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29种桃金娘目物种psbA基因密码子偏好及聚类分析: 2024年; 为探究桃金娘目(Myrtales)物种psbA基因密码子使用偏好性,本研究从NCBI数据库获取29个桃金娘目物种的psb A基因的编码区序列,运用CodonW、EMBOSS和DAMBE软件获得基因碱基组成和密码子使用偏性的相关参数。29种桃金娘目物种psbA基因的ENC范围在39.532~43.104,CAI均值是0.310,GC含量均小于50%。psbA基因密码子中有25个偏好性较强的密码子;ENC-plot、中性绘图分析、奇偶偏差分析显示,密码子偏好主要受自然选择的影响。基于RSCU值和CDS序列的聚类中,桃金娘科的11个物种存在差异。桃金娘目物种psbA基因编码区在选择碱基时倾向于AT,对A/T结尾的密码子使用偏好更强。密码子整体偏好性不强,基因表达量不高。自然选择是影响桃金娘目物种psbA基因密码子偏好性的主要因素。烟草是进行基因功能验证的较合适受体,大肠杆菌适宜作异源表达载体。; 林琳王杰尚林雪洪思丹顾翠花; 关键词：桃金娘目密码子偏好性聚类分析受体

云南不同高原湖泊噬藻体psbA基因多样性: 2023年; 【目的】噬藻体(cyanophage)广泛存在于自然水体生态系统中,通过侵染蓝藻进而调控蓝藻种群及群落结构,具有重要生态功能和生态地位,在控制蓝藻水华方面有巨大开发潜力。本研究旨在探究云南高原湖泊噬藻体psbA基因多样性,分析其系统进化地位,为深入了解高原湖泊生态功能、开发利用噬藻体资源奠定理论基础。【方法】以云南高原主要湖泊滇池、抚仙湖和星云湖等为研究对象,以psbA基因作为分子靶标,对湖泊水体中噬藻体遗传多样性进行研究。【结果】从不同湖泊中共获得100条环境噬藻体psbA基因序列,系统发育分析表明,湖泊的噬藻体psbA基因序列与中国东湖、中国东北稻田、日本稻田等淡水中的环境噬藻体psbA基因亲缘关系较近,与海洋环境噬藻体psbA基因亲缘关系较远;抚仙湖中的噬藻体psbA基因多样性高于滇池、星云湖和异龙湖中的噬藻体psbA基因多样性;云南高原湖泊中存在新的噬藻体类群;各湖泊秋冬季节噬藻体psbA基因遗传多样性差异不明显。【结论】云南主要高原湖泊噬藻体psbA基因遗传多样性高,与淡水环境噬藻体psbA基因亲缘关系较近,且存在独特的噬藻体类群。; 赵恒刘玉珊陈彤刘丽; 关键词：高原湖泊噬藻体 PSBA基因

桑树叶绿体psbA基因的生物信息学预测及分析: 2022年; 生物信息学是研究生物亲缘和进化的重要手段,通过生物信息学对桑树叶绿体中的psbA基因进行分析。结果表明:psbA基因存于真核生物的叶绿体中,有7条开放阅读框,分子式为C_(1789)H_(2676)N_(456)O_(492)S_( 14),由353个氨基酸组成,属稳定蛋白。氨基酸序列具有疏水性,无信号肽。psbA的结构以无规则卷曲为主要方式。GO功能分为三类,序列分布有13个蛋白结合位点。桑、白果树、箭毒木、榕树、腾构、布鲁士假单胞菌、垂柳、鹤望兰、柘树、滇葎草、黄麻的psbA氨基酸序列具有极高的相似性。; 王敬王鹏王晖杨贵明周玲; 关键词：桑树 PSBA 生物信息学

基于psbA基因的北沙参分子鉴定被引量：1: 2022年; 为保护我国珍惜濒危物种,为其进出口贸易管制规定提供技术支撑,天津海关植检实验室通过PCR、多重序列比对及分子进化分析等方法,对一批送检的植物样品进行分子鉴定。结果表明该植物样品为北沙参。这是天津口岸首次截获北沙参。; 胡佳续刘勇张敏刘鹏王仲敏倪松廖芳张裕君; 关键词：分子鉴定 PCR 进化分析

桑属植物叶绿体PsbA基因序列与进化分析被引量：1: 2021年; 为研究桑属植物各品种(系)间的进化关系,通过对比鲁桑和广东桑叶绿体全基因组序列,发现PsbA基因序列有单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism SNP),PsbA基因全长1062 bp,核苷酸的组成为A+T占58.38%、C+G占41.62%,可能存在进化序列。采用基因克隆的方式将无花果和桑属植物8个种共16份材料的PsbA基因序列进行分析,结果表明桑属植物所有材料聚为一类,进一步证明桑属植物为单系,其中黑桑(黑桑)、鲁桑(特早)、鸡桑(鸡桑)和广东桑(伦教40号)的关系较近,自检支持率高达62%。本次试验为桑属植物的亲缘关系提供了重要的实验依据。; 郭亮亮吴萌萌郭鹏郑丹艳赵卫国; 关键词：桑属植物叶绿体基因组 SNP 系统学分析

百合科植物psbA基因密码子偏好性分析被引量：3: 2020年; 利用CodonW、CHIPS与CUPS等程序对60种百合科植物psbA基因的密码子偏好性展开分析,结果发现有26种密码子具有偏好性,其中12个极强,10个密码子在psbA中出现率极低,13个密码子没有出现。ENc平均值为37.84,显示出密码子偏好性较弱。GC和GC3s平均值分别为42.5%和48.0%,表明密码子组成偏向A与U碱基,且倾向于以A/U结尾。CAI的平均值为0.218,说明密码子的表达水平偏低。ENc-plot表明密码子偏好性主要受到自然选择的影响。聚类分析表明,基于CDS序列的聚类比基于RSCU更适合作为百合科植物系统发育分析。; 倪典墨李冉郡郭忠静高玲玲周嘉裕廖海; 关键词：密码子偏好性聚类分析百合科 PSBA基因

坛紫菜对赤潮异弯藻生长和光合活性以及psbA基因表达的影响: 大型海藻广泛生长在潮间带及浅海海域，对治理有害赤潮具有廉价、生态安全等优点。我国紫菜等大型经济海藻的规模化栽培，对海洋生态系统调节具有重要作用。现有大型海藻对赤潮微藻抑制作用的研究，主要集中在赤潮微藻表观生长方面，对光合...; 见凯; 关键词：坛紫菜赤潮异弯藻 PSBA基因海洋污染

盐度对波吉卵囊藻叶绿素荧光参数的影响及PsbA基因的克隆与表达分析被引量：4: 2020年; 【目的】研究波吉卵囊藻(Oocystis borgei)在不同盐度下叶绿素荧光参数的变化和编码叶绿体D1蛋白的PsbA基因的表达特性。【方法】利用叶绿素荧光仪测定不同盐度条件下波吉卵囊藻叶绿素荧光参数;利用cDNA末端快速扩增技术(RACE)克隆获取波吉卵囊藻PsbA基因序列,并进行生物信息学分析;利用实时荧光定量PCR(qPCR)方法分析PsbA基因在不同盐度下的表达情况。【结果】高盐(盐度60)条件下PSⅡ最大光化学量子产量(F_v/F_m)及PSII实际光化学量子效率(ΦPSⅡ)显著下降(P<0.05)。克隆获得1314 bp波吉卵囊藻PsbA基因cDNA序列,包含1062 bp开放阅读框(ORF),预测编码353个氨基酸,该蛋白属于跨膜蛋白。qPCR结果表明,高盐(盐度60)条件下PsbA基因极显著下调(P<0.01)。【结论】高盐(盐度60)显著抑制波吉卵囊藻PsbA基因的表达和叶绿素荧光参数(F_v/F_m和ΦPSⅡ)的降低,表明波吉卵囊藻处于胁迫状态;而盐度10和30能促进PsbA基因的表达。; 任佳佳洪廷张宁黄翔鹄李长玲; 关键词：盐度叶绿素荧光参数 PSBA基因

云南高原异龙湖噬藻体psbA基因遗传多样性研究被引量：3: 2019年; 噬藻体作为一类感染蓝藻的特异性病毒,广泛分布于不同水生态系统中。作为噬藻体的一种靶标基因,编码光合作用反应中心D1蛋白的基因psbA不仅可用于揭示噬藻体的遗传多样性,还可用于探索噬藻体与其宿主蓝藻之间的关系。该文以云南高原富营养化湖泊异龙湖为研究对象,以psbA基因为分子标记,从异龙湖浓缩水样中共获得15条噬藻体psbA环境序列。基于噬藻体的psbA序列构建系统进化树,分析异龙湖水样噬藻体光合作用基因psbA的遗传多样性。研究结果表明:云南高原湖泊异龙湖水体中噬藻体psbA基因类群与海洋、其他淡水湖和日本稻田水体中psbA基因类群不同,与中国东北稻田的生态类群进化距离较近,进化相对独立。异龙湖水体中存在新的噬藻体类群,并且不同季节水样中噬藻体psbA基因序列存在差异,秋季其遗传多样性更加丰富。; 李春筱刘婷婷刘玉珊刘丽; 关键词：噬藻体 PSBA基因

菊叶香藜psbA基因生物信息学分析: 2018年; 目的本研究主要是了解菊叶香藜psbA基因的分子结构,以及为菊叶香藜的分类学提供分子数据。方法文章通过生物信息学分析软件,对菊叶香藜psbA基因全序列进行分析,预测出氨基酸序列、统计序列组分、编码蛋白理化性质、亲疏水性、跨膜区域、二级结构、三级结构、密码子偏好性等。结果菊叶香藜psbA基因编码序列长度为1059bp,GC含量为41%,共编码353个氨基酸,最多的为丙氨酸(A),为35个(9.9%),不含有赖氨酸,符合psbA基因的特征。二级结构包含α-螺旋(57.51%),β-折叠(4.82%),β-转角(37.68%)。psbA基因编码蛋白为疏水性蛋白,包含7个跨膜区域,是非酶类转运蛋白。psbA基因密码子偏好性水平相对较弱,主要受到选择作用、表达水平和蛋白质长度的影响。psbA系统发生树结果显示,菊叶香藜未与藜属其它植物归为一类。结论因此,根据菊叶香藜生物信息学特征和系统发生树结果,支持将菊叶香藜归到刺藜属中。; 雷鸣任海龙; 关键词：PSBA 生物信息学

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