搜索到53篇“ SMITH-WATERMAN算法“的相关文章
- 应用于基因测序的Smith-Waterman算法的研究及FPGA实现
- 基因测序是生物信息学领域中重要的基础性问题,主要是获取基因序列中的信息,进行基因测序的根本方法是基因序列比对。目前,基因序列比对在临床医学上有着十分重要的作用,分析人类基因信息,可为医生在诊断,治疗病人时,提供极大的参考...
- 周智
- 关键词：基因测序FPGASMITH-WATERMAN算法硬件加速生物信息学
- 文献传递
- 基于OpenCL的Smith-Waterman算法硬件加速研究被引量：1
- 2020年
- 生物序列分析由于其数据的海量性、分析算法的多样性和复杂性,因此其对运算平台以及软件工具有着很高的要求。在生物序列分析领域中,文中针对序列比对所采用的经典算法即Smith-Waterman算法在FPGA加速平台下的性能进行研究,利用开放运算语言OpenCL进行异构平台的硬件加速设计。通过利用Smith-Waterman算法的波前特性,在硬件设计层面上实现算法在运算过程中的高度并行化,弥补了在CPU单一平台下只能进行串行运算的不足。通过对大量不同样本序列的测试表明,利用算法的波前特性,针对短序列比对,FPGA的运算速度最高能达到CPU的4倍。
- 申曦蒋剑飞
- 关键词：现场可编程逻辑阵列
- Smith-Waterman算法优化改进与Spark并行化研究被引量：2
- 2019年
- Smith-Waterman算法是1种精确度最高、广泛应用于文本搜索的生物学序列比对算法。在对Smith-Waterman算法深入研究的基础上,从减少计算任务量和降低计算复杂度两个方面对算法进行优化改进,将优化改进算法基于Spark平台进行算法并行化设计,并通过准确性测试、算法运行速度测试、算法速度比较测试、算法可扩展性测试等实验分析优化改进算法和并行化算法的性能。实验结果表明:优化改进和并行化后的算法在保证准确性的前提下,极大地提高了算法运行速度和可扩展性。
- 李雷孝刘燕凤高静
- 关键词：SMITH-WATERMAN算法
- 基于SOPC的Smith-Waterman算法硬件加速器的设计与实现
- 近年来，生物信息学在不断地发展并成为一门重要的学科，国内许多高校和科研院所都在大力发展这一方面的技术，使其有了突飞猛进的发展，并且以大数据为基础的精准医疗将成为我国“十三五”期间重点发展的科学领域，这样使得生物信息学领域...
- 王刚
- 关键词：硬件加速器SMITH-WATERMAN算法基因序列可编程片上系统
- 一种基于Smith－Waterman算法的并行处理硬件加速单元
- 本发明公开了一种基于Smith‑Waterman算法的并行处理硬件加速单元。本并行加速单元由三个模块组成，匹配模块比较两个基因字符串的输入得到相似得分值x(i，j)；超前计算模块利用相似得分值计算得到超前计算项；计算得分...
- 王中风岳冠东林军
- 文献传递
- 一种基于FPGA的Smith-Waterman算法实现方法及装置
- 本发明公开了一种基于FPGA的Smith‑Waterman算法实现方法及装置，包括：将待匹配基因序列输入PE阵列的集合中，将候选序列以流水线形式输入到对应的PE阵列，PE阵列执行相似性评分；记录PE阵列输出的评分值中最大...
- 邓建晖周智薛晖耀潘焕燕
- 文献传递
- Smith-Waterman算法硬件加速的研究与实现
- 21世纪以来，计算机科学推动传统学科向前发展并不断形成新的学科，其中生物信息学就是一典型的学科，它对生物信息进行收集、处理、分析和解释，随着生命科学和信息技术的迅猛发展，尤其是信息技术中半导体技术的飞速发展，大大提高了传...
- 陈观君
- 关键词：数据处理集成电路芯片设计
- 一种将Smith‑Waterman算法在FPGA平台实现的新方法
- 该发明公开了一种将Smith‑Waterman(以下简称S‑W)算法在FPGA平台实现的新方法。本发明是围绕S‑W算法的打分与回溯两方面进行优化。S‑W算法打分方面，本发明提出优化的删减策略和优化的动态规划(Dynami...
- 陈观君王忆文黄柯
- 文献传递
- 基于SSE2的Smith-Waterman算法并行优化
- 2011年
- 随着计算机技术的发展,单核处理器主频的提高已不能满足计算的需要,高性能计算与服务器领域迫切地需要多核处理器发挥强大的处理能力,多核计算技术已成为当今计算技术的发展趋势。文章基于Intel多媒体指令集SSE2,使用SIMD指令对Smith-Waterman算法的并行算法进行了优化,给出了算法的并行分治策略和SSE2优化方法。算法的并行实现使用MPI和OpenMP混编,并使用SSE2指令集做优化。程序运行在曙光4000A机群系统上,比普通的SW并行算法运行速度提高了2倍以上。
- 王艳
- 关键词：多核
- Smith-Waterman算法OpenMP并行化被引量：3
- 2010年
- 基因比对可以实现对海量生物信息的分析和处理,其中Smith-Waterman算法实现的比对信息精确度较高,但是处理速度慢。本文利用共享存储编程的工业标准OpenMP对Smith-Waterman算法进行了并行化实现。在一个拥有四个双核CPU的SMP节点上的测试表明,共享并行化使得该局部比对算法的速度提高了40%。
- 张瑜王继东
- 关键词：OPENMPSMITH-WATERMAN算法并行编程
