入使菌株的产酶能力显著提高。; 林毅洪雪梅彭锟; 关键词：苏云金杆菌几丁质酶碳源

苏云金杆菌Ⅲ型抗癌晶体蛋白的分子模建被引量：1: 2009年; 通过同源建模获得抗癌晶体蛋白Parasporin-3的初始三维结构,利用分子动力学方法优化之。分析模建分子的结构,最后利用Ramachandran plot,结构匹配等方法评价模型。结果显示Parasporin-3蛋白模型分子具有3个结构域,与经典的杀虫晶体蛋白结构相似,蛋白模型分子中的键长、键角以及二面角的分布合理,与模版蛋白的主链α碳原子的均方根差RMSD值为0.486751,在合理范围之内,表明Parasporin-3蛋白模型良好。并对Ⅲ型抗癌晶体蛋白的两种蛋白的预测结构进行了比较。为抗癌晶体蛋白的抗癌的分子机制及其定向改造提供信息。; 何伟张同武林毅; 关键词：抗癌晶体蛋白空间结构同源建模分子动力学模拟

苏云金杆菌杀虫晶体蛋白活性预测的支持向量机模型被引量：9: 2007年; 藉均匀设计(UD)方法,构建了苏云金杆菌(Bt)杀虫晶体蛋白氨基酸组成特征与其杀虫活性之间关系的支持向量机(SVM)模型。当惩罚系数为0·01、epsilon值为0·2、gamma值为0·05、域值为0·5时,该模型对Bt杀虫晶体蛋白杀虫活性的预测平均准确率达73%。; 林毅蔡福营张光亚; 关键词：苏云金杆菌均匀设计支持向量机杀虫晶体蛋白

基于均匀设计的主成分分析-支持向量机模型及其在几丁质酶最适pH建模中的应用被引量：5: 2007年; 采用主成分分析法对样本数据集进行预处理,将得到的新样本数据集输入支持向量机,籍均匀设计,构建了几丁质酶氨基酸组成和最适pH的数学模型。当惩罚系数C为10,epsilon值为0.7,Gamma值为0.5,模型对pH值拟合的平均绝对百分比误差为3.76%,同时具有良好的预测效果,预测的平均绝对误差为0.42个pH单位。该方法比用BP神经网络方法效果更佳。; 林毅蔡福营袁宇熹张光亚; 关键词：主成分分析支持向量机几丁质酶最适PH 均匀设计

基于晶体蛋白氨基酸组成的主成分分析识别其杀小菜蛾活性: 2008年; 基于晶体蛋白氨基酸组成的主成分分析(principal component analysis,PCA),构建杀虫晶体蛋白对小菜蛾杀虫活性的预测模型,用于晶体蛋白对小菜蛾有杀虫活性预测的正确率为76%,用于晶体蛋白对小菜蛾无杀虫活性预测的正确率为80%。该模型可作为一种实验开始前的预测方法,为筛选对小菜蛾有效的杀虫晶体蛋白提供参考,以提高筛选效率。; 林毅李静然蔡福营; 关键词：杀虫晶体蛋白小菜蛾主成分分析

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