国家自然科学基金(31000125)
- 作品数:4 被引量:18H指数:3
- 相关作者:张先文陈信波李涛申秋硕叶青更多>>
- 相关机构:湖南农业大学华智水稻生物技术有限公司湖南杂交水稻研究中心更多>>
- 发文基金:国家自然科学基金中国博士后科学基金湖南省教育厅优秀青年基金更多>>
- 相关领域:生物学农业科学更多>>
- 三个逆境相关的水稻启动子的克隆与瞬时表达分析被引量:8
- 2012年
- 为了克隆和研究逆境诱导型水稻启动子的功能,根据前期工作所获得的高温条件下水稻幼穗的表达谱数据,结合对GEO数据库中有关水稻逆境芯片数据的检索与分析,选取了3个对高盐和高温显著响应的基因(Os11g0453900,Os09g0526600,Os05g0381400)。基于这3个基因ATG上游1.5kb的启动子序列的生物信息学分析,克隆了这3个启动子中包含有多个ABA、高温、高盐等逆境响应元件的DNA片段,分别命名为Rab16Dp、OsHsfB2cp和PM19p,并通过农杆菌介导转化烟草叶盘进行了瞬时表达分析。结果表明:高温、高盐对Rab16Dp和OsHsfB2cp启动子有较明显的诱导效应,而对PM19p的诱导效果不明显。实验为这3个启动子功能的进一步研究奠定了基础,也将为逆境诱导型水稻启动子的挖掘和鉴定提供重要线索。
- 申秋硕陈凤叶青李涛陈信波张先文
- 高通量基因型分型技术及其在水稻中的应用被引量:5
- 2017年
- 作物种质资源遗传基础的深入认识与高效利用,对于品种改良和粮食安全具有重要意义。传统系谱考察的方法对指导育种实践发挥了重要作用,随着分子生物学的发展,基因组学和高通量SNP分子标记等基因型分型方法可以更便捷地对种质资源进行鉴定。就基因型分型的主要方法进行了总结,重点论述了以SNP为核心的下一代高通量测序(NGS)分型方法、竞争性等位基因特异性PCR(KASP)和SNP芯片系统,以及当前主流的SNP分析工具和数据库。同时,介绍了高通量SNP分型技术在水稻研究中的进展,并就分型技术在作物育种等领域的应用和发展趋势进行了展望。
- 张先文张先文江南邓华凤邓华凤
- 关键词:系谱SNP
- 水稻TCP家族的全基因组鉴定及表达分析被引量:4
- 2022年
- TCPs是植物特有的转录调控因子,参与发育和逆境响应等。本研究对水稻Os TCP基因家族进行了全面的生物信息学分析,并对这些基因在水稻非生物胁迫条件下的GEO表达谱数据进行了筛选和表达验证。结果表明:水稻Os TCP家族有27个成员,蛋白分子量在27~117 kD之间,等电点基本都小于5.2。根据蛋白质序列对比和结构域分析表明:27个基因可以分为TCP-P和TCP-C两类,含有TCP结构域。OsTCP基因结构均较为简单,内含子数目较少,大部分基因含有相同的motif 1和motif 2。顺式元件分析发现,水稻TCP家族基因的启动子序列中含多个非生物胁迫响应元件。此外,对GEO数据库的水稻表达谱数据筛选与基于荧光定量PCR技术的表达水平验证结果表明,候选的10个水稻OsTCP基因对高温、低温、盐和镉胁迫有显著的响应,说明其是响应逆境胁迫分子网络机制中的重要调控因子。本研究不仅加深了我们对水稻TCP家族的了解,更为水稻耐逆研究提供了重要的信息。
- 关紫微曹希雅张先文周小云
- 关键词:水稻非生物胁迫荧光定量PCR
- 转录因子结合位点共现研究进展被引量:1
- 2012年
- 在启动子区域中,通常存在多个转录因子结合位点(transcription factor binding site,TFBS)与不同或相同的转录因子结合。这些TFBS,不但将转录因子与目标基因联系起来,还间接提供了转录因子间协同作用的线索。而转录因子间的协同作用,是转录调控网络的重要组成部分。因此,识别在一个启动子区域同时出现的多个TFBS是构建转录调控网络的重要途径。在启动子区域成对出现的TFBS,通常用配对模体(motif pair)来表示。由多个TFBS构成的调控区域则通常被称为顺式调控模块(CRM,cis-regulatory modules)。配对模体与CRM的识别算法利用了它们的保守性、位置与距离偏好性以及调控基因共表达等特性提高识别的准确性。根据TFBS的共现构建转录调控网络仍然具有较大的局限性,多种不同数据来源的整合是未来的研究方向。
- 李嘉平张先文陈信波
- 关键词:转录因子结合位点转录调控网络