孙飞
作品数： 25被引量：92H指数：4
  • 所属机构:中国科学院生物物理研究所
  • 所在地区:北京市
  • 研究方向:生物学
  • 发文基金:国家自然科学基金

相关作者

张凯
作品数：21被引量：34H指数：2
供职机构：中国科学院生物物理研究所
研究主题：生物学研究 线虫 水合酶 GPU ATOM
翟宇佳
作品数：24被引量：60H指数：2
供职机构：中国科学院生物物理研究所
研究主题：昆虫细胞 纯化 穿梭载体 目的蛋白 膜蛋白
张法
作品数：62被引量：120H指数：5
供职机构：中国科学院计算技术研究所
研究主题：并行计算 冷冻电镜 并行化 GPU 胶体金
徐伟
作品数：61被引量：55H指数：5
供职机构：中国科学院生物物理研究所
研究主题：切片 透射电镜 冷冻 兔出血症病毒 超薄切片
刘志勇
作品数：123被引量：361H指数：11
供职机构：中国科学院计算技术研究所
研究主题：信息科学部 处理器 计算机体系结构 计算机科学 同时多线程处理器
作品列表
线粒体内膜解偶联蛋白UCP1在大肠杆菌中的活性表达(英文)
2010年
线粒体的呼吸耗氧偶联着ATP的合成,而位于线粒体内膜上的跨膜蛋白解偶联蛋白(uncoupling protein,UCP)能够破坏这种偶联关系.在大肠杆菌中表达了有生物活性的鼠源解偶联蛋白1(rUCP1).重组rUCP1的表达导致大肠杆菌宿主细胞生长变慢;在电子显微镜下观察免疫标记的结果显示,重组rUCP1主要表达在细菌膜上;同时将rUCP1重构到脂质体中也能够测到质子转运活性.这些结果说明,真核生物UCP1能够在原核生物中表达出有生物活性的形式,且能纯化得到足量的rUCP1蛋白用于进一步的结构生物学研究.
周强军孙吉翟宇佳孙飞
关键词：原核表达免疫电镜膜蛋白脂质体
基于正弦高斯调制和样条插值的CTF校正模型被引量：1
2013年
在基于冷冻电镜的单颗粒三维重构过程中,衬度传递函数(contrast transfer function,CTF)校正是获取高分辨分子结构的关键操作.但传统CTF校正模型存在低频、高频阶段校正值过小、插值方法过于简单等问题,从而降低了重构精度.针对这两个问题,提出了一种新的CTF校正模型.首先,在CTF曲线的低频、高频阶段分别进行正弦和高斯调制,改善了CTF曲线的形态;然后,采用3次样条插值计算非整数傅里叶半径处的CTF值,提高了数据获取的精度,进而提高了重构结果的分辨率.对HBV分子图像进行重构实验,结果表明,使用本模型可以得到更清晰的结构特征,其重构结果分辨率为7.8,高于传统CTF校正重构结果的分辨率8.06.
王功明张法樊莉亚孙飞刘志勇
关键词：正弦曲线高斯函数样条插值
线粒体呼吸链膜蛋白复合体的结构被引量：42
2008年
线粒体作为真核细胞的重要"能量工厂",是细胞进行呼吸作用的场所,呼吸作用包括柠檬酸循环和氧化磷酸化两个过程,其中氧化磷酸化过程的电子传递链(又称线粒体呼吸链)位于线粒体内膜上,由四个相对分子质量很大的跨膜蛋白复合体(Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、和Ⅳ)、介于Ⅰ/Ⅱ与Ⅲ之间的泛醌以及介于Ⅲ与Ⅳ之间的细胞色素c共同组成。线粒体呼吸链的功能是进行生物氧化,并与称之为复合物V的ATP合成酶(磷酸化过程)相偶联,共同完成氧化磷酸化过程,并生产能量分子ATP。线粒体呼吸链的结构生物学研究对于彻底了解电子传递和能量转化的机理是至关重要的,本文分别论述线粒体呼吸链复合体Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ和Ⅳ的结构,并跟踪线粒体呼吸链超复合体的结构研究进展。
孙飞周强军孙吉翟宇佳饶子和
关键词：结构生物学细胞色素C氧化酶
一路走来
2010年
做科学研究，要有一颗好奇的心，要有探索的精神，要不断创新，要持之以恒，要注重积累和总结，要有一份执着。
孙飞
关键词：科学家生物物理学
线粒体蛋白质的转运被引量：8
2010年
线粒体含有约1000种蛋白质,其中99%由细胞核DNA编码,在细胞质核糖体上合成后被分别转运至线粒体的内膜或外膜上、基质或膜间隙中。由众多分子机器组成的线粒体蛋白质转运系统参与了该生物学过程的执行。线粒体DNA编码的13种蛋白质也由该系统转运至线粒体内膜。本文就线粒体蛋白质转运系统中线粒体前体蛋白质的定位分选信号、转运复合物和转运途径作简要介绍。
马军孙飞
关键词：蛋白质转运
线粒体钙离子转运的研究进展被引量：15
2013年
线粒体内的钙离子浓度对于线粒体的ATP合成、线粒体通透性转变孔道的开放及细胞质内钙信号的调节具有重要影响。线粒体的钙离子转运调节平衡是线粒体除合成ATP和诱导细胞凋亡以外的又一重要功能。线粒体中存在钙吸收和钙释放两种重要的钙转运机制。文章就线粒体外膜钙离子的转运、内膜钙离子的吸收和释放等线粒体钙离子转运方式的研究历史和最新研究进展进行了综述。
陆久维翟宇佳孙飞
关键词：线粒体MCU
ISAF重构算法密度函数快速计算模型
2013年
球坐标系下的ISAF算法是一种新的20面体分子三维重构方法,该方法精度优于传统柱坐标系下的Fourier-Beseel算法,但其执行速度远低于Fourier-Bessel算法,严重制约了ISAF算法的实际应用.分析发现,在ISAF算法中密度函数计算是影响重构速度的主要瓶颈之一.针对上述问题,文中提出一种密度函数快速计算模型,该模型包括三个组成部分:球坐标系网格点密度函数快速计算方法、"球坐标系—直角坐标系"网格点密度函数转换方法、基于两阶段映射法的快速对称映射方法.该模型可以将密度函数计算阶段的时间复杂度由O[(LM)8]降低到O[(LM)7].采用Psv-F病毒数据进行实验,结果表明,在保证精度的前提下,该模型可以将密度函数的计算速度提高2个数量级,将三维重构整体速度提高30倍左右,并且随着数据规模的增大、重构精度的提高,该模型带来的加速比将进一步增大.
王功明张法樊莉亚孙飞刘志勇
关键词：密度函数球坐标系
Structural variation of molecular chaperone group Ⅱ by crystallography and cryo-electron microscopy
2009年
Chaperonins, a class of molecular chaperones, are oligomeric complexes acting as a protein-folding chamber in an ATP-dependent manner. Chaperonins have been classifed
Gabe Lander孙飞
关键词：CHAPERONINTHERMOSOMEMICROSCOPYSYMMETRYCONFORMATION
线粒体运动及其相关的细胞骨架和蛋白被引量：2
2011年
线粒体是真核细胞中十分重要的细胞器,它密切影响着细胞能量的供应、钙离子浓度的稳态以及细胞凋亡等过程。因此,线粒体恰当的分布关乎细胞的功能和生存,这就涉及到线粒体的运动和固定。在极化细胞(如神经细胞和出芽的芽殖酵母)中,线粒体的运动与固定之间的平衡就显得更为重要。细胞骨架以及一些相关蛋白在线粒体运动过程中起着重要作用。本文对线粒体运动的要素,如骨架蛋白、马达蛋白、衔接蛋白和线粒体上的货物蛋白等进行了归纳,并对当前线粒体运动研究的进展进行了综述。
陈邵宏庞效云孙飞
关键词：神经细胞芽殖酵母细胞骨架马达蛋白
ISAF重构算法基函数复杂性分析及解决方案
2011年
ISAF重构算法用于重建分子三维结构,其精度优于传统傅里叶-贝赛尔重构算法,但是复杂的基函数导致其速度很慢,严重影响该方法的推广应用,所以降低基函数复杂性十分重要.通过对ISAF重构算法基函数的复杂性进行分析,提出对应的解决方案.首先采用自然对数解决组合系数生成过程中的大数运算问题;然后为内存中的所有组合系数建立二级索引,提高其寻址速度,并且根据内存访问局部性原理把可能要用到的组合系数调入高速缓存,尽可能减少内存调入调出次数,提高访存速度;最后采用动态规划提高球谐函数计算速度,可以一次生成所有阶、所有次的球谐函数.将上述解决方案综合在一起,构建了一个基函数ISAF快速计算模型.为了验证该模型效果,采用戊肝病毒的模拟数据进行三维重构实验,并且与傅里叶-贝赛尔重构算法进行比较.实验结果表明,在不影响精度的前提下,采用该模型后ISAF重构算法的执行速度是傅里叶-贝赛尔重构算法的3倍左右,并且其加速效果随着图片数量的增加、分辨率要求的提高而增强.
王功明张法樊莉亚孙飞刘志勇
关键词：勒让德多项式球谐函数动态规划索引
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