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- RNA二级结构预测算法
- 本文首先介绍了RNA二级结构预测,然后给出了三种算法:Mfold算法、Rivas算法和Lyngsφ算法.最后寻找次最优结构,在可能的结构间设计试验予以辨别.
- 李恒武朱大铭
- 关键词：RNA二级结构NPC动态规划
- RNA二级结构预测算法
- 2002年
- 1引言
热动力学最小自由能量方法预测RNA二级结构起始于Tinoco等人[1].1975年Pipas与Mcmahom首先进行了最小化自由能量的计算方法的研究[2],其时间复杂度为O(2n),且仅用于小于200个核苷酸的短序列.Studnicka等进一步定义了折叠RNA分子的精密的拓朴规则[3],其算法的时间复杂度为O(n5),该算法需要人为干预,对较长序列的解一般是次最优的.Nussinov首次引入动态规划算法[5],算法只考虑临近碱基的相互作用,其时间复杂度为O(n3).Zuker首次将动态规划算法用于复杂的Tinoco自由能量模型,设计了mfold算法,算法的时间复杂度为O(n3)[6].Sankoff对mfold算法的性质进行了严格的理论分析[7].……
- 李恒武
- 基于进化策略的RNA二级结构预测算法研究
- RNA分子是由四种碱基聚合而成的单链核酸分子，不仅是一种重要的遗传物质，还被用于求解复杂组合优化问题。由于碱基互补，单链RNA分子能折叠成不同结构，这些二级和三级结构决定了RNA分子的功能。因此，准确预测RNA结构是生命...
- 余政良
- 关键词：RNA二级结构预测算法进化策略多目标进化算法
- 一种基于双向GRU和注意力机制的RNA二级结构预测算法
- 本发明涉及一种基于双向GRU和注意力机制的RNA二级结构预测算法，该方法首先获取到RNA二级结构数据集；然后进行数据预处理，即将RNA序列信息进行向量化，得到矩阵形式表示的特征信息，并按固定维度进行特征矩阵拼接；设计融合...
- 陈宇 沈丛肖峰陈胜勇
- 基于图卷积网络的RNA二级结构预测算法研究
- 林宇轩
- 基于多模态多目标遗传算法的RNA二级结构预测算法研究
- RNA在生物细胞中有着重要的作用，RNA结构对其功能有着重大影响。其中，RNA的二级结构是承载一级结构和三级结构的中央枢纽，预测RNA二级结构是理解RNA生化功能的重要途经。含假结的RNA二级结构是一种复杂的二级结构，生...
- 胡云飞
- 关键词：RNA二级结构
- 基于模拟退火的RNA二级结构预测算法研究
- RNA分子在生物细胞中起着关键作用，分子中的碱基在氢键的作用下相互绑定形成不同的二级结构。虽然动态规划算法可以高效求解不含假结的二级结构，但RNA分子的假结对细胞功能具有重要影响，这种结构破坏了相互嵌套碱基对规则，使得传...
- 吕育林
- 关键词：核糖核酸二级结构预测组合优化模拟退火算法
- 基于OpenCL的RNA二级结构预测算法被引量：1
- 2017年
- 包含假结的RNA二级结构预测在计算分子生物学中一直是一个重要的研究领域,而预测包含任意类型假结结构已被证明为NP完全问题。为了解决此类问题,在CPU平台上实现了一种改进的遗传算法。该算法可预测包含两类假结结构的RNA序列,敏感性可达到0.775,阳性预测率可达到0.822 5。针对基于遗传算法带假结的RNA二级结构预测低效的问题,提出了基于OpenCL的异构并行加速算法。该算法在分析串行算法并行性的基础上,在种群迭代进化阶段进行异构加速,并基于GPU设备和OpenCL编程框架改进算法过程。为验证所提算法的可行性和有效性,基于相同的测试集进行了实验测试。测试结果表明,相对于串行算法,改进后的异构并行加速算法平均可实现2.72倍的速度提升,有效降低了RNA二级结构预测的耗时,提高了算法模拟预测效率。
- 汪方良施慧彬
- 关键词：RNA二级结构预测OPENCL异构计算
- 含假结的RNA二级结构预测算法研究
- 核糖核苷酸(ribonucleic acid，RNA)作为一类生物大分子，在各种细胞生命过程中扮演着重要的角色，包括遗传信息的表达、传递、基因调控与催化等。与DNA不同，RNA的结构更加复杂多样，这也是RNA具有丰富功能...
- 汪方良
- 关键词：RNA二级结构预测并行计算遗传算法
- 含假结的RNA二级结构预测算法研究
- 近些年来,RNA分子研究的不断加深,已发现RNA不仅只是DNA和蛋白质之间的信息载体,而且在催化,免疫以及发育等其他生化过程中,都发挥着十分重要的功能。逐渐地,RNA的地位同DNA和蛋白质一样重要,成为了研究的热点。由于...
- 徐瑞
- 关键词：RNA二级结构启发式算法
